209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3552 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3552  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein  100 
 
 		 373 aa  754    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138111  normal  0.272734 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2428  protein of unknown function DUF201  30.97 
 
 		 402 aa  119  6e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.281403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2595  putative carbamoyl-phosphate-synthetase  25.62 
 
 		 398 aa  109  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605395  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1388  hypothetical protein  28.16 
 
 		 395 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1401  protein of unknown function DUF201  27.7 
 
 		 409 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37420  biotin carboxylase  25.56 
 
 		 405 aa  95.5  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.442231 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2209  CarB family protein  29.64 
 
 		 543 aa  89.4  9e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.304362  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2737  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  25.81 
 
 		 723 aa  87  5e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2959  phosphoribosylglycinamide synthetase  28.91 
 
 		 405 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0619  phosphoribosylglycinamide synthetase  27.24 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.241949  hitchhiker  0.00233057 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0449  putative glycolate oxidase  29.33 
 
 		 404 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14410  carbamoylphosphate synthase large subunit  25.18 
 
 		 423 aa  83.2  0.000000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3265  hypothetical protein  25.93 
 
 		 412 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7725  hypothetical protein  29.3 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.10668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4648  protein of unknown function DUF201  30.94 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.896666  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1270  protein of unknown function DUF201  22.3 
 
 		 399 aa  74.3  0.000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.964812  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1119  biotin carboxylase  25.48 
 
 		 411 aa  73.6  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1584  putative carbamoyl-phosphate-synthetase protein  25.34 
 
 		 393 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1268  phosphoribosylglycinamide synthetase  21.59 
 
 		 400 aa  70.9  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.584392  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0170  phosphoribosylglycinamide synthetase ATP-grasp domain-containing protein  25.09 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0292  phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp  25.09 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2158  argininosuccinate lyase  29.88 
 
 		 914 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2002  argininosuccinate lyase  29.88 
 
 		 900 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.848902  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2022  argininosuccinate lyase  29.88 
 
 		 900 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10658  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2020  phosphoribosylglycinamide synthetase  28.02 
 
 		 407 aa  68.9  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0573  phosphoribosylglycinamide synthetase  26.22 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23534  normal  0.22349 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2251  phosphoribosylglycinamide synthetase  26.11 
 
 		 418 aa  65.5  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000511987 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4500  Cysteine synthase  30.07 
 
 		 756 aa  64.7  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.632569  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0200  hypothetical protein  25.51 
 
 		 405 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214933  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33390  biotin carboxylase  26.64 
 
 		 428 aa  62  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.465269 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1432  hypothetical protein  29.08 
 
 		 424 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.502147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0996  phosphoribosylglycinamide synthetase  24.64 
 
 		 541 aa  59.7  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000037072 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1347  phosphoribosylamine--glycine ligase  27.08 
 
 		 417 aa  60.1  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.207795  normal  0.112273 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0418  hypothetical protein  28.19 
 
 		 411 aa  59.7  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2316  phosphoribosylamine/glycine ligase  26.37 
 
 		 446 aa  59.7  0.00000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.306508 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1164  protein of unknown function DUF201  23.85 
 
 		 437 aa  59.7  0.00000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0899  hypothetical protein  28.47 
 
 		 406 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2688  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  28.88 
 
 		 392 aa  58.9  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1056  phosphoribosylamine--glycine ligase  25.71 
 
 		 432 aa  59.3  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0718  hypothetical protein  28.47 
 
 		 406 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.555879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0732  hypothetical protein  28.47 
 
 		 406 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4975  phosphoribosylamine--glycine ligase  24.71 
 
 		 423 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1518  protein of unknown function DUF201  28.52 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4678  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.53 
 
 		 400 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2440  biotin carboxylase-like  29.29 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.459774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1423  protein of unknown function DUF201  28.52 
 
 		 424 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2144  phosphoribosylglycinamide synthetase  27.9 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0250211 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0345  phosphoribosylamine--glycine ligase  24.33 
 
 		 423 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0372  phosphoribosylamine--glycine ligase  23.97 
 
 		 423 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3192  argininosuccinate lyase  27.8 
 
 		 924 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.655648  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5090  hypothetical protein  21.96 
 
 		 453 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5770  hypothetical protein  21.96 
 
 		 453 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0282385 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2314  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.51 
 
 		 398 aa  56.2  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1498  biotin carboxylase-like  28.18 
 
 		 428 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0280  phosphoribosylamine--glycine ligase  24.34 
 
 		 423 aa  55.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1929  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  25.82 
 
 		 411 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1007  hypothetical protein  27.34 
 
 		 427 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1396  argininosuccinate lyase  27.57 
 
 		 926 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0328  phosphoribosylamine--glycine ligase  23.6 
 
 		 423 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1295  phosphoribosylamine/glycine ligase  25.35 
 
 		 427 aa  55.5  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.058661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2668  phosphoribosylglycinamide synthetase  25.37 
 
 		 415 aa  55.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.21 
 
 		 400 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0527923  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6149  hypothetical protein  26.28 
 
 		 441 aa  55.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.669475 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0274  phosphoribosylamine--glycine ligase  23.95 
 
 		 423 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3660  hypothetical protein  29.62 
 
 		 411 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.853995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2331  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.87 
 
 		 393 aa  54.7  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.659291 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2122  argininosuccinate lyase  27.59 
 
 		 894 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.67 
 
 		 604 aa  54.3  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1688  phosphoribosylamine/glycine ligase  24.18 
 
 		 430 aa  54.3  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1620  argininosuccinate lyase  27.35 
 
 		 896 aa  53.9  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2646  argininosuccinate lyase  27.6 
 
 		 904 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1971  argininosuccinate lyase  28.4 
 
 		 891 aa  53.9  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3365  putative carbamoyl-phosphate-synthetase protein  26.79 
 
 		 384 aa  54.3  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.131382  normal  0.291758 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11500  phosphoribosylamine--glycine ligase  26.98 
 
 		 430 aa  54.3  0.000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.089244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2560  argininosuccinate lyase  27.13 
 
 		 904 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0194  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein ATP-grasp  26.24 
 
 		 419 aa  53.9  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.296569  normal  0.160479 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2507  argininosuccinate lyase  27.73 
 
 		 912 aa  53.5  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0506  phosphoribosylamine/glycine ligase  25.42 
 
 		 430 aa  53.1  0.000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.437456  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0286  phosphoribosylamine--glycine ligase  23.57 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0299  phosphoribosylamine--glycine ligase  23.57 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1707  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.24 
 
 		 399 aa  53.1  0.000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0749454  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0271  phosphoribosylamine--glycine ligase  23.57 
 
 		 423 aa  52.8  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4068  hypothetical protein  23.26 
 
 		 413 aa  52.8  0.000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0331  phosphoribosylamine--glycine ligase  23.57 
 
 		 423 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.77 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00220765 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2980  phosphoribosylamine/glycine ligase  24.14 
 
 		 430 aa  51.6  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1966  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.42 
 
 		 393 aa  51.2  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2987  phosphoribosylglycinamide synthetase  21.94 
 
 		 410 aa  50.8  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000000875543  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0145  phosphoribosylamine--glycine ligase  26.23 
 
 		 419 aa  50.4  0.00005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000216858  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0278  phosphoribosylamine--glycine ligase  22.66 
 
 		 423 aa  50.4  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0380  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  25.42 
 
 		 1099 aa  50.1  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1261  phosphoribosylamine--glycine ligase  22.05 
 
 		 415 aa  50.1  0.00006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0233  phosphoribosylamine--glycine ligase  22.79 
 
 		 417 aa  50.1  0.00006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0143  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.93 
 
 		 392 aa  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0170  phosphoribosylamine/glycine ligase  26.39 
 
 		 420 aa  49.7  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.133071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0363  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  25.42 
 
 		 1099 aa  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.948928  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3242  hypothetical protein  25.75 
 
 		 432 aa  49.7  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.97 
 
 		 391 aa  49.7  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.497623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2162  hypothetical protein  23.79 
 
 		 414 aa  48.9  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4544  phosphoribosylamine--glycine ligase  27.38 
 
 		 428 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.185185 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>