More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0828 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  100 
 
 		 268 aa  537  9.999999999999999e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  46.21 
 
 		 266 aa  259  4e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  46.31 
 
 		 246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  48.05 
 
 		 271 aa  238  6.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  44.87 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  38.11 
 
 		 266 aa  212  4.9999999999999996e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  45.71 
 
 		 250 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  37.84 
 
 		 263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  39.37 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.32 
 
 		 272 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  40.6 
 
 		 279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  37.45 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  38.22 
 
 		 275 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  37.41 
 
 		 281 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  39.36 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  36.11 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  40.49 
 
 		 270 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  35.36 
 
 		 281 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  34.6 
 
 		 281 aa  138  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  39.04 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  41.7 
 
 		 243 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  39.34 
 
 		 240 aa  130  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  40.42 
 
 		 253 aa  129  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  37.4 
 
 		 241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  39.26 
 
 		 251 aa  123  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  32.36 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  37.04 
 
 		 280 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  32.11 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  34.55 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  36.19 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.66 
 
 		 263 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  36.59 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  38.72 
 
 		 290 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  29.22 
 
 		 321 aa  108  9.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  29.96 
 
 		 315 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.68 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  29.52 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  37.16 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  38.37 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  29.3 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  31.91 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  29.36 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  35.18 
 
 		 252 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  32 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 341 aa  101  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  28.77 
 
 		 338 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  31.31 
 
 		 331 aa  100  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  29.41 
 
 		 338 aa  99.4  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  29.41 
 
 		 338 aa  99.4  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  33.02 
 
 		 517 aa  99  7e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  33.02 
 
 		 356 aa  98.6  8e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  28.44 
 
 		 318 aa  97.8  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  31.6 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 296 aa  95.5  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.64 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.85 
 
 		 337 aa  94.7  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  25.81 
 
 		 363 aa  94.4  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  31.58 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  35.48 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  30.33 
 
 		 300 aa  92.8  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  28.9 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  29.86 
 
 		 354 aa  91.3  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.19 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  29.86 
 
 		 300 aa  89.7  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  32.71 
 
 		 321 aa  89.4  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  32.41 
 
 		 328 aa  89  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  26.64 
 
 		 335 aa  89  7e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  30.37 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.3 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  31.76 
 
 		 264 aa  87.8  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.77 
 
 		 300 aa  86.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.91 
 
 		 310 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  32.18 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.5 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  30.29 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.91 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  28.91 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.91 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.91 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  28.07 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.91 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.91 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  25.59 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  29.61 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  27.4 
 
 		 263 aa  82.4  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  31.68 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  30.2 
 
 		 264 aa  82.4  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.3 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  28.84 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.3 
 
 		 275 aa  82  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  29.28 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1322  periplasmic binding protein  32.14 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.689282  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  30.7 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  28.71 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  29.91 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>