More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3012 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2741  MscS mechanosensitive ion channel  97.06 
 
 		 545 aa  1043    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3012  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 545 aa  1104    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3049  MscS mechanosensitive ion channel  73.62 
 
 		 542 aa  746    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0364  MscS Mechanosensitive ion channel  52.51 
 
 		 538 aa  490  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000549474  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4631  MscS mechanosensitive ion channel  35.89 
 
 		 581 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1646  MscS mechanosensitive ion channel  35.35 
 
 		 557 aa  249  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1474  MscS Mechanosensitive ion channel  36.07 
 
 		 559 aa  247  4e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4585  MscS mechanosensitive ion channel  33.55 
 
 		 571 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.711383 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1723  mechanosensitive ion channel family protein  33.53 
 
 		 545 aa  238  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0806  MscS mechanosensitive ion channel  33.05 
 
 		 549 aa  238  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3258  MscS mechanosensitive ion channel  33.14 
 
 		 600 aa  233  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0680122  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2521  MscS mechanosensitive ion channel  50.22 
 
 		 230 aa  232  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.871653  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3838  MscS Mechanosensitive ion channel  32.48 
 
 		 563 aa  227  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 572 aa  224  3e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3888  MscS Mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 563 aa  221  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.203429 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3676  MscS Mechanosensitive ion channel  35.45 
 
 		 524 aa  210  4e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2961  MscS Mechanosensitive ion channel  32.74 
 
 		 593 aa  210  6e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80043  hitchhiker  0.0000000094968 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0508  MscS Mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 566 aa  207  6e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2344  MscS Mechanosensitive ion channel  26.75 
 
 		 570 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.809256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2427  MscS mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 		 550 aa  192  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  28.85 
 
 		 563 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.034825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0742  MscS Mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 563 aa  190  7e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0997  MscS Mechanosensitive ion channel  29 
 
 		 579 aa  188  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00010123  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1278  small-conductance mechanosensitive channel-like  34.44 
 
 		 520 aa  181  4e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2865  MscS Mechanosensitive ion channel  28.51 
 
 		 545 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3231  MscS Mechanosensitive ion channel  27.6 
 
 		 545 aa  170  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.371413 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1169  MscS Mechanosensitive ion channel  27.32 
 
 		 556 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1050  MscS mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 		 481 aa  162  2e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4449  MscS Mechanosensitive ion channel  27.33 
 
 		 546 aa  153  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0897  MscS Mechanosensitive ion channel  27.7 
 
 		 545 aa  95.1  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1734  MscS mechanosensitive ion channel  28.07 
 
 		 358 aa  90.1  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1074  MscS mechanosensitive ion channel  25.11 
 
 		 395 aa  89.7  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0868741  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1572  MscS Mechanosensitive ion channel  24.65 
 
 		 548 aa  87.4  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00917582 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  28.51 
 
 		 414 aa  85.5  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  27.33 
 
 		 389 aa  85.5  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3399  MscS mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  25.84 
 
 		 304 aa  83.2  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00593  MscS Mechanosensitive ion channel  24.89 
 
 		 356 aa  82.8  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.863063  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  25.97 
 
 		 385 aa  80.1  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0610  hypothetical protein  23.96 
 
 		 599 aa  78.2  0.0000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 636 aa  77  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 636 aa  77  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  25.53 
 
 		 292 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  21.56 
 
 		 685 aa  76.6  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  27.24 
 
 		 883 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  23.99 
 
 		 270 aa  75.5  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  23.44 
 
 		 274 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  26.92 
 
 		 532 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 879 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  27.04 
 
 		 795 aa  74.7  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  26.39 
 
 		 273 aa  74.3  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  32.62 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 280 aa  73.6  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  26.9 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  26.27 
 
 		 563 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  23.12 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  27.2 
 
 		 909 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  26.97 
 
 		 400 aa  71.2  0.00000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1803  MscS Mechanosensitive ion channel  27.8 
 
 		 595 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  0.895337 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  25.57 
 
 		 275 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  25.57 
 
 		 275 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  23.91 
 
 		 560 aa  70.5  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  29.05 
 
 		 429 aa  70.1  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  27.46 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  28.4 
 
 		 909 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  27.46 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  27.46 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  27.46 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 		 561 aa  68.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  27.46 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  27.46 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  27.46 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 305 aa  69.3  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  27.46 
 
 		 1120 aa  69.3  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  27.46 
 
 		 1118 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  28.4 
 
 		 947 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5604  mechanosensitive ion channel family protein  28.57 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5331  mechanosensitive ion channel family protein  28.57 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0115523  hitchhiker  0.00000270411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  24.66 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  25.42 
 
 		 421 aa  68.6  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  25.35 
 
 		 853 aa  68.2  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 866 aa  68.2  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  23.74 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  28.75 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  24.8 
 
 		 321 aa  67.4  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  26.53 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  25.65 
 
 		 296 aa  67  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5628  mechanosensitive ion channel family protein  28.44 
 
 		 293 aa  67  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0177271  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5270  MscS mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 285 aa  67  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  32.82 
 
 		 288 aa  67  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 910 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  24.56 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1606  MscS mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 307 aa  66.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.696801  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  25.68 
 
 		 1128 aa  66.6  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  23.9 
 
 		 1066 aa  66.6  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>