182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02100 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02100  histidine decarboxylase  100 
 
 
386 aa  807    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1637  histidine decarboxylase  62.37 
 
 
383 aa  503  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_2217  predicted protein  40.87 
 
 
364 aa  283  4.0000000000000003e-75  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3028  histidine decarboxylase  36.44 
 
 
398 aa  252  8.000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.726503  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.92 
 
 
448 aa  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0272  glutamate decarboxylase  28.17 
 
 
456 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  26.86 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0827  glutamate decarboxylase  24.85 
 
 
592 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  25.41 
 
 
365 aa  114  3e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  26.02 
 
 
365 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  27.02 
 
 
384 aa  110  3e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  26.28 
 
 
363 aa  110  3e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  25.45 
 
 
395 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.97 
 
 
374 aa  108  1e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  26.81 
 
 
379 aa  107  4e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.24 
 
 
412 aa  96.7  6e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  25.39 
 
 
390 aa  87.8  3e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  24.84 
 
 
369 aa  87.4  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  24.37 
 
 
384 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  25.71 
 
 
384 aa  83.6  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.77 
 
 
403 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  27.08 
 
 
349 aa  82.4  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  22.86 
 
 
384 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.67 
 
 
361 aa  80.1  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  23.57 
 
 
384 aa  79  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  27.35 
 
 
349 aa  78.6  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  26.69 
 
 
491 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  22.7 
 
 
365 aa  75.1  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.63 
 
 
475 aa  73.6  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1209  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.89 
 
 
469 aa  73.2  0.000000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.09 
 
 
510 aa  69.7  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55334  glutamate decarboxylase 2  27.91 
 
 
507 aa  68.9  0.0000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.46 
 
 
488 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  23.62 
 
 
355 aa  67.4  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.78 
 
 
573 aa  66.6  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.5 
 
 
484 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.5 
 
 
484 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.95 
 
 
789 aa  65.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.5 
 
 
484 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4546  pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain protein  24.24 
 
 
472 aa  65.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.218359 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.55 
 
 
479 aa  64.3  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.91 
 
 
461 aa  63.5  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.06 
 
 
489 aa  63.5  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.74 
 
 
483 aa  62.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.1 
 
 
484 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.23 
 
 
461 aa  62  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  22.76 
 
 
461 aa  60.5  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.64 
 
 
477 aa  60.5  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  25 
 
 
522 aa  60.1  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  21.82 
 
 
462 aa  59.7  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.36 
 
 
456 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.97 
 
 
456 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  25 
 
 
453 aa  58.9  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.11 
 
 
541 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.41 
 
 
466 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.17 
 
 
511 aa  58.5  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.57 
 
 
494 aa  58.2  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  22.68 
 
 
577 aa  58.2  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25 
 
 
483 aa  58.2  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.9 
 
 
464 aa  57.4  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0743  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.28 
 
 
489 aa  57  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  21.08 
 
 
480 aa  57  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  25 
 
 
543 aa  55.5  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
550 aa  55.5  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.52 
 
 
470 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5487  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.02 
 
 
550 aa  55.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108585 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  22.88 
 
 
479 aa  55.8  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.5 
 
 
534 aa  55.8  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.13 
 
 
470 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.19 
 
 
495 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.12 
 
 
515 aa  55.1  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.55 
 
 
474 aa  55.5  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  24.53 
 
 
532 aa  55.1  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.19 
 
 
495 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.98 
 
 
470 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.48 
 
 
478 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.93 
 
 
551 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  24.86 
 
 
468 aa  53.9  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.85 
 
 
530 aa  53.9  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.72 
 
 
488 aa  53.9  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  24.67 
 
 
961 aa  53.9  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.07 
 
 
484 aa  53.5  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.71 
 
 
546 aa  53.1  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.39 
 
 
550 aa  53.1  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  22.44 
 
 
517 aa  53.1  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  27.52 
 
 
552 aa  52.8  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  22.22 
 
 
500 aa  52.4  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  21.92 
 
 
480 aa  52.4  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  23.47 
 
 
462 aa  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.18 
 
 
505 aa  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.5 
 
 
530 aa  51.6  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10231  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  24.89 
 
 
455 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.1178 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.72 
 
 
490 aa  51.2  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.63 
 
 
496 aa  51.2  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  22.18 
 
 
442 aa  51.2  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  25.11 
 
 
967 aa  51.2  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.57 
 
 
515 aa  51.6  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.97 
 
 
548 aa  51.2  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10001  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  22.08 
 
 
460 aa  50.8  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.450995  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.09 
 
 
538 aa  50.8  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>