250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_1584 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1584  putative carbamoyl-phosphate-synthetase protein  100 
 
 
393 aa  820    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3365  putative carbamoyl-phosphate-synthetase protein  32.04 
 
 
384 aa  166  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.131382  normal  0.291758 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2595  putative carbamoyl-phosphate-synthetase  25.63 
 
 
398 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.605395  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1401  protein of unknown function DUF201  24.25 
 
 
409 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1119  biotin carboxylase  26.57 
 
 
411 aa  82  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2737  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  27.64 
 
 
723 aa  79  0.0000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3265  hypothetical protein  23.16 
 
 
412 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1270  protein of unknown function DUF201  24.41 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.964812  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3552  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain-containing protein  25.34 
 
 
373 aa  71.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138111  normal  0.272734 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1388  hypothetical protein  28.22 
 
 
395 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0418  hypothetical protein  25.17 
 
 
411 aa  69.7  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37420  biotin carboxylase  24.22 
 
 
405 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.442231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5661  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.18 
 
 
404 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.541626  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3301  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.1 
 
 
404 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.225182  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1245  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.1 
 
 
404 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.816462 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2087  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.13 
 
 
404 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0891562 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2209  CarB family protein  25.47 
 
 
543 aa  64.7  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.304362  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1905  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25.95 
 
 
386 aa  65.1  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.273133  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2428  protein of unknown function DUF201  22.7 
 
 
402 aa  65.1  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.281403  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0979  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.06 
 
 
476 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1707  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.1 
 
 
404 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2319  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.1 
 
 
404 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.613049  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0033  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  25 
 
 
387 aa  63.2  0.000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1188  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.06 
 
 
404 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.265969  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1349  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.06 
 
 
464 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.608306  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0958  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.49 
 
 
404 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1196  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.06 
 
 
404 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.517415  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1922  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  21.71 
 
 
404 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.244182  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0318  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  21.71 
 
 
404 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0201005  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1035  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  21.71 
 
 
404 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.240382  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0832  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  21.71 
 
 
404 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.815383  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0449  putative glycolate oxidase  21.53 
 
 
404 aa  61.2  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2238  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.76 
 
 
404 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.335743  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2358  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.76 
 
 
404 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.739555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2959  phosphoribosylglycinamide synthetase  23.02 
 
 
405 aa  60.8  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0619  phosphoribosylglycinamide synthetase  22.92 
 
 
410 aa  60.1  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.241949  hitchhiker  0.00233057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2342  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.49 
 
 
404 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0158257 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2020  phosphoribosylglycinamide synthetase  20.82 
 
 
407 aa  58.9  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2688  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.43 
 
 
392 aa  58.2  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0591  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  24.14 
 
 
439 aa  55.8  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.649776  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2668  phosphoribosylglycinamide synthetase  22.81 
 
 
415 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0097  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  27.75 
 
 
394 aa  54.7  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2314  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.4 
 
 
398 aa  55.1  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2232  carbamoyl phosphate synthase large subunit  22.95 
 
 
1079 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.251597  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3403  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.12 
 
 
1072 aa  54.7  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000056188 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1164  protein of unknown function DUF201  20.73 
 
 
437 aa  54.7  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3626  ATP-dependent carboxylate-amine ligase domain protein ATP-grasp  23.72 
 
 
432 aa  54.3  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3577  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.12 
 
 
1072 aa  54.3  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.108884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  23.08 
 
 
399 aa  53.5  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229559  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3911  carbamoyl phosphate synthase large subunit  22.28 
 
 
1066 aa  53.1  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.123492 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10891  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  22.74 
 
 
390 aa  53.5  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.402968  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00913  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.89 
 
 
1077 aa  53.1  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.71 
 
 
393 aa  53.1  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.251731 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0586  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.89 
 
 
1076 aa  52.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14410  carbamoylphosphate synthase large subunit  20.11 
 
 
423 aa  52.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0037  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1073 aa  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00037  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1073 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3566  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  23.7 
 
 
1073 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0071  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1075 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1871  cyanophycin synthetase  28.71 
 
 
939 aa  51.6  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0699  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  25.17 
 
 
1077 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.133334  normal  0.0796001 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0075  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1075 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0073  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1075 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.841404  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0036  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1073 aa  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2251  phosphoribosylglycinamide synthetase  22.8 
 
 
418 aa  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000511987 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0074  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1075 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00036  hypothetical protein  23.7 
 
 
1073 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10931  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.8 
 
 
391 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.224699  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0071  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1075 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.423134  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0033  carbamoyl phosphate synthase large subunit  22.6 
 
 
1073 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0034  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1073 aa  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004478  carbamoyl-phosphate synthase large chain  24.45 
 
 
1077 aa  51.2  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2474  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  24.1 
 
 
401 aa  51.2  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00530276  normal  0.239211 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0873  cyanophycin synthetase  30.84 
 
 
879 aa  51.6  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0200  hypothetical protein  22.27 
 
 
405 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214933  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  21.9 
 
 
395 aa  50.8  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.881865  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0036  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1073 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0714  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1074 aa  50.8  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.278068 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3622  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.7 
 
 
1073 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.443028 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0783  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.35 
 
 
1077 aa  50.4  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.523621  normal  0.328934 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3582  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.35 
 
 
1077 aa  50.4  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3453  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.35 
 
 
1077 aa  50.4  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.755127  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1967  carbamoyl phosphate synthase large subunit  22.77 
 
 
1076 aa  50.4  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0592  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.97 
 
 
1028 aa  50.1  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1446  carbamoyl phosphate synthase large subunit  22.41 
 
 
1066 aa  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3074  carbamoyl phosphate synthase large subunit  21.97 
 
 
1073 aa  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.581012  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0352  carbamoyl phosphate synthase large subunit  20.7 
 
 
1075 aa  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000999114  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0617  cyanophycin synthetase  35.56 
 
 
894 aa  49.3  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.634255  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1518  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  20.96 
 
 
449 aa  49.7  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0122051  normal  0.737322 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1965  cyanophycin synthetase  30.93 
 
 
902 aa  48.9  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.644693  normal  0.187039 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3647  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.14 
 
 
1074 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0548  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  22.07 
 
 
1517 aa  49.3  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0897  carbamoyl phosphate synthase large subunit  22.77 
 
 
1076 aa  49.3  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.641004 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1868  carbamoyl-phosphate synthase large subunit  23.35 
 
 
1067 aa  48.9  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0503  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  26.06 
 
 
387 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.333912  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3291  Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase  22.38 
 
 
399 aa  48.5  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3400  carbamoyl phosphate synthase large subunit  22.71 
 
 
1074 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12823  carbamoyl-phosphate synthase, large (or ammonia) subunit (carB)  20.2 
 
 
950 aa  48.9  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.188852  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3713  carbamoyl phosphate synthase large subunit  25.41 
 
 
1072 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1052  carbamoyl phosphate synthase large subunit  21.97 
 
 
1074 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000022294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>