More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1228 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1228  inner-membrane translocator  100 
 
 		 354 aa  701    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0580355  normal  0.0656558 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1331  inner-membrane translocator  80.66 
 
 		 363 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412363  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  50.65 
 
 		 320 aa  289  4e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  51.85 
 
 		 335 aa  289  6e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  53.51 
 
 		 322 aa  289  6e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  54.3 
 
 		 337 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  51.88 
 
 		 321 aa  278  9e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  50 
 
 		 333 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  51.56 
 
 		 340 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  52.25 
 
 		 324 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  55.14 
 
 		 361 aa  266  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  49.17 
 
 		 340 aa  265  8e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  47.65 
 
 		 368 aa  262  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  51.41 
 
 		 338 aa  247  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  42.69 
 
 		 346 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  44.52 
 
 		 343 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  40.7 
 
 		 594 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4820  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 337 aa  229  6e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  43.25 
 
 		 597 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.9 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  39.17 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  47.47 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  43.06 
 
 		 313 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  43.64 
 
 		 336 aa  182  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  43.13 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  38.56 
 
 		 652 aa  176  8e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 329 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 333 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 358 aa  170  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 351 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 330 aa  169  8e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 327 aa  169  8e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  39.14 
 
 		 327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 340 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 314 aa  164  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 339 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 339 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4486  inner-membrane translocator  39.56 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0988  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 349 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000237918 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  38.41 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  40.15 
 
 		 337 aa  159  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  40.15 
 
 		 337 aa  159  6e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5129  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0107834 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 342 aa  159  8e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.64 
 
 		 331 aa  158  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  39.71 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  37.9 
 
 		 338 aa  158  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.73 
 
 		 355 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  36.02 
 
 		 328 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  37.69 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 330 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 344 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  39.57 
 
 		 306 aa  153  5.9999999999999996e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  36.39 
 
 		 852 aa  152  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3460  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  38.04 
 
 		 840 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 340 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  39.25 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.63 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  39.15 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 331 aa  149  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 337 aa  149  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.49 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3828  inner-membrane translocator  39.19 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 318 aa  148  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 324 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 324 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 318 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 346 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 332 aa  145  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 339 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  36 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.23 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.74 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 646 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  35.64 
 
 		 628 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.71 
 
 		 646 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1210  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085887  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 344 aa  143  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>