237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3028 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3028  histidine decarboxylase  100 
 
 
398 aa  827    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.726503  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_2217  predicted protein  43.7 
 
 
364 aa  325  1e-87  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02100  histidine decarboxylase  36.44 
 
 
386 aa  252  8.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1637  histidine decarboxylase  34.75 
 
 
383 aa  243  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0827  glutamate decarboxylase  27.04 
 
 
592 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.71 
 
 
448 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0272  glutamate decarboxylase  27.54 
 
 
456 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  27.24 
 
 
363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  26.95 
 
 
384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  27.58 
 
 
384 aa  110  6e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  27.58 
 
 
365 aa  107  5e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.5 
 
 
374 aa  107  5e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  27.38 
 
 
390 aa  105  1e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  26.59 
 
 
384 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  26.28 
 
 
384 aa  98.6  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.78 
 
 
361 aa  96.3  7e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  25.83 
 
 
395 aa  96.3  9e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  25.68 
 
 
384 aa  95.9  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  26.99 
 
 
365 aa  94.7  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  25.76 
 
 
369 aa  93.6  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  25.46 
 
 
365 aa  91.3  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.16 
 
 
412 aa  89  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.69 
 
 
789 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.16 
 
 
365 aa  87  5e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  25.52 
 
 
379 aa  86.7  6e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.5 
 
 
403 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.74 
 
 
510 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.39 
 
 
477 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.8 
 
 
484 aa  80.9  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.33 
 
 
466 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.29 
 
 
538 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.69 
 
 
489 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.8 
 
 
475 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.34 
 
 
483 aa  73.2  0.000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.39 
 
 
550 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  23.96 
 
 
349 aa  71.6  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.55 
 
 
480 aa  72  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.35 
 
 
515 aa  71.6  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.42 
 
 
456 aa  70.9  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  21.75 
 
 
470 aa  71.2  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4546  pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain protein  31.76 
 
 
472 aa  71.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.218359 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  25.36 
 
 
548 aa  70.5  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.42 
 
 
456 aa  70.9  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2032  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.82 
 
 
547 aa  70.9  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0351867  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.73 
 
 
480 aa  70.9  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  28.4 
 
 
491 aa  70.1  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  23.08 
 
 
349 aa  70.1  0.00000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.44 
 
 
474 aa  69.7  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  26.13 
 
 
548 aa  69.7  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
495 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  22.86 
 
 
355 aa  68.9  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.2 
 
 
483 aa  68.9  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
495 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.16 
 
 
484 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.16 
 
 
484 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  26.16 
 
 
484 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.17 
 
 
470 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.46 
 
 
475 aa  68.6  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
490 aa  67.8  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  22.32 
 
 
529 aa  67.8  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10001  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.41 
 
 
460 aa  67.8  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.450995  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.18 
 
 
460 aa  67.4  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  26.76 
 
 
543 aa  67.4  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.82 
 
 
479 aa  67  0.0000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.81 
 
 
494 aa  66.6  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  28.04 
 
 
552 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.94 
 
 
536 aa  66.2  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  28.71 
 
 
577 aa  65.5  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.92 
 
 
479 aa  65.5  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.6 
 
 
461 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  25.74 
 
 
484 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0931  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.38 
 
 
567 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  28.3 
 
 
967 aa  64.3  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.29 
 
 
502 aa  63.9  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1209  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  26.32 
 
 
469 aa  64.3  0.000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.18 
 
 
474 aa  64.3  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.69 
 
 
552 aa  63.5  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.25 
 
 
470 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.8 
 
 
505 aa  63.5  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  30 
 
 
507 aa  63.5  0.000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.2 
 
 
461 aa  63.2  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  27.34 
 
 
453 aa  63.2  0.000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.8 
 
 
500 aa  63.2  0.000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.81 
 
 
459 aa  62.4  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.22 
 
 
496 aa  62  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  27.54 
 
 
961 aa  61.6  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  24.27 
 
 
548 aa  62  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  29.7 
 
 
963 aa  62  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.82 
 
 
611 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.05 
 
 
461 aa  61.2  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.44 
 
 
479 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  24.71 
 
 
484 aa  60.8  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.89 
 
 
546 aa  60.8  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.65 
 
 
492 aa  60.8  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  32.3 
 
 
496 aa  60.8  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  29.83 
 
 
468 aa  60.5  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.4 
 
 
530 aa  60.5  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  26.95 
 
 
460 aa  60.5  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6749  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.35 
 
 
574 aa  59.7  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.89 
 
 
488 aa  59.7  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>