131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6904 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  75.32 
 
 
466 aa  700    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  100 
 
 
473 aa  962    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  61.04 
 
 
468 aa  551  1e-155  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  57.01 
 
 
468 aa  512  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  54.93 
 
 
464 aa  502  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  56.34 
 
 
489 aa  498  1e-140  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  57.44 
 
 
461 aa  498  1e-140  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  57.44 
 
 
461 aa  498  1e-140  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  57.11 
 
 
463 aa  498  1e-140  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  57.44 
 
 
461 aa  498  1e-140  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  53.9 
 
 
464 aa  498  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  59 
 
 
460 aa  488  1e-137  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  53.36 
 
 
464 aa  490  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  57.46 
 
 
468 aa  485  1e-136  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  53.68 
 
 
470 aa  485  1e-136  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  54.95 
 
 
464 aa  485  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  53.03 
 
 
463 aa  473  1e-132  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  51.96 
 
 
466 aa  463  1e-129  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  53.48 
 
 
466 aa  464  1e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  51.9 
 
 
461 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  52.13 
 
 
461 aa  457  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  53.2 
 
 
488 aa  452  1.0000000000000001e-126  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  44.47 
 
 
466 aa  443  1e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  47.8 
 
 
466 aa  443  1e-123  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01451  glutamate decarboxylase B, PLP-dependent  50.78 
 
 
466 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2153  glutamate decarboxylase  50.78 
 
 
466 aa  432  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.139052  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01464  hypothetical protein  50.78 
 
 
466 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  44.22 
 
 
464 aa  433  1e-120  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  48.55 
 
 
479 aa  433  1e-120  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  50.78 
 
 
466 aa  432  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  50.78 
 
 
466 aa  432  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  50.78 
 
 
466 aa  432  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  50.78 
 
 
466 aa  432  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.143383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  50.78 
 
 
466 aa  432  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.139391 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  50.78 
 
 
466 aa  431  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  50.78 
 
 
466 aa  431  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1578  glutamate decarboxylase GadB  50.34 
 
 
466 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  50.78 
 
 
466 aa  431  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  50.78 
 
 
466 aa  431  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03318  hypothetical protein  50.78 
 
 
466 aa  431  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  50.78 
 
 
466 aa  431  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.718769 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  50.56 
 
 
466 aa  430  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4879  glutamate decarboxylase GadB  50.56 
 
 
466 aa  430  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  48.4 
 
 
457 aa  418  9.999999999999999e-116  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  50.24 
 
 
455 aa  412  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  45.37 
 
 
496 aa  405  1.0000000000000001e-112  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  47.22 
 
 
515 aa  403  1e-111  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  45.24 
 
 
468 aa  387  1e-106  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  44.92 
 
 
521 aa  378  1e-103  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  39.63 
 
 
557 aa  367  1e-100  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  39.63 
 
 
557 aa  367  1e-100  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  41.58 
 
 
569 aa  367  1e-100  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  43.55 
 
 
460 aa  355  1e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  27.75 
 
 
379 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.64 
 
 
468 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  28.25 
 
 
369 aa  109  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  28.77 
 
 
384 aa  107  4e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  26.59 
 
 
473 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.68 
 
 
473 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  28.18 
 
 
485 aa  104  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  26.13 
 
 
442 aa  104  4e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  24.74 
 
 
603 aa  103  6e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  27.23 
 
 
473 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  27.23 
 
 
473 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  28.45 
 
 
498 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.85 
 
 
514 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  28.45 
 
 
473 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  27.17 
 
 
473 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.64 
 
 
513 aa  102  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  26.63 
 
 
365 aa  100  5e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  27.62 
 
 
395 aa  100  6e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  31.6 
 
 
365 aa  99  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  25.29 
 
 
572 aa  97.8  4e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.36 
 
 
411 aa  97.1  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.75 
 
 
499 aa  95.1  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  30.22 
 
 
365 aa  95.1  3e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.07 
 
 
498 aa  93.6  7e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.87 
 
 
361 aa  91.3  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  23.63 
 
 
546 aa  89.4  1e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.66 
 
 
474 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  29.95 
 
 
349 aa  87.4  6e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.7 
 
 
474 aa  87  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
365 aa  83.2  0.000000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  26.72 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.09 
 
 
500 aa  82.4  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.92 
 
 
403 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  30.16 
 
 
355 aa  81.6  0.00000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  26.83 
 
 
363 aa  80.5  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.63 
 
 
498 aa  80.5  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.03 
 
 
472 aa  80.1  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.57 
 
 
464 aa  79.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  29.2 
 
 
349 aa  79.7  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.51 
 
 
472 aa  79  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  23.64 
 
 
390 aa  76.6  0.0000000000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.74 
 
 
478 aa  75.1  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.89 
 
 
500 aa  73.2  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  22.54 
 
 
532 aa  72.4  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.82 
 
 
494 aa  71.2  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.53 
 
 
531 aa  70.1  0.00000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.89 
 
 
516 aa  69.3  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>