More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1873 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 472 aa  917    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  71.16 
 
 		 478 aa  641    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  72.52 
 
 		 472 aa  644    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  51.14 
 
 		 516 aa  395  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  48.95 
 
 		 483 aa  392  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  51.65 
 
 		 464 aa  383  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  51.06 
 
 		 499 aa  377  1e-103  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.05 
 
 		 474 aa  360  3e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.54 
 
 		 500 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.53 
 
 		 474 aa  345  1e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.98 
 
 		 500 aa  317  3e-85  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.48 
 
 		 494 aa  297  2e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  42.86 
 
 		 513 aa  278  2e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.23 
 
 		 498 aa  272  9e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.84 
 
 		 411 aa  259  7e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.79 
 
 		 531 aa  259  1e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  36.03 
 
 		 532 aa  253  5.000000000000001e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.04 
 
 		 514 aa  249  7e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.2 
 
 		 468 aa  246  6.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  38.66 
 
 		 473 aa  246  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  38.42 
 
 		 473 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  38.42 
 
 		 473 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  39.95 
 
 		 485 aa  243  6e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  37.59 
 
 		 473 aa  242  9e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  39.68 
 
 		 473 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  39.68 
 
 		 498 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  38.07 
 
 		 473 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  40 
 
 		 498 aa  241  2e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  34.79 
 
 		 546 aa  228  2e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  35.51 
 
 		 442 aa  227  3e-58  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  33.17 
 
 		 603 aa  218  2e-55  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  31.37 
 
 		 572 aa  204  3e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.04 
 
 		 425 aa  191  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  33.42 
 
 		 605 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  34.05 
 
 		 605 aa  159  9e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  29.46 
 
 		 379 aa  156  9e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  30.53 
 
 		 384 aa  152  8.999999999999999e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  35.47 
 
 		 384 aa  150  4e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.77 
 
 		 403 aa  150  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  30.25 
 
 		 384 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  27.92 
 
 		 384 aa  147  5e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  32.29 
 
 		 365 aa  147  5e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  31.94 
 
 		 365 aa  145  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  31.95 
 
 		 365 aa  139  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  27.15 
 
 		 390 aa  137  4e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  29.81 
 
 		 363 aa  137  4e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  30.51 
 
 		 369 aa  136  8e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  28.23 
 
 		 395 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.19 
 
 		 374 aa  132  9e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  27.03 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40 
 
 		 361 aa  119  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.57 
 
 		 365 aa  108  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  39.41 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  28.53 
 
 		 457 aa  108  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  31.25 
 
 		 349 aa  100  4e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  28.06 
 
 		 468 aa  100  8e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  31.35 
 
 		 349 aa  98.2  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.49 
 
 		 466 aa  92  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  27.25 
 
 		 460 aa  91.3  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  27.49 
 
 		 461 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.12 
 
 		 484 aa  89  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  26.73 
 
 		 463 aa  88.6  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  26.67 
 
 		 466 aa  89  2e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4546  pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain protein  31.01 
 
 		 472 aa  88.6  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.218359 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  24.1 
 
 		 468 aa  88.2  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  23.3 
 
 		 464 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  23.24 
 
 		 464 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  25.64 
 
 		 461 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.93 
 
 		 484 aa  83.6  0.000000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  30.85 
 
 		 442 aa  82.4  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  26.22 
 
 		 455 aa  82.4  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.39 
 
 		 527 aa  82.8  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.9 
 
 		 530 aa  82.8  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  25.6 
 
 		 461 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  25.6 
 
 		 461 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  25.6 
 
 		 461 aa  83.2  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  27.27 
 
 		 488 aa  82.4  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  24.65 
 
 		 460 aa  82.4  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  28.83 
 
 		 470 aa  81.6  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  23.1 
 
 		 464 aa  82.4  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  23.01 
 
 		 464 aa  81.6  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.32 
 
 		 458 aa  80.1  0.00000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  23.8 
 
 		 468 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  28.08 
 
 		 479 aa  80.1  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  24.55 
 
 		 489 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  24.34 
 
 		 521 aa  79  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.56 
 
 		 460 aa  79  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.64 
 
 		 488 aa  77.8  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.76 
 
 		 515 aa  78.2  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1493  aminotransferase, class V  31.25 
 
 		 379 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0268467  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  27.09 
 
 		 473 aa  78.2  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  26.01 
 
 		 468 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  26.8 
 
 		 463 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.35 
 
 		 789 aa  77.8  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2683  aminotransferase, class V  31.2 
 
 		 393 aa  77.4  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0397114 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.62 
 
 		 412 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1833  aminotransferase, class V  30.62 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0175075  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  28.06 
 
 		 466 aa  76.6  0.0000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.5 
 
 		 529 aa  75.9  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  24.46 
 
 		 466 aa  75.9  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>