68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4254 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  100 
 
 		 247 aa  509  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  27.91 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  25 
 
 		 256 aa  76.3  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  23.85 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  25.52 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  24.79 
 
 		 232 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4237  hypothetical protein  26.76 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  22.76 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  22.76 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  23.18 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  21.88 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  20.63 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  22.27 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  22.32 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  21.88 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  23.21 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  21.82 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  23.21 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  22.62 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  22.08 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  21.88 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  21.88 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  21.88 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  23.56 
 
 		 229 aa  54.7  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  22.32 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  21.97 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  23.21 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5545  hypothetical protein  27.61 
 
 		 238 aa  53.9  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0140243 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  22.62 
 
 		 234 aa  54.3  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  24.23 
 
 		 232 aa  54.3  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  21.43 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  21.97 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  21.46 
 
 		 229 aa  53.9  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  21.97 
 
 		 227 aa  53.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  22.08 
 
 		 229 aa  52.8  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  22.08 
 
 		 229 aa  52.8  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5414  hypothetical protein  23.64 
 
 		 242 aa  52.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5009  hypothetical protein  23.64 
 
 		 242 aa  52.4  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.289444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  21.97 
 
 		 229 aa  52  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  21.43 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  21.97 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  21.97 
 
 		 234 aa  51.2  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4440  VirB8  24.38 
 
 		 238 aa  50.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  21.05 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  20.91 
 
 		 226 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  22.27 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  21.46 
 
 		 229 aa  49.7  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  21.52 
 
 		 234 aa  49.7  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6571  hypothetical protein  26.75 
 
 		 238 aa  49.3  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.625526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  23.67 
 
 		 230 aa  48.9  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  22.32 
 
 		 228 aa  48.5  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  21.52 
 
 		 234 aa  48.5  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  20.87 
 
 		 227 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4173  VirB8  22.41 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.717202  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  20.63 
 
 		 227 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  21.24 
 
 		 227 aa  47  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  20 
 
 		 227 aa  46.6  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  23.49 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  23.35 
 
 		 232 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  19.28 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  21.68 
 
 		 226 aa  44.7  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  20.18 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  20.18 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  20.63 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  20.81 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  22.27 
 
 		 229 aa  43.9  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  20.35 
 
 		 226 aa  42.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  19.91 
 
 		 231 aa  42  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>