180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlab_1051 on replicon NC_008942
Organism: Methanocorpusculum labreanum Z



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008942  Mlab_1051  hypothetical protein  100 
 
 
636 aa  1325    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.922424  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2260  group II decarboxylase family protein  33.15 
 
 
775 aa  324  4e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140387 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0093  group II decarboxylase family protein  31.91 
 
 
731 aa  293  7e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0951  peptidase S10, serine carboxypeptidase  31.71 
 
 
1193 aa  273  7e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0404073  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0304  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.9 
 
 
581 aa  233  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0782914 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  25.65 
 
 
548 aa  151  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  27.74 
 
 
548 aa  149  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.37 
 
 
549 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  27.51 
 
 
543 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.43 
 
 
549 aa  142  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.7 
 
 
551 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.77 
 
 
546 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  24.6 
 
 
548 aa  139  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.74 
 
 
549 aa  138  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.22 
 
 
546 aa  136  9e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.08 
 
 
549 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.88 
 
 
548 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.93 
 
 
560 aa  135  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.31 
 
 
549 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.31 
 
 
549 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.87 
 
 
552 aa  134  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.99 
 
 
549 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  26.52 
 
 
533 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.27 
 
 
552 aa  133  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.13 
 
 
611 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.86 
 
 
549 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.23 
 
 
554 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.72 
 
 
567 aa  130  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.52 
 
 
550 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.8 
 
 
550 aa  127  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  25.52 
 
 
552 aa  126  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.62 
 
 
547 aa  124  5e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.2 
 
 
538 aa  120  7e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03552  Glutamate decarboxylase putative  24.38 
 
 
544 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.08 
 
 
573 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.2 
 
 
541 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.87 
 
 
536 aa  112  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.38 
 
 
475 aa  110  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  25.99 
 
 
384 aa  97.1  9e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  25.99 
 
 
384 aa  95.9  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  25.27 
 
 
384 aa  93.6  9e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.12 
 
 
517 aa  93.6  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.13 
 
 
574 aa  92  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  26.04 
 
 
384 aa  91.7  4e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.59 
 
 
494 aa  90.9  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  23.24 
 
 
484 aa  90.1  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.13 
 
 
488 aa  87  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4546  pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain protein  26.84 
 
 
472 aa  86.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.218359 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.26 
 
 
551 aa  87  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  25.45 
 
 
390 aa  86.7  0.000000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  24.4 
 
 
515 aa  86.3  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.21 
 
 
490 aa  85.5  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.99 
 
 
503 aa  84.7  0.000000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.64 
 
 
505 aa  84.3  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.45 
 
 
789 aa  84  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.86 
 
 
507 aa  83.2  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.15 
 
 
530 aa  82.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  21.5 
 
 
967 aa  81.6  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.67 
 
 
365 aa  81.6  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  20.92 
 
 
488 aa  81.3  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.5 
 
 
495 aa  80.9  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.5 
 
 
495 aa  80.9  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  25 
 
 
395 aa  80.5  0.00000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  24.43 
 
 
522 aa  80.1  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  24.51 
 
 
365 aa  79.3  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  23.7 
 
 
365 aa  79  0.0000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.57 
 
 
461 aa  78.6  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0961  decarboxylase, group II  22.76 
 
 
557 aa  79  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000836659  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.19 
 
 
461 aa  77.8  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  26.15 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.75 
 
 
490 aa  77.8  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.79 
 
 
529 aa  77.8  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.22 
 
 
466 aa  77.4  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.26 
 
 
530 aa  77  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.67 
 
 
534 aa  76.3  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  24.37 
 
 
963 aa  76.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  24.6 
 
 
958 aa  75.5  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  25.69 
 
 
363 aa  75.5  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  23.39 
 
 
379 aa  74.7  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10001  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.69 
 
 
460 aa  74.7  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.450995  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.03 
 
 
486 aa  73.9  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.83 
 
 
412 aa  73.9  0.000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5487  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.32 
 
 
550 aa  73.9  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108585 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.48 
 
 
477 aa  73.6  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  22.22 
 
 
461 aa  73.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.18 
 
 
492 aa  73.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.38 
 
 
511 aa  72.4  0.00000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  22.48 
 
 
489 aa  71.6  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.07 
 
 
361 aa  70.5  0.00000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2806  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  30.2 
 
 
560 aa  70.5  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.07 
 
 
374 aa  70.1  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0743  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.94 
 
 
489 aa  70.1  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.91 
 
 
403 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.48 
 
 
515 aa  70.1  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.48 
 
 
515 aa  69.7  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.57 
 
 
496 aa  68.6  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.03 
 
 
515 aa  68.2  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4529  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.98 
 
 
350 aa  68.6  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  21.54 
 
 
961 aa  68.2  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  26.97 
 
 
369 aa  68.2  0.0000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>