More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01789 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01789  porin protein  100 
 
 		 273 aa  544  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  81.32 
 
 		 354 aa  461  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  63.27 
 
 		 353 aa  338  7e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  48.39 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  48.39 
 
 		 355 aa  256  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  48.03 
 
 		 355 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  47.04 
 
 		 367 aa  248  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  47.99 
 
 		 377 aa  248  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  45.45 
 
 		 362 aa  246  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  46.13 
 
 		 386 aa  245  6e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  47.16 
 
 		 356 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  45.52 
 
 		 355 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  45.81 
 
 		 386 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  46.89 
 
 		 351 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  43.29 
 
 		 402 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  44.37 
 
 		 401 aa  235  7e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  45.82 
 
 		 374 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  45.49 
 
 		 358 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  45.39 
 
 		 379 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  45.09 
 
 		 352 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  45.05 
 
 		 353 aa  225  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  45.39 
 
 		 352 aa  224  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  45.73 
 
 		 368 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  43.73 
 
 		 383 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  44.41 
 
 		 368 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  44.56 
 
 		 371 aa  215  7e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  43.39 
 
 		 379 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  41.5 
 
 		 383 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  40.29 
 
 		 354 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  40.29 
 
 		 354 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  40 
 
 		 383 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  39.66 
 
 		 383 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  39.66 
 
 		 383 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  39.66 
 
 		 383 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  38.32 
 
 		 357 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  40.2 
 
 		 387 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  39.09 
 
 		 393 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  39.19 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  37.09 
 
 		 388 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  39.58 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  36.21 
 
 		 387 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  38 
 
 		 386 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  38.05 
 
 		 363 aa  165  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  37.13 
 
 		 387 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  37.5 
 
 		 365 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  35.69 
 
 		 398 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  35.83 
 
 		 392 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  35.83 
 
 		 392 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  38.51 
 
 		 371 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  37.14 
 
 		 389 aa  156  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  36.36 
 
 		 367 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  37.37 
 
 		 364 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  37.41 
 
 		 354 aa  149  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  34.88 
 
 		 386 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  38.11 
 
 		 353 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  34.21 
 
 		 391 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  37.38 
 
 		 381 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  36.62 
 
 		 350 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3196  outer membrane protein (porin)  35.66 
 
 		 361 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00143868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  34.98 
 
 		 362 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  34.59 
 
 		 382 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  37 
 
 		 378 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  34.95 
 
 		 379 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  38.05 
 
 		 374 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  37.79 
 
 		 384 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  37.79 
 
 		 384 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  37.79 
 
 		 373 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  37.79 
 
 		 373 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1076  outer membrane protein (porin)  34.38 
 
 		 362 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0592135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  37.79 
 
 		 373 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  37.79 
 
 		 373 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  35.64 
 
 		 367 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2109  outer membrane protein (porin)  34.72 
 
 		 362 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0054  outer membrane protein (porin)  34.88 
 
 		 382 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.914863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  35.88 
 
 		 382 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0265  porin  35.33 
 
 		 373 aa  136  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0179073  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  37.13 
 
 		 373 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5460  porin  35.1 
 
 		 382 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.376591 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1076  outer membrane protein (porin)  34.03 
 
 		 362 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.441264  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  35.97 
 
 		 379 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  35.97 
 
 		 379 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4912  porin  35.1 
 
 		 382 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.203081  normal  0.725846 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  35.48 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  35.16 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  35.16 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  35.48 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  35.48 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  35.16 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  35.48 
 
 		 377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  35.05 
 
 		 378 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  33 
 
 		 375 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  35.05 
 
 		 413 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  32.76 
 
 		 379 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  34 
 
 		 384 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  35.92 
 
 		 363 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  33.33 
 
 		 363 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  34.77 
 
 		 381 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  34.32 
 
 		 373 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.02 
 
 		 363 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.02 
 
 		 363 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>