294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_14410 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_14410  carbamoylphosphate synthase large subunit  100 
 
 
423 aa  870    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3265  hypothetical protein  27.78 
 
 
412 aa  104  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2209  CarB family protein  29.36 
 
 
543 aa  102  2e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.304362  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0619  phosphoribosylglycinamide synthetase  27.73 
 
 
410 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.241949  hitchhiker  0.00233057 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1270  protein of unknown function DUF201  27.34 
 
 
399 aa  101  3e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.964812  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37420  biotin carboxylase  24.49 
 
 
405 aa  100  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.442231 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1401  protein of unknown function DUF201  30.41 
 
 
409 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2959  phosphoribosylglycinamide synthetase  25.06 
 
 
405 aa  97.4  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2595  putative carbamoyl-phosphate-synthetase  26.67 
 
 
398 aa  89  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605395  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0449  putative glycolate oxidase  26.33 
 
 
404 aa  86.7  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2737  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  25.61 
 
 
723 aa  83.6  0.000000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3552  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein  25.18 
 
 
373 aa  83.2  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138111  normal  0.272734 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2251  phosphoribosylglycinamide synthetase  29.66 
 
 
418 aa  80.1  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000511987 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2428  protein of unknown function DUF201  24.34 
 
 
402 aa  79.7  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.281403  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1388  hypothetical protein  21.39 
 
 
395 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1164  protein of unknown function DUF201  27.19 
 
 
437 aa  69.3  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1119  biotin carboxylase  26.89 
 
 
411 aa  67.8  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0979  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.59 
 
 
476 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1929  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  28.99 
 
 
403 aa  66.6  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.268202  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1922  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.09 
 
 
404 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.244182  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2314  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  28.93 
 
 
398 aa  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0318  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.09 
 
 
404 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0201005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1035  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.09 
 
 
404 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.240382  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0832  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.09 
 
 
404 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.815383  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5661  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.32 
 
 
404 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.541626  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3301  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  28.29 
 
 
404 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.225182  normal 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0170  phosphoribosylglycinamide synthetase ATP-grasp domain-containing protein  29.85 
 
 
407 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0292  phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp  29.85 
 
 
407 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2037  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.26 
 
 
392 aa  64.7  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1268  phosphoribosylglycinamide synthetase  25.6 
 
 
400 aa  64.7  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.584392  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1245  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.8 
 
 
404 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.816462 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1707  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.8 
 
 
404 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0549  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.51 
 
 
393 aa  64.7  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1196  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.6 
 
 
404 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.517415  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2319  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.8 
 
 
404 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.613049  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0958  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.49 
 
 
404 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1188  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.6 
 
 
404 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.265969  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1349  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.6 
 
 
464 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.608306  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1905  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.42 
 
 
386 aa  64.3  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.273133  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2087  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.5 
 
 
404 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0891562 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1366  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.26 
 
 
392 aa  63.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000213864 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2807  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  28.06 
 
 
392 aa  63.5  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2042  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.26 
 
 
392 aa  63.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.489284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1241  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.26 
 
 
392 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2097  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.26 
 
 
392 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.310007  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4380  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  28.28 
 
 
395 aa  62.4  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.722448  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0302  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.01 
 
 
392 aa  63.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000751651  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27 
 
 
399 aa  62.4  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229559  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6153  protein of unknown function DUF201  28.57 
 
 
397 aa  62  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3070  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.47 
 
 
396 aa  61.6  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.636645  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1686  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25 
 
 
391 aa  60.8  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10474  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02115  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.26 
 
 
391 aa  60.8  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1011  Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase  23.37 
 
 
397 aa  60.5  0.00000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.649609  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2132  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.66 
 
 
393 aa  60.5  0.00000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000381873  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2756  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.26 
 
 
393 aa  60.5  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.966815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4068  hypothetical protein  28.33 
 
 
413 aa  60.1  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0513  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.24 
 
 
428 aa  59.7  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2358  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.34 
 
 
404 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.739555  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2238  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.34 
 
 
404 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.335743  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10931  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.46 
 
 
391 aa  59.7  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.224699  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1834  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.9 
 
 
392 aa  59.3  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.272244  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33390  biotin carboxylase  26.64 
 
 
428 aa  58.9  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.465269 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0523  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25 
 
 
428 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25 
 
 
428 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2342  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.32 
 
 
404 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0158257 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0871  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.51 
 
 
391 aa  58.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000494924  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0036  phosphoribosylamine/glycine ligase  26.47 
 
 
430 aa  58.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0200  hypothetical protein  24.59 
 
 
405 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214933  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1468  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.88 
 
 
393 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2020  phosphoribosylglycinamide synthetase  24.07 
 
 
407 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.26 
 
 
391 aa  58.9  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.497623  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0973  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.02 
 
 
391 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000246757  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1390  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.32 
 
 
394 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.833755  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10931  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.94 
 
 
391 aa  58.9  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.673369  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1277  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.88 
 
 
393 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.05935  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2474  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.83 
 
 
401 aa  57.8  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00530276  normal  0.239211 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3022  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  31.84 
 
 
391 aa  57.4  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.289298  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1578  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.54 
 
 
392 aa  57.8  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1555  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.35 
 
 
388 aa  57.8  0.0000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1014  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.62 
 
 
393 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0850  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.64 
 
 
393 aa  57.4  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0148242  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1122  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.86 
 
 
388 aa  57.4  0.0000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0160  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.96 
 
 
392 aa  57.4  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000791072  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0534  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.74 
 
 
395 aa  57.4  0.0000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0760232 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0829  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.86 
 
 
388 aa  57  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2118  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  28.14 
 
 
392 aa  57  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7725  hypothetical protein  27.72 
 
 
411 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10668  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39610  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.76 
 
 
393 aa  56.6  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27 
 
 
400 aa  56.6  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00220765 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2987  phosphoribosylglycinamide synthetase  27.6 
 
 
410 aa  56.6  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000000875543  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.27 
 
 
396 aa  56.6  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.331336 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.86 
 
 
392 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1941  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.86 
 
 
392 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1707  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.93 
 
 
399 aa  56.2  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0749454  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01808  hypothetical protein  23.86 
 
 
392 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2079  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.47 
 
 
392 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2130  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.89 
 
 
392 aa  55.8  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2242  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.89 
 
 
393 aa  56.2  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.86 
 
 
392 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.163487 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3101  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.37 
 
 
391 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.313356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>