More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0115 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0115  yecA family protein  100 
 
 		 225 aa  460  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410021  hitchhiker  0.00793411 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2224  YgfB and YecA  37.28 
 
 		 239 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.358802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3237  YgfB and YecA  34.76 
 
 		 235 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2456  yecA family protein  33.62 
 
 		 228 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4386  transporter  32.07 
 
 		 228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.387377  normal  0.216789 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2000  yecA family protein  31 
 
 		 259 aa  95.9  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5791  yecA family protein  30.66 
 
 		 236 aa  93.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2706  yecA family protein  30.36 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.179188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2940  yecA family protein  30.36 
 
 		 232 aa  89.4  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.188532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3702  SecA-related metal-binding protein  29.57 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1865  SecC motif-containing protein  25.73 
 
 		 257 aa  86.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.356111  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  27.83 
 
 		 432 aa  83.6  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2859  yecA family protein  27.1 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.448598  normal  0.212674 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0943  yecA family protein  29.13 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2648  hypothetical protein  28.45 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.265395  hitchhiker  0.000000180818 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2141  hypothetical protein  28.45 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291021  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1735  yecA family protein  28.45 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1275  hypothetical protein  28.45 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000031022  hitchhiker  0.000229612 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1728  hypothetical protein  28.45 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000258214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2006  hypothetical protein  28.45 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000852324  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01876  conserved metal-binding protein  29.96 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000425313  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01865  hypothetical protein  29.96 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000280044  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1035  hypothetical protein  28.03 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000463904  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2490  hypothetical protein  28.51 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1413  yecA family protein  27.39 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3093  yecA family protein  27.39 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.062887  normal  0.759909 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1306  hypothetical protein  28.87 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.477015  hitchhiker  0.00000000164009 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0060  yecA family protein  29.46 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2153  hypothetical protein  28.87 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000183931 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2093  hypothetical protein  28.87 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.228892  hitchhiker  0.0000586575 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2100  hypothetical protein  28.87 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.45396e-18 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3165  hypothetical protein  29.13 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550145  normal  0.0595917 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1183  hypothetical protein  29.17 
 
 		 221 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022199  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1895  YgfB and YecA  27.51 
 
 		 231 aa  71.6  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0645  YecA family protein  37.31 
 
 		 146 aa  69.7  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.663243  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5406  yecA family protein  35.78 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0113  yecA family protein  27.72 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000620345  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0617  yecA family protein  26.03 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.038655  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0555  IS66 family orf4  26.71 
 
 		 201 aa  61.6  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0244  yecA family protein  26.21 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0521  IS66 family element, orf4  26.09 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.492248  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0646  preprotein translocase, SecA subunit  58.7 
 
 		 881 aa  59.7  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0804  YecA  26.07 
 
 		 283 aa  58.9  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2102  yecA family protein  28.39 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1794  preprotein translocase subunit SecA  61.54 
 
 		 894 aa  58.5  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00704006  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002976  protein export cytoplasm protein SecA ATPase RNA helicase  27.81 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1526  preprotein translocase subunit SecA  64.86 
 
 		 958 aa  56.6  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.614372  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16440  preprotein translocase, SecA subunit  81.82 
 
 		 845 aa  55.8  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000273245  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0576  preprotein translocase subunit SecA  79.17 
 
 		 855 aa  55.8  0.0000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.116184  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1179  yecA family protein  26.82 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100279  normal  0.0734438 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02932  hypothetical protein  32.5 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0589  preprotein translocase, SecA subunit  95 
 
 		 910 aa  54.3  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0760479  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0997  preprotein translocase subunit SecA  57.14 
 
 		 1031 aa  54.7  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.407169 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0914  yecA family protein  26.6 
 
 		 198 aa  54.3  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0418  hypothetical protein  80 
 
 		 168 aa  53.9  0.000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0335535  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3318  preprotein translocase subunit SecA  57.5 
 
 		 838 aa  53.9  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.338485  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0466  preprotein translocase subunit SecA  76 
 
 		 888 aa  53.9  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4194  yecA family protein  31.88 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000432994 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2086  protein translocase subunit secA  59.46 
 
 		 909 aa  53.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511235 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3195  preprotein translocase subunit SecA  78.26 
 
 		 837 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1709  preprotein translocase subunit SecA  64.1 
 
 		 858 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.283153  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2156  preprotein translocase subunit SecA  60.47 
 
 		 833 aa  53.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1274  preprotein translocase subunit SecA  82.61 
 
 		 1029 aa  53.9  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.128332  normal  0.146053 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1445  SEC-C motif domain protein  65.62 
 
 		 419 aa  53.5  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0804433  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1018  preprotein translocase subunit SecA  65.62 
 
 		 1017 aa  53.1  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00760005  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0229  preprotein translocase subunit SecA  56.52 
 
 		 896 aa  53.5  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0140186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0477  preprotein translocase subunit SecA  81.82 
 
 		 897 aa  53.1  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000253416  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2443  preprotein translocase subunit SecA  78.26 
 
 		 912 aa  53.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163659  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1898  preprotein translocase subunit SecA  72 
 
 		 922 aa  52.8  0.000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0420  preprotein translocase subunit SecA  29.57 
 
 		 844 aa  52.8  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.737547  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2873  preprotein translocase subunit SecA  72.41 
 
 		 844 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0052  preprotein translocase, SecA subunit  81.82 
 
 		 866 aa  52.8  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0770  preprotein translocase subunit SecA  67.74 
 
 		 910 aa  52.4  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00309975  normal  0.728457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4525  preprotein translocase subunit SecA  70.97 
 
 		 907 aa  52.4  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000405863  unclonable  0.0000000659986 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0342  SEC-C motif domain protein  34.92 
 
 		 276 aa  52.8  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0940465  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2690  preprotein translocase subunit SecA  78.26 
 
 		 957 aa  52.8  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  9.11051e-18 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1082  preprotein translocase subunit SecA  71.43 
 
 		 864 aa  52.4  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0619  preprotein translocase subunit SecA  64.71 
 
 		 897 aa  52.4  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00370749  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0915  SecC motif-containing protein  33.33 
 
 		 112 aa  52.8  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0938  preprotein translocase subunit SecA  62.16 
 
 		 884 aa  52.4  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0353  SecC motif-containing protein  34.92 
 
 		 276 aa  52.8  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1388  preprotein translocase, SecA subunit  85.71 
 
 		 859 aa  52.4  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1429  SEC-C motif domain protein  67.86 
 
 		 384 aa  52.4  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2104  preprotein translocase, SecA subunit  70.83 
 
 		 848 aa  52.4  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1043  preprotein translocase subunit SecA  31.13 
 
 		 857 aa  52.4  0.000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0504  hypothetical protein  82.61 
 
 		 166 aa  52.4  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000296754  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3771  preprotein translocase subunit SecA  40.91 
 
 		 916 aa  52  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0995653  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4747  preprotein translocase, SecA subunit  64.52 
 
 		 834 aa  51.6  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000758665  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0426  SecC motif-containing protein  29.41 
 
 		 278 aa  51.6  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0071  SEC-C motif domain protein  60 
 
 		 593 aa  51.6  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2998  SEC-C motif domain protein  70.37 
 
 		 160 aa  50.8  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0190811  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2556  SEC-C motif domain protein  59.38 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0418  preprotein translocase subunit SecA  60.98 
 
 		 907 aa  51.2  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000808939  hitchhiker  0.00000270752 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2323  preprotein translocase subunit SecA  55.81 
 
 		 896 aa  51.6  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487805  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0410  preprotein translocase subunit SecA  82.61 
 
 		 908 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000668842  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4216  SecC motif-containing protein  52.08 
 
 		 162 aa  51.2  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.900488  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3867  SecC motif-containing protein  63.33 
 
 		 110 aa  51.2  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.137158  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1863  SecC motif-containing protein  78.26 
 
 		 800 aa  50.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0409  preprotein translocase subunit SecA  82.61 
 
 		 908 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000766764  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3461  preprotein translocase subunit SecA  61.11 
 
 		 936 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.126577  decreased coverage  0.000173777 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>