More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3997 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 516 aa  1016    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  59.79 
 
 		 483 aa  479  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  52.69 
 
 		 478 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  51.52 
 
 		 499 aa  428  1e-118  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  51.14 
 
 		 472 aa  427  1e-118  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  56.93 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.22 
 
 		 500 aa  412  1e-114  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  50.1 
 
 		 472 aa  409  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.84 
 
 		 474 aa  339  7e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.61 
 
 		 474 aa  318  1e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.85 
 
 		 513 aa  289  9e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.6 
 
 		 498 aa  286  4e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.72 
 
 		 531 aa  280  3e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.94 
 
 		 500 aa  277  3e-73  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.98 
 
 		 498 aa  265  1e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.21 
 
 		 494 aa  257  4e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.28 
 
 		 514 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.8 
 
 		 411 aa  243  5e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.35 
 
 		 425 aa  224  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.78 
 
 		 468 aa  224  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  36.06 
 
 		 473 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  36.8 
 
 		 498 aa  217  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  36.53 
 
 		 473 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  33.16 
 
 		 532 aa  216  9.999999999999999e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  36.53 
 
 		 485 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  32.45 
 
 		 546 aa  213  5.999999999999999e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  34.95 
 
 		 473 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  34.95 
 
 		 473 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  34.95 
 
 		 473 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  34.95 
 
 		 473 aa  210  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  33.59 
 
 		 572 aa  209  1e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  34.17 
 
 		 442 aa  209  1e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  30.7 
 
 		 603 aa  198  2.0000000000000003e-49  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  30.4 
 
 		 605 aa  140  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  30.09 
 
 		 605 aa  138  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  31.46 
 
 		 365 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  29.37 
 
 		 384 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  25.94 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.05 
 
 		 403 aa  126  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  26.59 
 
 		 379 aa  126  7e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  25.75 
 
 		 384 aa  124  5e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  25.13 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  32.76 
 
 		 365 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  36.28 
 
 		 361 aa  116  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  32.81 
 
 		 365 aa  114  6e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  23.74 
 
 		 390 aa  113  9e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  37.19 
 
 		 355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  23.88 
 
 		 384 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  30.38 
 
 		 363 aa  111  3e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  29.6 
 
 		 369 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  29.64 
 
 		 395 aa  108  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  26.61 
 
 		 457 aa  103  7e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.63 
 
 		 365 aa  102  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.7 
 
 		 374 aa  102  2e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  24.64 
 
 		 515 aa  101  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  30.79 
 
 		 349 aa  101  4e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  34.28 
 
 		 349 aa  100  9e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  25.85 
 
 		 521 aa  97.4  5e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  26.18 
 
 		 468 aa  93.2  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  27.09 
 
 		 488 aa  89  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  29.29 
 
 		 489 aa  87  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  30.15 
 
 		 463 aa  87  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  27.38 
 
 		 473 aa  85.5  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  26.57 
 
 		 557 aa  84.7  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  26.57 
 
 		 557 aa  84.7  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  28.57 
 
 		 466 aa  82.8  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  24.13 
 
 		 460 aa  81.6  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  26.82 
 
 		 461 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  27.94 
 
 		 468 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  27.95 
 
 		 468 aa  80.5  0.00000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  25.3 
 
 		 461 aa  79  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  25.3 
 
 		 461 aa  79  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  25.3 
 
 		 461 aa  79  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  26.32 
 
 		 461 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  25.76 
 
 		 460 aa  77  0.0000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  28.83 
 
 		 470 aa  76.6  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.28 
 
 		 789 aa  76.6  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  24.01 
 
 		 479 aa  75.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  22.69 
 
 		 464 aa  74.7  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.8 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.62 
 
 		 511 aa  73.9  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.41 
 
 		 484 aa  73.6  0.000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.81 
 
 		 466 aa  72.8  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  22.69 
 
 		 464 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.63 
 
 		 475 aa  71.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  23.64 
 
 		 569 aa  70.9  0.00000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  30 
 
 		 529 aa  70.1  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  23.94 
 
 		 466 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.89 
 
 		 515 aa  70.1  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.28 
 
 		 458 aa  69.7  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  22.55 
 
 		 466 aa  69.3  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.43 
 
 		 530 aa  69.7  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.32 
 
 		 484 aa  70.1  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  23.97 
 
 		 468 aa  69.7  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  23.21 
 
 		 464 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  22.52 
 
 		 496 aa  69.3  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  23.08 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  23.08 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  23.08 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  23.08 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>