More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4468 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  74.41 
 
 		 652 aa  987    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 671 aa  1373    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 699 aa  1375    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  48.19 
 
 		 680 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  41.31 
 
 		 681 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  38.4 
 
 		 673 aa  398  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2952  TonB-dependent receptor  36.9 
 
 		 645 aa  378  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.771516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  37.12 
 
 		 696 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1229  TonB-dependent receptor plug  35.71 
 
 		 662 aa  351  3e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3850  TonB-dependent receptor  35.87 
 
 		 671 aa  349  9e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.302325  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1383  TonB-dependent receptor  32.16 
 
 		 702 aa  330  4e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00790883  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 675 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 705 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 613 aa  126  1e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 635 aa  122  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  26.1 
 
 		 634 aa  120  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 653 aa  120  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.97 
 
 		 615 aa  110  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  23.59 
 
 		 704 aa  110  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.54 
 
 		 623 aa  107  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  26.06 
 
 		 676 aa  107  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  24.24 
 
 		 662 aa  107  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  27.08 
 
 		 661 aa  107  7e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  24.62 
 
 		 678 aa  107  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 697 aa  106  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  26.07 
 
 		 620 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 715 aa  105  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 613 aa  103  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 726 aa  101  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  25.61 
 
 		 638 aa  100  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  24.15 
 
 		 614 aa  100  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.15 
 
 		 614 aa  100  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 611 aa  100  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0385  TonB-dependent receptor, plug  25.2 
 
 		 713 aa  100  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  24.46 
 
 		 680 aa  99.8  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.4 
 
 		 614 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.74 
 
 		 614 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.74 
 
 		 614 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 643 aa  99.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.99 
 
 		 614 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  21.71 
 
 		 701 aa  98.6  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.74 
 
 		 614 aa  99  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.74 
 
 		 614 aa  98.6  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.46 
 
 		 614 aa  99  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.99 
 
 		 614 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.99 
 
 		 614 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 710 aa  97.8  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  23.65 
 
 		 665 aa  97.4  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  23.65 
 
 		 665 aa  97.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  23.65 
 
 		 665 aa  97.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2036  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 687 aa  96.3  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  22.85 
 
 		 652 aa  95.9  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  25.29 
 
 		 731 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.73 
 
 		 653 aa  94.7  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  35.16 
 
 		 615 aa  94.4  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0993  TonB-dependent receptor plug  36.96 
 
 		 826 aa  94  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 614 aa  93.2  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  22.98 
 
 		 712 aa  92.8  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 707 aa  92.4  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  33.85 
 
 		 670 aa  92.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  23.52 
 
 		 663 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  23.13 
 
 		 663 aa  92  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 709 aa  92.4  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  24.78 
 
 		 684 aa  92  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.93 
 
 		 631 aa  91.7  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  24.83 
 
 		 739 aa  91.3  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 678 aa  90.1  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  34.59 
 
 		 641 aa  89.4  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 736 aa  89.4  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 713 aa  89  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  23.99 
 
 		 640 aa  89  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  24.72 
 
 		 653 aa  89  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 649 aa  89  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  24.96 
 
 		 695 aa  88.6  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  32.63 
 
 		 714 aa  87.8  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 679 aa  87  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 621 aa  86.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.97 
 
 		 615 aa  86.3  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 741 aa  85.9  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 680 aa  85.5  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 648 aa  85.5  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  33.17 
 
 		 718 aa  84.7  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 658 aa  84  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  33.71 
 
 		 655 aa  84  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  24.34 
 
 		 636 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  30.43 
 
 		 642 aa  83.6  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  32.42 
 
 		 710 aa  82.4  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0769  TonB-dependent receptor, plug  36.22 
 
 		 687 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  40.62 
 
 		 621 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  24.85 
 
 		 615 aa  82  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.68 
 
 		 630 aa  81.3  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.68 
 
 		 630 aa  81.3  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  22.37 
 
 		 788 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  25.11 
 
 		 627 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 661 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 733 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  24.74 
 
 		 792 aa  80.5  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 679 aa  80.5  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 777 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  24.65 
 
 		 732 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>