More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_22660 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  100 
 
 		 483 aa  960    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  62.75 
 
 		 464 aa  492  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  59.79 
 
 		 516 aa  467  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  55.05 
 
 		 499 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  51.68 
 
 		 478 aa  444  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  54.6 
 
 		 500 aa  440  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.84 
 
 		 472 aa  428  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.95 
 
 		 472 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.04 
 
 		 474 aa  368  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.56 
 
 		 474 aa  352  8e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.11 
 
 		 500 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.9 
 
 		 513 aa  308  2.0000000000000002e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.92 
 
 		 498 aa  306  5.0000000000000004e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.81 
 
 		 531 aa  298  1e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.78 
 
 		 494 aa  286  4e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.25 
 
 		 498 aa  276  4e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.71 
 
 		 411 aa  246  6.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  34.09 
 
 		 603 aa  243  6e-63  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  37.77 
 
 		 473 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  37.77 
 
 		 473 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.84 
 
 		 514 aa  239  6.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  37.53 
 
 		 473 aa  239  9e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  34.68 
 
 		 546 aa  238  2e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.28 
 
 		 468 aa  232  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  34.31 
 
 		 532 aa  231  2e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  36.23 
 
 		 498 aa  231  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  36.97 
 
 		 485 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  36.23 
 
 		 473 aa  230  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  37.05 
 
 		 473 aa  230  5e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  33.94 
 
 		 572 aa  227  4e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  36.8 
 
 		 473 aa  227  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  33.33 
 
 		 442 aa  213  9e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.25 
 
 		 425 aa  200  3.9999999999999996e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  32.71 
 
 		 605 aa  172  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  32.98 
 
 		 605 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  30.21 
 
 		 379 aa  154  5e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  34.26 
 
 		 365 aa  141  3e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  32.51 
 
 		 384 aa  141  3e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  32.81 
 
 		 365 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.82 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  32.86 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  29.89 
 
 		 395 aa  124  4e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26 
 
 		 374 aa  124  4e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  27.35 
 
 		 384 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  31.21 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  31.35 
 
 		 369 aa  121  3e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  25.88 
 
 		 384 aa  117  6e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  26.27 
 
 		 384 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  27.68 
 
 		 461 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  28.53 
 
 		 384 aa  108  3e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  26.17 
 
 		 390 aa  106  7e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  40.41 
 
 		 355 aa  106  9e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  27.35 
 
 		 461 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  33.76 
 
 		 349 aa  106  1e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  25.47 
 
 		 468 aa  103  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.97 
 
 		 361 aa  103  7e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  21.43 
 
 		 468 aa  100  8e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  25.85 
 
 		 457 aa  99  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  27.02 
 
 		 460 aa  97.8  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  38.04 
 
 		 349 aa  97.1  6e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  24.25 
 
 		 489 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  23.77 
 
 		 466 aa  95.1  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  25.38 
 
 		 479 aa  93.6  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4879  glutamate decarboxylase GadB  23.77 
 
 		 466 aa  93.6  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.718769 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03318  hypothetical protein  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01451  glutamate decarboxylase B, PLP-dependent  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2153  glutamate decarboxylase  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.139052  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01464  hypothetical protein  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  23.77 
 
 		 466 aa  93.2  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  24.03 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143383 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.74 
 
 		 365 aa  92.4  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1578  glutamate decarboxylase GadB  23.81 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  24.72 
 
 		 466 aa  92  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  27.3 
 
 		 473 aa  92  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  25.83 
 
 		 463 aa  91.3  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  23.65 
 
 		 455 aa  90.1  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  26.97 
 
 		 470 aa  90.1  8e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  25 
 
 		 461 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  25 
 
 		 461 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  25 
 
 		 461 aa  87.8  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  23.17 
 
 		 464 aa  87  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  23.31 
 
 		 515 aa  87  7e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  25.96 
 
 		 466 aa  86.7  8e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  25.73 
 
 		 460 aa  85.1  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  24.87 
 
 		 468 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  25.45 
 
 		 488 aa  82  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  23.55 
 
 		 521 aa  81.6  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  23.01 
 
 		 468 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  22.73 
 
 		 464 aa  79.3  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.1 
 
 		 530 aa  79  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  22.19 
 
 		 496 aa  79  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  22.32 
 
 		 464 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>