More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3536 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  58.52 
 
 
653 aa  727    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  67.49 
 
 
653 aa  880    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  85.89 
 
 
655 aa  1132    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
653 aa  1335    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  58.53 
 
 
562 aa  461  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  44.31 
 
 
428 aa  251  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  45.1 
 
 
429 aa  244  5e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  39.29 
 
 
428 aa  226  8e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  39.58 
 
 
430 aa  212  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  37.8 
 
 
509 aa  209  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  39.51 
 
 
424 aa  196  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  31.84 
 
 
538 aa  194  6e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  28.42 
 
 
667 aa  189  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  30.9 
 
 
549 aa  184  4.0000000000000006e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  59.41 
 
 
323 aa  178  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  31.77 
 
 
3706 aa  177  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  30.22 
 
 
694 aa  177  7e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.57 
 
 
1078 aa  172  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  37.3 
 
 
433 aa  164  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 
777 aa  164  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
688 aa  162  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.113851 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  53.8 
 
 
290 aa  161  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30 
 
 
1741 aa  158  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  50.33 
 
 
295 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  41.13 
 
 
794 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  52.55 
 
 
312 aa  147  7.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  54.68 
 
 
388 aa  146  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
638 aa  145  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.51 
 
 
1138 aa  144  4e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  53.28 
 
 
357 aa  144  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1808  putative PAS/PAC sensor protein  30.75 
 
 
603 aa  140  6e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.268482 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.02 
 
 
1036 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  53.08 
 
 
306 aa  140  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  34.91 
 
 
315 aa  139  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  51.91 
 
 
271 aa  139  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  26.15 
 
 
2361 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  40.43 
 
 
291 aa  137  8e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  51.56 
 
 
271 aa  136  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  52.34 
 
 
281 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  43.53 
 
 
293 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1671  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 
288 aa  135  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.128227 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  47.83 
 
 
510 aa  133  7.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.42 
 
 
1040 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 
1560 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.08 
 
 
1363 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  47.66 
 
 
272 aa  131  5.0000000000000004e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4563  signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
771 aa  130  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.633448 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.5 
 
 
1036 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  46.88 
 
 
285 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  47.37 
 
 
287 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  47.37 
 
 
288 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  46.32 
 
 
283 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  46.53 
 
 
358 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  48.06 
 
 
284 aa  127  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  46.62 
 
 
288 aa  126  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  50.79 
 
 
283 aa  126  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  48.09 
 
 
275 aa  125  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  47.33 
 
 
282 aa  124  5e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  44.53 
 
 
286 aa  124  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.49 
 
 
1442 aa  124  6e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  32.68 
 
 
255 aa  124  6e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  36.94 
 
 
439 aa  124  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  46.56 
 
 
284 aa  123  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0799  anti-sigma-factor antagonist  45.11 
 
 
286 aa  123  9e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224753  hitchhiker  0.00639287 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  46.92 
 
 
279 aa  123  9e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4858  anti-sigma-factor antagonist  46.62 
 
 
295 aa  123  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  45.86 
 
 
280 aa  123  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2419  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 
1023 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3137  anti-sigma-factor antagonist  46.09 
 
 
283 aa  122  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225193  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  45.38 
 
 
288 aa  122  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6567  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 
286 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967653  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 
1191 aa  121  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.45 
 
 
1094 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  46.09 
 
 
272 aa  120  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  46.51 
 
 
445 aa  120  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  47.73 
 
 
292 aa  120  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  47.73 
 
 
291 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  44.62 
 
 
291 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2486  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  48.74 
 
 
294 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  46.97 
 
 
292 aa  119  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  51.3 
 
 
285 aa  118  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.7 
 
 
660 aa  118  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.77 
 
 
1418 aa  118  3e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.87 
 
 
1820 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  45.67 
 
 
315 aa  117  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  46.72 
 
 
271 aa  117  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2854  putative two component signal transduction protein  25.88 
 
 
917 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.05 
 
 
951 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  44.78 
 
 
568 aa  115  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  39.42 
 
 
515 aa  115  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.87 
 
 
1101 aa  115  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.77 
 
 
933 aa  115  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1918  Signal transduction histidine kinase-like protein  24.17 
 
 
878 aa  114  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
2693 aa  113  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 
1023 aa  113  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  34.69 
 
 
299 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.18 
 
 
1791 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  39.25 
 
 
376 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  45.11 
 
 
559 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.37 
 
 
1151 aa  110  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>