More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2224 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2224  YgfB and YecA  100 
 
 		 239 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.358802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3237  YgfB and YecA  60.26 
 
 		 235 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2456  yecA family protein  60.44 
 
 		 228 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4386  transporter  39.38 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387377  normal  0.216789 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0115  yecA family protein  37.28 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410021  hitchhiker  0.00793411 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5791  yecA family protein  33.78 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2000  yecA family protein  34.26 
 
 		 259 aa  102  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2706  yecA family protein  32.42 
 
 		 232 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.179188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2940  yecA family protein  32.42 
 
 		 232 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.188532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0804  YecA  33.19 
 
 		 283 aa  90.9  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3093  yecA family protein  34.26 
 
 		 267 aa  87.8  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.062887  normal  0.759909 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1413  yecA family protein  33.49 
 
 		 237 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2153  hypothetical protein  32.74 
 
 		 221 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000183931 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  31.36 
 
 		 432 aa  85.5  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1306  hypothetical protein  32.3 
 
 		 221 aa  85.5  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.477015  hitchhiker  0.00000000164009 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1183  hypothetical protein  32.3 
 
 		 221 aa  85.1  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022199  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2093  hypothetical protein  32.3 
 
 		 221 aa  85.1  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.228892  hitchhiker  0.0000586575 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2100  hypothetical protein  32.3 
 
 		 221 aa  85.1  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.45396e-18 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0342  SEC-C motif domain protein  30.8 
 
 		 276 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0940465  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0353  SecC motif-containing protein  30.8 
 
 		 276 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.958366 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01876  conserved metal-binding protein  32.43 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000425313  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01865  hypothetical protein  32.43 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000280044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2648  hypothetical protein  31.98 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.265395  hitchhiker  0.000000180818 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1735  yecA family protein  31.98 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2006  hypothetical protein  31.98 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000852324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1728  hypothetical protein  31.98 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000258214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2141  hypothetical protein  31.98 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291021  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1275  hypothetical protein  31.98 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000031022  hitchhiker  0.000229612 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2859  yecA family protein  28.81 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.448598  normal  0.212674 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2490  hypothetical protein  30.49 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0060  yecA family protein  30.43 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1035  hypothetical protein  32.02 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000463904  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0098  YgfB and YecA  28.57 
 
 		 210 aa  71.2  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1865  SecC motif-containing protein  24.33 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.356111  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0426  SecC motif-containing protein  28.39 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3722  SecC motif-containing protein  27.9 
 
 		 272 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000837198  decreased coverage  0.00531296 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1156  yecA family protein  27.54 
 
 		 201 aa  65.1  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.324064 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5710  SecC motif-containing protein  27.12 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4482  SecC motif-containing protein  26.84 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.306168 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3702  SecA-related metal-binding protein  28.68 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1273  yecA family protein  25.29 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0706  yecA family protein  26.27 
 
 		 314 aa  62.4  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0831  hypothetical protein  38.71 
 
 		 869 aa  62  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5406  yecA family protein  31.25 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0479  SEC-C motif domain protein  27.52 
 
 		 260 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0244  yecA family protein  30.47 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0477  preprotein translocase subunit SecA  75.86 
 
 		 897 aa  59.3  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000253416  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3165  hypothetical protein  27.95 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  0.0595917 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2104  preprotein translocase, SecA subunit  78.57 
 
 		 848 aa  59.3  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1794  preprotein translocase subunit SecA  80.77 
 
 		 894 aa  58.9  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00704006  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2086  protein translocase subunit secA  88 
 
 		 909 aa  58.5  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511235 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0950  yecA family protein  29.12 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0504  hypothetical protein  41.43 
 
 		 166 aa  57.4  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000296754  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0052  preprotein translocase, SecA subunit  73.08 
 
 		 866 aa  57.4  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1709  preprotein translocase subunit SecA  65.52 
 
 		 858 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.283153  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2443  preprotein translocase subunit SecA  95.45 
 
 		 912 aa  57.4  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163659  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0190  preprotein translocase, SecA subunit  62.5 
 
 		 921 aa  56.6  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.893566  normal  0.461403 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0229  preprotein translocase subunit SecA  70.59 
 
 		 896 aa  57  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0140186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2102  yecA family protein  26.97 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1526  preprotein translocase subunit SecA  50 
 
 		 958 aa  56.2  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.614372  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1895  YgfB and YecA  27.36 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0060  hypothetical protein  38.03 
 
 		 167 aa  56.2  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000251524  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1082  preprotein translocase subunit SecA  90.91 
 
 		 864 aa  55.8  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2011  preprotein translocase subunit SecA  95.24 
 
 		 836 aa  55.8  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1429  SEC-C motif domain protein  71.43 
 
 		 384 aa  55.8  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0657  preprotein translocase subunit SecA  78.57 
 
 		 897 aa  55.8  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0071  SEC-C motif domain protein  74.07 
 
 		 593 aa  55.5  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2483  preprotein translocase, SecA subunit  86.36 
 
 		 859 aa  54.7  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1898  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 922 aa  54.7  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4747  preprotein translocase, SecA subunit  78.26 
 
 		 834 aa  54.7  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000758665  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0369  preprotein translocase, SecA subunit  68.97 
 
 		 1136 aa  54.7  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0589  preprotein translocase, SecA subunit  86.96 
 
 		 910 aa  55.1  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0760479  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1863  SecC motif-containing protein  67.74 
 
 		 800 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1982  SEC-C domain-containing protein  55.56 
 
 		 166 aa  54.7  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0619  preprotein translocase subunit SecA  68.75 
 
 		 897 aa  54.7  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00370749  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0770  preprotein translocase subunit SecA  75 
 
 		 910 aa  54.7  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00309975  normal  0.728457 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2873  preprotein translocase subunit SecA  86.36 
 
 		 844 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4194  yecA family protein  31.25 
 
 		 221 aa  54.3  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000432994 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0466  preprotein translocase subunit SecA  81.82 
 
 		 888 aa  54.3  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1445  SEC-C motif domain protein  63.16 
 
 		 419 aa  54.3  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0804433  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2556  SEC-C motif domain protein  73.08 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3583  preprotein translocase subunit SecA  74.07 
 
 		 900 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00157477  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3771  preprotein translocase subunit SecA  74.07 
 
 		 916 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0995653  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2323  preprotein translocase subunit SecA  53.49 
 
 		 896 aa  53.1  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487805  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18560  SEC-C motif domain protein  40.85 
 
 		 535 aa  53.1  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3318  preprotein translocase subunit SecA  85.71 
 
 		 838 aa  53.1  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.338485  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0176  preprotein translocase, SecA subunit  57.5 
 
 		 921 aa  52.8  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185588  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004483  protein export cytoplasm protein SecA ATPase RNA helicase  90.91 
 
 		 909 aa  52.8  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341931  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2745  yecA family protein  27.46 
 
 		 187 aa  52.8  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700894  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00909  preprotein translocase subunit SecA  90.91 
 
 		 909 aa  52.8  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3195  preprotein translocase subunit SecA  85.71 
 
 		 837 aa  52.4  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  79.17 
 
 		 875 aa  52.4  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2368  preprotein translocase, SecA subunit  70.83 
 
 		 1200 aa  52.4  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.464933  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1972  preprotein translocase subunit SecA  90.91 
 
 		 903 aa  52.4  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000194313  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2851  SecA protein  90.91 
 
 		 903 aa  52  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0205  SecC motif-containing protein  95.24 
 
 		 162 aa  52  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0646  preprotein translocase, SecA subunit  85.71 
 
 		 881 aa  52  0.000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2690  preprotein translocase subunit SecA  70.83 
 
 		 957 aa  52  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  9.11051e-18 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0997  preprotein translocase subunit SecA  70.37 
 
 		 1031 aa  52  0.000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.407169 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3796  SEC-C motif domain protein  77.42 
 
 		 163 aa  52  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00152057  normal  0.122497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>