49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0827 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0827  glutamate decarboxylase  100 
 
 		 592 aa  1240    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0272  glutamate decarboxylase  30.06 
 
 		 456 aa  204  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.85 
 
 		 448 aa  200  7.999999999999999e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_2217  predicted protein  30.14 
 
 		 364 aa  160  5e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3028  histidine decarboxylase  27.04 
 
 		 398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.726503  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02100  histidine decarboxylase  24.85 
 
 		 386 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1637  histidine decarboxylase  25.8 
 
 		 383 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  26.62 
 
 		 473 aa  55.1  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  26.62 
 
 		 473 aa  54.3  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  26.28 
 
 		 498 aa  52.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  26.28 
 
 		 485 aa  52  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.32 
 
 		 470 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  26.28 
 
 		 473 aa  52  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  26.28 
 
 		 473 aa  52  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.28 
 
 		 473 aa  52  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  26.28 
 
 		 473 aa  52  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  25.12 
 
 		 603 aa  50.1  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.21 
 
 		 500 aa  50.1  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.66 
 
 		 514 aa  50.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  28.47 
 
 		 384 aa  50.1  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  23.03 
 
 		 384 aa  48.5  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.48 
 
 		 403 aa  48.9  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  24.39 
 
 		 479 aa  48.5  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  29.37 
 
 		 390 aa  48.5  0.0004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  22.79 
 
 		 384 aa  47.8  0.0006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  25.81 
 
 		 463 aa  47.8  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  28.91 
 
 		 384 aa  47.8  0.0007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  25.58 
 
 		 468 aa  47.4  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.81 
 
 		 478 aa  47  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.62 
 
 		 470 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.33 
 
 		 478 aa  47  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  21.12 
 
 		 474 aa  46.6  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  20.63 
 
 		 488 aa  46.6  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.33 
 
 		 470 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.2 
 
 		 474 aa  45.8  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  26.48 
 
 		 502 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  27.84 
 
 		 569 aa  45.8  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.61 
 
 		 470 aa  46.2  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  25 
 
 		 471 aa  45.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  25 
 
 		 471 aa  45.1  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25 
 
 		 471 aa  45.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0961  decarboxylase, group II  24.78 
 
 		 557 aa  45.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000836659  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  24.7 
 
 		 466 aa  45.1  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.83 
 
 		 472 aa  43.9  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.13 
 
 		 412 aa  43.9  0.008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  27.45 
 
 		 442 aa  43.9  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  26.9 
 
 		 546 aa  43.9  0.008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.63 
 
 		 471 aa  43.9  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.03 
 
 		 472 aa  43.5  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>