More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0389 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  86.97 
 
 		 500 aa  793    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 499 aa  977    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  55.05 
 
 		 483 aa  444  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  50 
 
 		 478 aa  412  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.87 
 
 		 472 aa  413  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  55.03 
 
 		 464 aa  403  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.53 
 
 		 516 aa  394  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.84 
 
 		 472 aa  381  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.33 
 
 		 474 aa  335  7.999999999999999e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.09 
 
 		 474 aa  313  5.999999999999999e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.55 
 
 		 513 aa  295  1e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.9 
 
 		 500 aa  288  2e-76  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.49 
 
 		 494 aa  271  2e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.16 
 
 		 498 aa  262  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.55 
 
 		 531 aa  251  1e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.51 
 
 		 498 aa  248  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.71 
 
 		 514 aa  241  2e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  34.67 
 
 		 532 aa  237  3e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  37.35 
 
 		 473 aa  236  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  36.43 
 
 		 473 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  36.43 
 
 		 473 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  36.36 
 
 		 473 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.63 
 
 		 411 aa  233  8.000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  37.23 
 
 		 473 aa  229  7e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  35.45 
 
 		 546 aa  228  2e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  36.7 
 
 		 498 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  36.7 
 
 		 473 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  36.7 
 
 		 485 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.77 
 
 		 468 aa  218  1e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  33.33 
 
 		 572 aa  215  9.999999999999999e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  32.61 
 
 		 442 aa  208  1e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  32.38 
 
 		 603 aa  202  1.9999999999999998e-50  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.66 
 
 		 425 aa  191  4e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  32.74 
 
 		 605 aa  157  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  32.66 
 
 		 605 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  31.4 
 
 		 384 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  28.83 
 
 		 379 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  34.71 
 
 		 365 aa  137  5e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  34.88 
 
 		 365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  31.37 
 
 		 363 aa  126  9e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.15 
 
 		 403 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  32.68 
 
 		 365 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  30.13 
 
 		 395 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.19 
 
 		 374 aa  111  3e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  30.74 
 
 		 369 aa  110  5e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  27.96 
 
 		 457 aa  107  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  27.03 
 
 		 468 aa  104  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  26.73 
 
 		 390 aa  103  7e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  32.18 
 
 		 349 aa  100  5e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  26.98 
 
 		 461 aa  100  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.69 
 
 		 361 aa  100  7e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  24.86 
 
 		 384 aa  99.4  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  25.15 
 
 		 384 aa  97.1  6e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  25.45 
 
 		 384 aa  97.4  6e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  27.75 
 
 		 473 aa  95.9  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  27.41 
 
 		 461 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  29.53 
 
 		 466 aa  95.1  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  24.85 
 
 		 384 aa  94  5e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  24.63 
 
 		 515 aa  91.3  3e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  33.51 
 
 		 355 aa  91.7  3e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  26.76 
 
 		 466 aa  90.5  7e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  25.83 
 
 		 461 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  25.83 
 
 		 461 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  25.83 
 
 		 461 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  22.8 
 
 		 468 aa  89.4  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  26.67 
 
 		 460 aa  87  6e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.49 
 
 		 365 aa  86.7  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  25.15 
 
 		 489 aa  84.7  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  25.44 
 
 		 466 aa  84  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143383 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  23.32 
 
 		 464 aa  83.6  0.000000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01451  glutamate decarboxylase B, PLP-dependent  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2153  glutamate decarboxylase  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.139052  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  23.39 
 
 		 464 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03318  hypothetical protein  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.718769 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1578  glutamate decarboxylase GadB  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4879  glutamate decarboxylase GadB  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01464  hypothetical protein  25.15 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.89 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  24.01 
 
 		 521 aa  82.8  0.00000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  23.92 
 
 		 464 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  31.71 
 
 		 349 aa  82.4  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  23.66 
 
 		 464 aa  82  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  25 
 
 		 463 aa  81.6  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  24.63 
 
 		 468 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  23.1 
 
 		 464 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  26.65 
 
 		 470 aa  79.7  0.0000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  24.26 
 
 		 569 aa  79  0.0000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  22.83 
 
 		 466 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  25.58 
 
 		 468 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  23.33 
 
 		 460 aa  78.2  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>