More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1227 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 277 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  96.39 
 
 		 277 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  78.7 
 
 		 270 aa  433  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  64.86 
 
 		 273 aa  335  3.9999999999999995e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 273 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.33 
 
 		 281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.3 
 
 		 256 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2262  LytTR family two component transcriptional regulator  46.98 
 
 		 269 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0894174 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.57 
 
 		 276 aa  206  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  42.55 
 
 		 276 aa  206  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2035  response regulator receiver protein  44.95 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  41.45 
 
 		 263 aa  202  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  41.45 
 
 		 263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  40.29 
 
 		 279 aa  193  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  40.81 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1148  response regulator receiver protein  48.23 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.573371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  39.19 
 
 		 243 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  37.36 
 
 		 243 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.23 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  34.19 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  34.19 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.82 
 
 		 248 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  34.19 
 
 		 248 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.82 
 
 		 248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  33.46 
 
 		 248 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  37.96 
 
 		 253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  31.52 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  29.56 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  32.58 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30.15 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  35.53 
 
 		 261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.5 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 265 aa  118  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.17 
 
 		 237 aa  118  9.999999999999999e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.01 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  36.19 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.6 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.43 
 
 		 266 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  30.82 
 
 		 272 aa  115  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.89 
 
 		 244 aa  115  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  34.43 
 
 		 254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  31.97 
 
 		 261 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  31.37 
 
 		 252 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.03 
 
 		 276 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  32.59 
 
 		 245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  30.29 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  31.14 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  31 
 
 		 252 aa  113  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  31.51 
 
 		 245 aa  113  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  30.88 
 
 		 247 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  32.6 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.68 
 
 		 260 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 266 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 255 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 245 aa  110  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.84 
 
 		 248 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  30.96 
 
 		 243 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.76 
 
 		 275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.22 
 
 		 260 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  32.95 
 
 		 249 aa  109  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  31.14 
 
 		 247 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 247 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.17 
 
 		 243 aa  108  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.17 
 
 		 258 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.11 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.44 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.46 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  33.21 
 
 		 243 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03033  transcriptional regulator protein  48.33 
 
 		 165 aa  106  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  30.16 
 
 		 243 aa  106  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.2 
 
 		 239 aa  106  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  29.23 
 
 		 280 aa  105  8e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 244 aa  105  8e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  32.12 
 
 		 250 aa  105  8e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1373  DNA-binding response regulator  45.52 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.648551  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 248 aa  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  28.31 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.47 
 
 		 238 aa  103  3e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.31 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.04 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.08 
 
 		 253 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  30.08 
 
 		 245 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 317 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1458  DNA-binding response regulator  46.28 
 
 		 140 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.84 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  33.76 
 
 		 268 aa  102  6e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  31.89 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 250 aa  102  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  31.39 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>