More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5487 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5487  putative ATP-dependent DNA helicase Rep  100 
 
 		 591 aa  1203    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3407  UvrD/REP helicase  45.08 
 
 		 604 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0218597  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1645  UvrD/REP helicase  43.45 
 
 		 606 aa  426  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.417198  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0039  UvrD/REP helicase  40.99 
 
 		 599 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.830062  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2560  putative ATP-dependent DNA helicase, Rep  42.66 
 
 		 520 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.742452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0249  UvrD/REP helicase  27.41 
 
 		 663 aa  173  5.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000268408  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.01 
 
 		 671 aa  169  9e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.08 
 
 		 662 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1845  UvrD/REP helicase  28.08 
 
 		 662 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  26.95 
 
 		 657 aa  164  3e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00483  ATP-dependent DNA helicase  26.88 
 
 		 671 aa  165  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3473  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.88 
 
 		 669 aa  164  4.0000000000000004e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.406551 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  29.28 
 
 		 845 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.02 
 
 		 690 aa  162  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  27.4 
 
 		 671 aa  161  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  27.27 
 
 		 677 aa  160  8e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03656  DNA helicase and single-stranded DNA-dependent ATPase  26.11 
 
 		 673 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0354982  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03605  hypothetical protein  26.11 
 
 		 673 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0230376  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.27 
 
 		 677 aa  159  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4288  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 673 aa  159  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4199  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 673 aa  159  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.21 
 
 		 671 aa  159  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4225  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 673 aa  159  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4143  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 673 aa  158  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4142  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 673 aa  159  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3994  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 673 aa  159  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0151  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.49 
 
 		 674 aa  158  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  25 
 
 		 689 aa  158  3e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  26.66 
 
 		 679 aa  158  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4193  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 674 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.44 
 
 		 685 aa  157  5.0000000000000005e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4139  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 674 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4242  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 674 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.907548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4301  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 674 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5211  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 673 aa  156  9e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  25.25 
 
 		 625 aa  156  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.47 
 
 		 725 aa  156  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4124  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.11 
 
 		 707 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0156  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.81 
 
 		 674 aa  154  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  23.23 
 
 		 735 aa  152  1e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  24.53 
 
 		 689 aa  153  1e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.2 
 
 		 675 aa  153  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4207  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.24 
 
 		 673 aa  151  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6070  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.51 
 
 		 706 aa  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0206  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.95 
 
 		 669 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0188843 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.48 
 
 		 737 aa  151  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  24.55 
 
 		 677 aa  151  4e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69910  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.47 
 
 		 669 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3266  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.64 
 
 		 670 aa  150  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5264  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.79 
 
 		 669 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5174  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.79 
 
 		 669 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.45 
 
 		 672 aa  150  8e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.83 
 
 		 806 aa  150  8e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  29.08 
 
 		 1075 aa  150  9e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2555  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.03 
 
 		 671 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000614472  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.16 
 
 		 759 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0113  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.28 
 
 		 669 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4007  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.48 
 
 		 673 aa  149  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00646067 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 		 754 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  29.17 
 
 		 736 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.54 
 
 		 718 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  24.66 
 
 		 769 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5316  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.32 
 
 		 669 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.640166  normal  0.0761543 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  27.97 
 
 		 1089 aa  148  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0075  ATP-dependent DNA helicase RepA  25.12 
 
 		 669 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.688079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  27.99 
 
 		 730 aa  147  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  26.27 
 
 		 648 aa  146  9e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  26.27 
 
 		 648 aa  146  9e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  27.03 
 
 		 665 aa  146  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  26.14 
 
 		 668 aa  145  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  22.94 
 
 		 687 aa  144  3e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  25.4 
 
 		 682 aa  144  4e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  25.68 
 
 		 742 aa  144  5e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 		 725 aa  144  5e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  30 
 
 		 659 aa  144  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 666 aa  143  8e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.57 
 
 		 658 aa  143  9e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  28.71 
 
 		 723 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  26.04 
 
 		 816 aa  142  9.999999999999999e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  23.96 
 
 		 696 aa  143  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  25.49 
 
 		 721 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5519  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.16 
 
 		 669 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  26.98 
 
 		 817 aa  141  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  25.36 
 
 		 735 aa  141  3e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.52 
 
 		 751 aa  141  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0199  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.97 
 
 		 674 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  23.51 
 
 		 749 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.52 
 
 		 751 aa  141  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.45 
 
 		 741 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0253  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.12 
 
 		 669 aa  140  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  27.8 
 
 		 728 aa  140  6e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 736 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.91 
 
 		 732 aa  140  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  23.93 
 
 		 757 aa  140  8.999999999999999e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 		 816 aa  140  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  25.24 
 
 		 678 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  25.85 
 
 		 668 aa  139  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  23.73 
 
 		 655 aa  139  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  28.55 
 
 		 723 aa  139  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  26.89 
 
 		 762 aa  139  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>