More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0604 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  81.12 
 
 		 429 aa  678    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 428 aa  851    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  44.95 
 
 		 655 aa  239  6.999999999999999e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  44.31 
 
 		 653 aa  236  8e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  41.83 
 
 		 653 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  37.24 
 
 		 424 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  37.65 
 
 		 653 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  39.11 
 
 		 562 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  36.87 
 
 		 428 aa  188  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  38.29 
 
 		 430 aa  182  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 433 aa  181  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  34.54 
 
 		 509 aa  179  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  58.02 
 
 		 323 aa  170  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  41.84 
 
 		 290 aa  162  8.000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  39.37 
 
 		 667 aa  159  8e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  38.68 
 
 		 315 aa  159  9e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  35.69 
 
 		 538 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  47.34 
 
 		 549 aa  156  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  36.64 
 
 		 306 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  55.47 
 
 		 271 aa  143  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  55.81 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  54.69 
 
 		 271 aa  140  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  51.05 
 
 		 357 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  44.65 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  50 
 
 		 272 aa  133  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  53.12 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  29.33 
 
 		 694 aa  130  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  52.31 
 
 		 281 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  44.94 
 
 		 293 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  32.23 
 
 		 638 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 		 291 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  34.08 
 
 		 2361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  31.87 
 
 		 286 aa  127  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.89 
 
 		 1058 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  36.32 
 
 		 358 aa  123  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  42.5 
 
 		 920 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 1191 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  46.15 
 
 		 282 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  44.7 
 
 		 510 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1671  anti-sigma-factor antagonist  41.94 
 
 		 288 aa  120  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.128227 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  49.24 
 
 		 283 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4858  anti-sigma-factor antagonist  47.37 
 
 		 295 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6567  anti-sigma-factor antagonist  48.44 
 
 		 286 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967653  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  35.59 
 
 		 376 aa  118  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  44.88 
 
 		 315 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  35.45 
 
 		 284 aa  117  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  45.6 
 
 		 271 aa  117  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  44.53 
 
 		 288 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  43.12 
 
 		 275 aa  116  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  48.06 
 
 		 439 aa  116  8.999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 893 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 893 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  44.53 
 
 		 285 aa  113  5e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  47.33 
 
 		 568 aa  113  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  43.08 
 
 		 280 aa  114  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  46.1 
 
 		 559 aa  112  9e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01984  hypothetical protein  30.48 
 
 		 898 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.931378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1758  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  43.38 
 
 		 700 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250633  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  44.62 
 
 		 288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  46.4 
 
 		 445 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  43.94 
 
 		 284 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.48 
 
 		 1007 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  43.08 
 
 		 287 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  43.65 
 
 		 283 aa  110  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  43.75 
 
 		 288 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  48.21 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  43.85 
 
 		 291 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0799  anti-sigma-factor antagonist  42.97 
 
 		 286 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224753  hitchhiker  0.00639287 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  46.04 
 
 		 261 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0945  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.54 
 
 		 926 aa  108  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2715  anti-sigma-factor antagonist  45.67 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3137  anti-sigma-factor antagonist  43.18 
 
 		 283 aa  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225193  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2486  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  44.44 
 
 		 294 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  42.97 
 
 		 279 aa  107  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  43.45 
 
 		 421 aa  106  7e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  36.6 
 
 		 299 aa  106  8e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  44.62 
 
 		 292 aa  106  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  43.85 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  40.31 
 
 		 286 aa  105  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  43.85 
 
 		 291 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  46.09 
 
 		 231 aa  104  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  48.12 
 
 		 372 aa  104  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4058  anti-sigma-factor antagonist  47.01 
 
 		 370 aa  103  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4490  anti-sigma-factor antagonist  43.7 
 
 		 511 aa  104  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.30603  decreased coverage  0.000741245 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  41.09 
 
 		 689 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3858  anti-sigma-factor antagonist  41.5 
 
 		 357 aa  103  9e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3859  anti-sigma-factor antagonist  43.44 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  41.41 
 
 		 272 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0868  anti-sigma-factor antagonist  36.32 
 
 		 506 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121741 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 657 aa  101  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  40.16 
 
 		 308 aa  101  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1835  anti-sigma-factor antagonist  47.37 
 
 		 331 aa  101  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3508  anti-sigma-factor antagonist  45.08 
 
 		 359 aa  101  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1936  anti-sigma-factor antagonist  43.84 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.729747  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  43.51 
 
 		 377 aa  100  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0621  anti-sigma-factor antagonist  45.08 
 
 		 377 aa  99.4  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0312248 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  44.14 
 
 		 388 aa  99  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  48.06 
 
 		 385 aa  99.4  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.06 
 
 		 686 aa  99  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  40.83 
 
 		 255 aa  98.6  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>