More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1707 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  61 
 
 
548 aa  692    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  60.07 
 
 
549 aa  677    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.52 
 
 
549 aa  675    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  57.27 
 
 
548 aa  649    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  100 
 
 
552 aa  1139    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  58.92 
 
 
543 aa  680    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  59.18 
 
 
533 aa  662    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.59 
 
 
546 aa  682    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  60.91 
 
 
549 aa  677    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  92.35 
 
 
550 aa  1058    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  60.07 
 
 
549 aa  677    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  59.48 
 
 
548 aa  682    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.3 
 
 
548 aa  673    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  61.1 
 
 
554 aa  686    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.09 
 
 
550 aa  659    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.65 
 
 
547 aa  669    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  61.1 
 
 
549 aa  677    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.33 
 
 
549 aa  674    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.33 
 
 
549 aa  673    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.39 
 
 
546 aa  667    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  83.08 
 
 
538 aa  924    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.8 
 
 
551 aa  675    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  60.53 
 
 
549 aa  677    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  82.94 
 
 
567 aa  930    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  61.54 
 
 
560 aa  683    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  62.8 
 
 
611 aa  714    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  57.41 
 
 
536 aa  620  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03552  Glutamate decarboxylase putative  56.67 
 
 
544 aa  582  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  55.28 
 
 
552 aa  534  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  53.93 
 
 
552 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.2 
 
 
541 aa  471  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.54 
 
 
573 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.77 
 
 
574 aa  440  9.999999999999999e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.96 
 
 
490 aa  186  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.29 
 
 
484 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.96 
 
 
495 aa  184  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.64 
 
 
488 aa  183  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.73 
 
 
495 aa  180  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.46 
 
 
489 aa  177  7e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.44 
 
 
503 aa  175  1.9999999999999998e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30 
 
 
527 aa  174  2.9999999999999996e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  29.13 
 
 
522 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.92 
 
 
510 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.35 
 
 
507 aa  171  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.43 
 
 
551 aa  171  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 
490 aa  168  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.22 
 
 
530 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.05 
 
 
789 aa  167  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.61 
 
 
505 aa  164  6e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.85 
 
 
508 aa  163  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.78 
 
 
515 aa  162  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.83 
 
 
515 aa  162  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 
529 aa  161  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.71 
 
 
515 aa  159  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.82 
 
 
489 aa  158  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.51 
 
 
517 aa  158  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.21 
 
 
515 aa  157  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.29 
 
 
529 aa  153  8.999999999999999e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.98 
 
 
484 aa  151  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.98 
 
 
484 aa  151  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.98 
 
 
484 aa  151  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  26.45 
 
 
967 aa  151  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.68 
 
 
477 aa  151  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.86 
 
 
484 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.08 
 
 
494 aa  150  8e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.99 
 
 
483 aa  149  9e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  29.66 
 
 
491 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.37 
 
 
502 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.4 
 
 
529 aa  147  6e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.05 
 
 
466 aa  147  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.25 
 
 
479 aa  146  9e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  26.88 
 
 
507 aa  146  1e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.08 
 
 
530 aa  145  3e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  25.85 
 
 
963 aa  144  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.92 
 
 
488 aa  143  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  25.51 
 
 
961 aa  143  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.81 
 
 
511 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.34 
 
 
511 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.81 
 
 
475 aa  141  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.86 
 
 
544 aa  139  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.83 
 
 
484 aa  139  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.24 
 
 
534 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  28.18 
 
 
462 aa  138  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.14 
 
 
480 aa  136  9e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  27.17 
 
 
453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.16 
 
 
958 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.52 
 
 
479 aa  130  5.0000000000000004e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.68 
 
 
517 aa  130  8.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.78 
 
 
486 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  25.88 
 
 
577 aa  126  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.71 
 
 
496 aa  121  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.22 
 
 
474 aa  121  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.96 
 
 
480 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  33.22 
 
 
492 aa  120  7e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1051  hypothetical protein  24.76 
 
 
636 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.922424  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  28.87 
 
 
502 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.43 
 
 
483 aa  118  3e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.2 
 
 
476 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.04 
 
 
458 aa  117  7.999999999999999e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.87 
 
 
486 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>