More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2080 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  100 
 
 		 363 aa  748    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  69.15 
 
 		 365 aa  526  1e-148  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  67.49 
 
 		 365 aa  511  1e-144  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  61.81 
 
 		 365 aa  475  1e-133  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  59.78 
 
 		 369 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  46.39 
 
 		 395 aa  345  1e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  44.68 
 
 		 379 aa  342  5.999999999999999e-93  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  44.41 
 
 		 384 aa  312  5.999999999999999e-84  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  42.13 
 
 		 384 aa  291  1e-77  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  41.87 
 
 		 384 aa  289  6e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  41.6 
 
 		 384 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  40.42 
 
 		 390 aa  278  1e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  42.98 
 
 		 349 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  39.95 
 
 		 384 aa  272  5.000000000000001e-72  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.41 
 
 		 361 aa  268  8e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.71 
 
 		 403 aa  262  6e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  40.4 
 
 		 349 aa  261  1e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.17 
 
 		 365 aa  260  2e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  42.05 
 
 		 355 aa  244  9.999999999999999e-64  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.51 
 
 		 374 aa  207  3e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.45 
 
 		 411 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  30.42 
 
 		 473 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  32.8 
 
 		 498 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  32.8 
 
 		 473 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.4 
 
 		 498 aa  143  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.78 
 
 		 474 aa  143  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.15 
 
 		 500 aa  143  6e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.06 
 
 		 468 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  32.48 
 
 		 485 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  29.86 
 
 		 473 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  29.86 
 
 		 473 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  32.8 
 
 		 473 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.67 
 
 		 513 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.81 
 
 		 472 aa  137  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 		 412 aa  136  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  32.47 
 
 		 473 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.25 
 
 		 514 aa  133  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  32.14 
 
 		 442 aa  132  1.0000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.97 
 
 		 474 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  35.74 
 
 		 572 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.07 
 
 		 472 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.69 
 
 		 478 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.37 
 
 		 499 aa  126  5e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  30.6 
 
 		 546 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.13 
 
 		 498 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  29.65 
 
 		 603 aa  121  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.89 
 
 		 494 aa  120  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3028  histidine decarboxylase  27.24 
 
 		 398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.726503  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  31.89 
 
 		 605 aa  113  6e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  31.89 
 
 		 605 aa  112  9e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02100  histidine decarboxylase  26.28 
 
 		 386 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  32.86 
 
 		 483 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  28.47 
 
 		 532 aa  106  6e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.33 
 
 		 425 aa  105  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.72 
 
 		 500 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4546  pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain protein  29.51 
 
 		 472 aa  104  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.218359 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.72 
 
 		 464 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  29.35 
 
 		 460 aa  101  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.74 
 
 		 475 aa  98.2  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  27.78 
 
 		 479 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  31.2 
 
 		 464 aa  98.2  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.15 
 
 		 560 aa  97.1  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.644401 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  26.44 
 
 		 521 aa  96.3  7e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  27.85 
 
 		 468 aa  95.1  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  27.46 
 
 		 468 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.26 
 
 		 546 aa  94.7  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  27.46 
 
 		 463 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  26.91 
 
 		 468 aa  94  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  28.17 
 
 		 464 aa  93.6  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  25.07 
 
 		 457 aa  93.6  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  30.38 
 
 		 466 aa  93.6  5e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.6 
 
 		 550 aa  93.6  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  28.1 
 
 		 461 aa  93.2  6e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  28.1 
 
 		 461 aa  93.2  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  28.22 
 
 		 496 aa  93.2  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  28.1 
 
 		 461 aa  93.2  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  29.89 
 
 		 463 aa  93.2  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  28.52 
 
 		 464 aa  92.4  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 		 549 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 		 549 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  26.95 
 
 		 470 aa  92  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  28.72 
 
 		 464 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  26.38 
 
 		 552 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 		 549 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  27.91 
 
 		 461 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.43 
 
 		 538 aa  92  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  28.52 
 
 		 464 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.97 
 
 		 548 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  26.69 
 
 		 515 aa  90.9  3e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  28.97 
 
 		 533 aa  91.3  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.16 
 
 		 549 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.41 
 
 		 495 aa  90.9  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.08 
 
 		 549 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.97 
 
 		 549 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.97 
 
 		 549 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.41 
 
 		 495 aa  90.9  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  28.16 
 
 		 466 aa  90.1  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.56 
 
 		 546 aa  90.5  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.56 
 
 		 549 aa  89.7  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1637  histidine decarboxylase  25.46 
 
 		 383 aa  89.7  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>