More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0943 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0943  yecA family protein  100 
 
 		 254 aa  514  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3702  SecA-related metal-binding protein  68.02 
 
 		 254 aa  342  4e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0115  yecA family protein  29.13 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410021  hitchhiker  0.00793411 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2000  yecA family protein  30.04 
 
 		 259 aa  78.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1735  yecA family protein  30.08 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2006  hypothetical protein  30.08 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000852324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1728  hypothetical protein  30.08 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000258214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1275  hypothetical protein  30.08 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000031022  hitchhiker  0.000229612 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2706  yecA family protein  26 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.179188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2940  yecA family protein  26 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.188532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2141  hypothetical protein  30.08 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291021  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01876  conserved metal-binding protein  30.08 
 
 		 221 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000425313  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01865  hypothetical protein  30.08 
 
 		 221 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000280044  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5791  yecA family protein  26.8 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1183  hypothetical protein  29.55 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022199  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2153  hypothetical protein  30.36 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000183931 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1306  hypothetical protein  30.36 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.477015  hitchhiker  0.00000000164009 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2093  hypothetical protein  30.36 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.228892  hitchhiker  0.0000586575 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5240  preprotein translocase, SecA subunit  68.29 
 
 		 1067 aa  69.3  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0916466  normal  0.569995 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0479  SEC-C motif domain protein  38.66 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2100  hypothetical protein  30.36 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.45396e-18 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2648  hypothetical protein  29.67 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.265395  hitchhiker  0.000000180818 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0780  preprotein translocase, SecA subunit  75 
 
 		 944 aa  68.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.358011  normal  0.32086 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3093  yecA family protein  26.59 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.062887  normal  0.759909 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1413  yecA family protein  26.59 
 
 		 237 aa  67  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0773  preprotein translocase, SecA subunit  72.22 
 
 		 962 aa  65.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0773  preprotein translocase, SecA subunit  72.22 
 
 		 962 aa  65.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0736  protein translocase subunit secA  72.22 
 
 		 962 aa  65.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0236421  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1035  hypothetical protein  29.27 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000463904  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0426  SecC motif-containing protein  29.15 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1677  preprotein translocase, SecA subunit  79.31 
 
 		 1004 aa  63.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.243336  normal  0.336231 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3796  preprotein translocase subunit SecA  55.32 
 
 		 906 aa  62.8  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000547853  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0514  preprotein translocase subunit SecA  41.46 
 
 		 1113 aa  62  0.000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00876385 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0342  SEC-C motif domain protein  27.92 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0940465  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3318  preprotein translocase subunit SecA  71.88 
 
 		 838 aa  61.6  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.338485  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04358  preprotein translocase subunit SecA  72.73 
 
 		 912 aa  61.6  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3796  SEC-C motif domain protein  65.71 
 
 		 163 aa  61.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00152057  normal  0.122497 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0353  SecC motif-containing protein  27.92 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.958366 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2234  protein translocase subunit secA  70.97 
 
 		 908 aa  60.5  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0826801  normal  0.15252 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1959  preprotein translocase subunit SecA  65.71 
 
 		 914 aa  60.1  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1565  preprotein translocase subunit SecA  37.33 
 
 		 896 aa  59.3  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3562  preprotein translocase subunit SecA  53.7 
 
 		 908 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000100986  hitchhiker  0.00000109112 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0394  preprotein translocase subunit SecA  53.7 
 
 		 908 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000626619  hitchhiker  0.000563606 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3735  preprotein translocase subunit SecA  53.7 
 
 		 908 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000386708  hitchhiker  0.00000368272 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2039  preprotein translocase subunit SecA  65.71 
 
 		 914 aa  59.3  0.00000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0205  SecC motif-containing protein  74.19 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4194  yecA family protein  32.21 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000432994 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0611  preprotein translocase subunit SecA  76.92 
 
 		 910 aa  58.9  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.26873  normal  0.632332 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1419  preprotein translocase subunit SecA  67.74 
 
 		 896 aa  58.5  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2970  preprotein translocase subunit SecA  91.3 
 
 		 924 aa  58.5  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0539  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 932 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.117164  normal  0.600522 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0087  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 932 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0569  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 932 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0152  preprotein translocase subunit SecA  83.33 
 
 		 901 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5710  SecC motif-containing protein  25.93 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0131  protein translocase subunit secA  86.96 
 
 		 923 aa  58.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.449185 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7284  preprotein translocase, SecA subunit  63.89 
 
 		 1118 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.884849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0589  preprotein translocase, SecA subunit  75.86 
 
 		 910 aa  58.2  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0760479  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3118  preprotein translocase subunit SecA  91.3 
 
 		 930 aa  58.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.224374  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1680  preprotein translocase subunit SecA  76.92 
 
 		 842 aa  57.8  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4211  preprotein translocase subunit SecA  80.77 
 
 		 908 aa  57.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3509  preprotein translocase subunit SecA  68.75 
 
 		 904 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.259592  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3079  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 934 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3378  preprotein translocase subunit SecA  68.75 
 
 		 904 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000297957  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0770  preprotein translocase subunit SecA  81.48 
 
 		 910 aa  57.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00309975  normal  0.728457 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2714  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 934 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0495  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 936 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.132079  normal  0.377475 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2744  protein translocase subunit secA  82.61 
 
 		 918 aa  57.4  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3461  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 936 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.126577  decreased coverage  0.000173777 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2909  preprotein translocase subunit SecA  68.75 
 
 		 904 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00674204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4525  preprotein translocase subunit SecA  82.76 
 
 		 907 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000405863  unclonable  0.0000000659986 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0362  preprotein translocase subunit SecA  51.85 
 
 		 908 aa  57.4  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0221508  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1155  preprotein translocase, SecA subunit  52.17 
 
 		 906 aa  57.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0110227  normal  0.328192 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3445  preprotein translocase subunit SecA  73.33 
 
 		 907 aa  56.6  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000355256  hitchhiker  0.0000512951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2834  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 934 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.745089 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2368  preprotein translocase, SecA subunit  50.98 
 
 		 1200 aa  57  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.464933  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3654  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 932 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321986  normal  0.974408 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0497  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 931 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.433884  normal  0.665829 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2664  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 936 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2485  preprotein translocase subunit SecA  41.43 
 
 		 917 aa  57  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00468846  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2181  protein translocase subunit secA  75 
 
 		 912 aa  57  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.139816  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0472  preprotein translocase subunit SecA  86.96 
 
 		 931 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.611662  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00099  translocase  87.5 
 
 		 901 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00554961  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00098  hypothetical protein  87.5 
 
 		 901 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00533213  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3502  preprotein translocase, SecA subunit  87.5 
 
 		 901 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.145428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0106  preprotein translocase subunit SecA  87.5 
 
 		 901 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000279351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03250  preprotein translocase subunit SecA  52.94 
 
 		 902 aa  56.6  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0418  preprotein translocase subunit SecA  78.57 
 
 		 907 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000808939  hitchhiker  0.00000270752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0804  YecA  25 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0103  preprotein translocase subunit SecA  87.5 
 
 		 901 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000742397  normal  0.588036 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13340  preprotein translocase subunit SecA  73.08 
 
 		 915 aa  56.6  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0104  preprotein translocase subunit SecA  87.5 
 
 		 901 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113856  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0779  preprotein translocase, SecA subunit  77.78 
 
 		 925 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.54499  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3418  preprotein translocase subunit SecA  82.61 
 
 		 909 aa  56.6  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.487797  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3559  preprotein translocase subunit SecA  87.5 
 
 		 901 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0691587  hitchhiker  0.00319368 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0092  preprotein translocase subunit SecA  87.5 
 
 		 901 aa  56.2  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000405239  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0657  preprotein translocase subunit SecA  57.14 
 
 		 897 aa  56.6  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2443  preprotein translocase subunit SecA  60 
 
 		 912 aa  56.6  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163659  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0100  preprotein translocase subunit SecA  87.5 
 
 		 901 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000373806  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0706  yecA family protein  26.91 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>