More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0822 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0822  outer membrane efflux family protein  100 
 
 
472 aa  950    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3454  outer membrane efflux protein  92.24 
 
 
477 aa  889    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00515771  hitchhiker  0.00444269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  77.66 
 
 
471 aa  752    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228737  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  78.59 
 
 
483 aa  771    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00132321  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0834  RND efflux system outer membrane lipoprotein  78.38 
 
 
483 aa  771    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.933668  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  78.59 
 
 
483 aa  770    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00460212  hitchhiker  0.00000000259986 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0802  RND efflux system outer membrane lipoprotein  79.75 
 
 
476 aa  774    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102308  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.66 
 
 
432 aa  370  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.52 
 
 
464 aa  363  3e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  40.05 
 
 
463 aa  351  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.84 
 
 
460 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2315  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.3 
 
 
461 aa  337  2.9999999999999997e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.44899 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.84 
 
 
460 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  37.61 
 
 
460 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0723  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.5 
 
 
468 aa  318  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.291891  normal  0.133179 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4955  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.61 
 
 
459 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.525956  normal  0.0720894 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.61 
 
 
459 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5331  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.61 
 
 
459 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0147852 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1861  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.74 
 
 
454 aa  311  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.83 
 
 
479 aa  309  6.999999999999999e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.07 
 
 
496 aa  197  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.55 
 
 
482 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.9 
 
 
482 aa  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0746  outer membrane protein  26.54 
 
 
461 aa  189  8e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00126239  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.68 
 
 
478 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.61 
 
 
460 aa  188  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.89 
 
 
486 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.76 
 
 
484 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.76 
 
 
484 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.89 
 
 
486 aa  186  9e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.76 
 
 
484 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.94 
 
 
484 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  28.42 
 
 
469 aa  183  6e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  29.96 
 
 
503 aa  183  7e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  29.83 
 
 
569 aa  182  8.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.72 
 
 
486 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
495 aa  179  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.45 
 
 
502 aa  178  2e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.79 
 
 
496 aa  177  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.79 
 
 
496 aa  177  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  28.76 
 
 
486 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.75 
 
 
472 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0563  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  27.63 
 
 
482 aa  175  9.999999999999999e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0291463  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.36 
 
 
507 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0440  RND efflux system, outer membrane protein  30.09 
 
 
509 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.79 
 
 
494 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.84 
 
 
477 aa  174  5e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28 
 
 
541 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  27.39 
 
 
485 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.02 
 
 
482 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.45 
 
 
492 aa  172  7.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  27.33 
 
 
485 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.94 
 
 
484 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  30 
 
 
470 aa  171  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0117  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  24.35 
 
 
482 aa  170  4e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.27 
 
 
531 aa  170  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.54 
 
 
504 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 
495 aa  170  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.72 
 
 
497 aa  169  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0141  RND efflux system, outer membrane protein  30.81 
 
 
506 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1037  RND efflux system, outer membrane protein  30.81 
 
 
508 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0168  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.81 
 
 
508 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0618806  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1312  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.81 
 
 
508 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2631  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.81 
 
 
508 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.79 
 
 
470 aa  169  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2774  Outer membrane protein  30.81 
 
 
508 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30 
 
 
479 aa  168  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1258  putative flagellar hook-associated protein 2  26.81 
 
 
448 aa  168  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  29.98 
 
 
474 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.91 
 
 
470 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.94 
 
 
485 aa  168  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.78 
 
 
489 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.63 
 
 
459 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4833  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.63 
 
 
474 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.820871  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.87 
 
 
500 aa  167  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.51 
 
 
501 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1377  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.89 
 
 
456 aa  167  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.85 
 
 
517 aa  167  5e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.27 
 
 
514 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.63 
 
 
517 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  29.26 
 
 
491 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  31.64 
 
 
480 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.27 
 
 
514 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.93 
 
 
499 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  30.15 
 
 
492 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1203  outer membrane efflux protein OprB  28.27 
 
 
512 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.21076  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0033  outer membrane efflux protein OprB  28.27 
 
 
512 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.27 
 
 
514 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1046  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.27 
 
 
512 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  28.4 
 
 
553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.27 
 
 
514 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.904611  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  29.22 
 
 
474 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.83 
 
 
474 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.13 
 
 
504 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.5 
 
 
503 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1759  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.54 
 
 
600 aa  164  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000901075  normal  0.0327712 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.94 
 
 
480 aa  164  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2510  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.67 
 
 
465 aa  163  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.88 
 
 
457 aa  163  7e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.69 
 
 
481 aa  163  7e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>