More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4154 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4154  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 545 aa  1138    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2560  putative ATP-dependent DNA helicase, Rep  31.12 
 
 		 520 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.742452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0968  UvrD/REP helicase  24.39 
 
 		 706 aa  99  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3174  UvrD/REP helicase  24.69 
 
 		 557 aa  97.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.938492  unclonable  0.0000000000000324964 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.59 
 
 		 666 aa  94  7e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  23.09 
 
 		 1082 aa  91.3  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  23.79 
 
 		 1156 aa  90.9  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0039  UvrD/REP helicase  20.91 
 
 		 599 aa  87  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.830062  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2560  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 		 553 aa  85.1  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.232934 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.43 
 
 		 773 aa  84.3  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4279  UvrD/REP helicase  23.4 
 
 		 556 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.33 
 
 		 713 aa  82.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5487  putative ATP-dependent DNA helicase Rep  26.16 
 
 		 591 aa  82.4  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2475  UvrD/REP helicase  23.24 
 
 		 717 aa  81.6  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000259044 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4419  UvrD/REP helicase  23.25 
 
 		 556 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0207  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 		 970 aa  81.6  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.00182272  decreased coverage  0.0000000525372 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  21.19 
 
 		 726 aa  80.9  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3046  UvrD/REP helicase  26.29 
 
 		 697 aa  80.5  0.00000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.672611  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  25.63 
 
 		 757 aa  80.1  0.00000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.25 
 
 		 759 aa  80.1  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  23.3 
 
 		 826 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  24.91 
 
 		 665 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  23.16 
 
 		 726 aa  79.3  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  22.22 
 
 		 714 aa  79  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4275  UvrD/REP helicase  23.17 
 
 		 554 aa  78.6  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0143761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 597 aa  77.8  0.0000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  22.08 
 
 		 715 aa  78.2  0.0000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  23.17 
 
 		 825 aa  78.2  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1873  UvrD/REP helicase  24.39 
 
 		 591 aa  77.8  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.100548  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1645  UvrD/REP helicase  23.51 
 
 		 606 aa  77.4  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.417198  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3407  UvrD/REP helicase  24.28 
 
 		 604 aa  77.4  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0218597  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 741 aa  77  0.0000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  25.67 
 
 		 666 aa  77  0.0000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  23.35 
 
 		 1124 aa  77  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  24.91 
 
 		 1075 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  25.35 
 
 		 745 aa  75.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  25.57 
 
 		 1132 aa  76.3  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.99 
 
 		 781 aa  75.5  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.25 
 
 		 747 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0675  UvrD/REP helicase  27.14 
 
 		 599 aa  75.9  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771705 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  25.61 
 
 		 705 aa  75.1  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  25.41 
 
 		 657 aa  75.1  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  23.29 
 
 		 770 aa  75.1  0.000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.86 
 
 		 795 aa  75.1  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0253  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.36 
 
 		 669 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 677 aa  74.7  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.36 
 
 		 765 aa  74.7  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.52 
 
 		 662 aa  74.3  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  26.65 
 
 		 800 aa  74.7  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4281  UvrD/REP helicase  23.49 
 
 		 716 aa  74.3  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344477  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  25.94 
 
 		 625 aa  74.3  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47860  ATP-dependent DNA helicase Rep protein  25.63 
 
 		 669 aa  74.3  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  25.44 
 
 		 743 aa  74.3  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  25.35 
 
 		 731 aa  73.9  0.000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3223  UvrD/REP helicase  24.04 
 
 		 591 aa  73.9  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.52 
 
 		 794 aa  73.6  0.000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1537  UvrD/REP helicase  27.89 
 
 		 688 aa  73.6  0.000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  22.79 
 
 		 712 aa  73.2  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  23.32 
 
 		 682 aa  73.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  24.86 
 
 		 786 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.64 
 
 		 731 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.59 
 
 		 756 aa  73.2  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.57 
 
 		 1023 aa  72.8  0.00000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  24.94 
 
 		 1060 aa  73.2  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  22.57 
 
 		 708 aa  72.8  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  24.86 
 
 		 786 aa  72.8  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.07 
 
 		 732 aa  72.4  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  25.09 
 
 		 787 aa  72.4  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  23.77 
 
 		 1001 aa  72.4  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  22.88 
 
 		 729 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 		 814 aa  72  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0546  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 569 aa  72.4  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  24.49 
 
 		 1196 aa  72  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  24.12 
 
 		 829 aa  72  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3271  UvrD/REP helicase  25.2 
 
 		 607 aa  71.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 709 aa  71.6  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.25 
 
 		 753 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.25 
 
 		 753 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  22.32 
 
 		 674 aa  71.2  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.19 
 
 		 758 aa  71.6  0.00000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.25 
 
 		 751 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2854  UvrD/REP helicase  25.26 
 
 		 643 aa  71.2  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00578571 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.25 
 
 		 747 aa  71.2  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  24.25 
 
 		 753 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3773  UvrD/REP helicase  21.91 
 
 		 787 aa  71.2  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.25 
 
 		 751 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 		 783 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  22.37 
 
 		 611 aa  70.9  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  24.25 
 
 		 751 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.75 
 
 		 747 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6070  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.32 
 
 		 706 aa  70.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.33 
 
 		 849 aa  70.9  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19150  DNA/RNA helicase, superfamily I  20.63 
 
 		 704 aa  70.9  0.00000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0763962 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  21.97 
 
 		 735 aa  70.9  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.18 
 
 		 677 aa  70.5  0.00000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  24.47 
 
 		 728 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  20.82 
 
 		 736 aa  70.9  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  22.76 
 
 		 671 aa  70.5  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  24.24 
 
 		 681 aa  70.5  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  23.18 
 
 		 677 aa  70.5  0.00000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>