More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3265 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1401  protein of unknown function DUF201  78.47 
 
 		 409 aa  640    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3265  hypothetical protein  100 
 
 		 412 aa  831    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1119  biotin carboxylase  43.98 
 
 		 411 aa  333  3e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2959  phosphoribosylglycinamide synthetase  39.53 
 
 		 405 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2737  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  34.83 
 
 		 723 aa  228  2e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0619  phosphoribosylglycinamide synthetase  33.01 
 
 		 410 aa  216  4e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.241949  hitchhiker  0.00233057 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1270  protein of unknown function DUF201  32.69 
 
 		 399 aa  209  9e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.964812  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0449  putative glycolate oxidase  31.47 
 
 		 404 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0418  hypothetical protein  31.39 
 
 		 411 aa  193  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2209  CarB family protein  29.88 
 
 		 543 aa  167  4e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.304362  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2428  protein of unknown function DUF201  30.3 
 
 		 402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.281403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3759  protein of unknown function DUF201  26.97 
 
 		 425 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7725  hypothetical protein  27.64 
 
 		 411 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0573  phosphoribosylglycinamide synthetase  25.78 
 
 		 420 aa  107  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23534  normal  0.22349 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2020  phosphoribosylglycinamide synthetase  26.3 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14410  carbamoylphosphate synthase large subunit  27.78 
 
 		 423 aa  104  4e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3626  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  24.88 
 
 		 432 aa  102  8e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33390  biotin carboxylase  26.96 
 
 		 428 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.465269 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37420  biotin carboxylase  26.22 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.442231 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1388  hypothetical protein  25.64 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2595  putative carbamoyl-phosphate-synthetase  27.65 
 
 		 398 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605395  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4648  protein of unknown function DUF201  29.28 
 
 		 404 aa  98.2  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.896666  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0754  protein of unknown function DUF201  24.37 
 
 		 409 aa  98.2  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4500  Cysteine synthase  26.48 
 
 		 756 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.632569  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1164  protein of unknown function DUF201  25.71 
 
 		 437 aa  94.7  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1929  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  24.57 
 
 		 411 aa  93.6  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1432  hypothetical protein  26.6 
 
 		 424 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.502147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2251  phosphoribosylglycinamide synthetase  26.69 
 
 		 418 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000511987 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1268  phosphoribosylglycinamide synthetase  24.61 
 
 		 400 aa  87.8  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.584392  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0755  protein of unknown function DUF201  24.15 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0194  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein ATP-grasp  28.06 
 
 		 419 aa  84  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296569  normal  0.160479 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09340  hypothetical protein  28.57 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.035454  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3552  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein  25.93 
 
 		 373 aa  80.9  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138111  normal  0.272734 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0170  phosphoribosylglycinamide synthetase ATP-grasp domain-containing protein  21.01 
 
 		 407 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0292  phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp  21.01 
 
 		 407 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2438  hypothetical protein  28.43 
 
 		 410 aa  80.1  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.658373 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1498  biotin carboxylase-like  27 
 
 		 428 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2987  phosphoribosylglycinamide synthetase  22.7 
 
 		 410 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000000875543  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0200  hypothetical protein  25.41 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214933  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  31.05 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  31.05 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1423  protein of unknown function DUF201  27.48 
 
 		 424 aa  76.6  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1518  protein of unknown function DUF201  27.16 
 
 		 424 aa  76.6  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2440  biotin carboxylase-like  26.58 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.459774  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  30.65 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2022  argininosuccinate lyase  27.1 
 
 		 900 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10658  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1584  putative carbamoyl-phosphate-synthetase protein  23.16 
 
 		 393 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2158  argininosuccinate lyase  27.1 
 
 		 914 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2002  argininosuccinate lyase  27.1 
 
 		 900 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.848902  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0721  hypothetical protein  29.03 
 
 		 402 aa  73.9  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.446517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  30.06 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01931  vibrioferrin biosynthesis protein PvsA  27.86 
 
 		 399 aa  72.8  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4786  hypothetical protein  26.21 
 
 		 398 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  29.82 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2135  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.15 
 
 		 412 aa  70.5  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165665  normal  0.504192 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  29.47 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3660  hypothetical protein  26.85 
 
 		 411 aa  69.7  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.853995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2668  phosphoribosylglycinamide synthetase  25.14 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  30.64 
 
 		 315 aa  69.3  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1514  hypothetical protein  25.71 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1782  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  27.87 
 
 		 1054 aa  68.9  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  27.57 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0912  biotin carboxylase-like protein  25.31 
 
 		 410 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.527326 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2663  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  24.19 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3091  PvsA  27.23 
 
 		 394 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.324185  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  29.48 
 
 		 319 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  30.06 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1971  argininosuccinate lyase  24.84 
 
 		 891 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4856  protein of unknown function DUF201  26.4 
 
 		 396 aa  65.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2148  hypothetical protein  23.86 
 
 		 414 aa  65.1  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001066  vibrioferrin ligase/carboxylase protein PvsA  23.65 
 
 		 403 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  29.48 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3192  argininosuccinate lyase  25.75 
 
 		 924 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.655648  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1553  phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp, putative  25.27 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2122  argininosuccinate lyase  25.75 
 
 		 894 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0738  3-methylcrotonoyl-CoA carboxylase, alpha subunit  27.21 
 
 		 645 aa  63.5  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.623779  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1620  argininosuccinate lyase  25.53 
 
 		 896 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1396  argininosuccinate lyase  25.53 
 
 		 926 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2646  argininosuccinate lyase  25.73 
 
 		 904 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2144  phosphoribosylglycinamide synthetase  22.79 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0250211 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2507  argininosuccinate lyase  25.51 
 
 		 912 aa  62  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2969  hypothetical protein  28.69 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2560  argininosuccinate lyase  25.83 
 
 		 904 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0029  protein of unknown function DUF201  23.68 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1030  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  24.8 
 
 		 455 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30510  acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit  25.62 
 
 		 665 aa  60.8  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.434229 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0732  hypothetical protein  25.7 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0899  hypothetical protein  25.7 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0718  hypothetical protein  25.81 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.555879  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1043  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  24.34 
 
 		 476 aa  60.1  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  27.75 
 
 		 319 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2087  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.12 
 
 		 404 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0891562 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0434  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  24.93 
 
 		 659 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0240  hypothetical protein  24.91 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1096  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  24.39 
 
 		 455 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.754595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2815  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  26.13 
 
 		 654 aa  58.9  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102576  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2124  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  23.72 
 
 		 666 aa  58.5  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.494302  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3760  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  25.44 
 
 		 662 aa  58.9  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.156644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1005  cyanophycin synthetase  38.2 
 
 		 862 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.623044 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1569  hypothetical protein  27.27 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>