More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1226 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  75.45 
 
 		 517 aa  793    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  86.92 
 
 		 537 aa  971    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 536 aa  1095    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  83.3 
 
 		 535 aa  912    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  78.58 
 
 		 537 aa  871    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  93.28 
 
 		 536 aa  1006    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  58.93 
 
 		 525 aa  635    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  80.15 
 
 		 537 aa  867    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  59.4 
 
 		 530 aa  632  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  50.86 
 
 		 530 aa  550  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  50.39 
 
 		 527 aa  517  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  45.47 
 
 		 544 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  43.11 
 
 		 530 aa  435  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  45.11 
 
 		 524 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  41.56 
 
 		 529 aa  411  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  44.31 
 
 		 534 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  43.17 
 
 		 531 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  41.65 
 
 		 533 aa  397  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  40.66 
 
 		 533 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 530 aa  392  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  41.18 
 
 		 525 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  42.2 
 
 		 528 aa  384  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  41.31 
 
 		 527 aa  383  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  43.54 
 
 		 523 aa  382  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  39.66 
 
 		 533 aa  375  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  39.64 
 
 		 527 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  38.69 
 
 		 523 aa  359  6e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  40.31 
 
 		 530 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 		 526 aa  354  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  30.06 
 
 		 517 aa  188  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 		 508 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  29.55 
 
 		 521 aa  174  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  27.03 
 
 		 537 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 		 511 aa  172  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  29.76 
 
 		 524 aa  171  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  27.9 
 
 		 508 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  28.08 
 
 		 508 aa  167  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 		 527 aa  164  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.81 
 
 		 514 aa  141  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  29.53 
 
 		 505 aa  137  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.13 
 
 		 509 aa  135  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25.88 
 
 		 512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.98 
 
 		 518 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 518 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  30.56 
 
 		 508 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  30.35 
 
 		 514 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.17 
 
 		 517 aa  128  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 493 aa  128  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  26.74 
 
 		 512 aa  127  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 504 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 514 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  25.98 
 
 		 516 aa  125  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  26.55 
 
 		 512 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.55 
 
 		 512 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.55 
 
 		 512 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.55 
 
 		 512 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  28.72 
 
 		 504 aa  125  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  27.07 
 
 		 517 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  26.88 
 
 		 521 aa  124  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 516 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.34 
 
 		 510 aa  123  8e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  27.78 
 
 		 522 aa  123  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 541 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  25.71 
 
 		 495 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  26.34 
 
 		 545 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  25.69 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  27.45 
 
 		 534 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 510 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 534 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  25.68 
 
 		 517 aa  120  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 535 aa  120  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.62 
 
 		 503 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.47 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 503 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.91 
 
 		 508 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  25.53 
 
 		 523 aa  119  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 526 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 512 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  25.93 
 
 		 560 aa  117  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.37 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 510 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 535 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.37 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.79 
 
 		 532 aa  115  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 522 aa  115  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 531 aa  114  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 515 aa  113  7.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 512 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  25.33 
 
 		 502 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25 
 
 		 512 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25 
 
 		 512 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  24.95 
 
 		 519 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25 
 
 		 512 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 517 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  25 
 
 		 512 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.6 
 
 		 509 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 517 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  24.57 
 
 		 502 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>