More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3407 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1645  UvrD/REP helicase  85.6 
 
 		 606 aa  1015    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.417198  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0039  UvrD/REP helicase  63.77 
 
 		 599 aa  731    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.830062  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3407  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 604 aa  1219    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0218597  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5487  putative ATP-dependent DNA helicase Rep  45.08 
 
 		 591 aa  455  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2560  putative ATP-dependent DNA helicase, Rep  40.73 
 
 		 520 aa  348  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.742452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  26.44 
 
 		 625 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  27.85 
 
 		 1032 aa  160  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.5 
 
 		 737 aa  157  6e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 768 aa  157  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  28.5 
 
 		 1089 aa  157  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  29.28 
 
 		 668 aa  157  7e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.52 
 
 		 725 aa  154  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 		 646 aa  153  7e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0563  UvrD/REP helicase  28.1 
 
 		 743 aa  151  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0641932  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  27.35 
 
 		 787 aa  151  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  24.38 
 
 		 648 aa  150  4e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  24.38 
 
 		 648 aa  150  4e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  27.35 
 
 		 787 aa  151  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  27.35 
 
 		 787 aa  151  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  27.35 
 
 		 787 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  27.35 
 
 		 787 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  27.35 
 
 		 787 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  27.18 
 
 		 846 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  27.35 
 
 		 787 aa  150  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  26.96 
 
 		 840 aa  150  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  24.5 
 
 		 749 aa  150  9e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.91 
 
 		 713 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  26.48 
 
 		 723 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  28.31 
 
 		 1050 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.92 
 
 		 786 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  26.89 
 
 		 787 aa  147  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1204  UvrD/REP helicase  27.62 
 
 		 744 aa  146  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.948208  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  28.02 
 
 		 736 aa  146  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  27.15 
 
 		 787 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  27.15 
 
 		 787 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  26.85 
 
 		 787 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27 
 
 		 787 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  28.86 
 
 		 1075 aa  144  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0363  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.69 
 
 		 731 aa  144  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0670143 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.55 
 
 		 787 aa  143  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  22.41 
 
 		 735 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  26.41 
 
 		 790 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.75 
 
 		 806 aa  142  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  27.04 
 
 		 659 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.24 
 
 		 690 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.62 
 
 		 741 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.44 
 
 		 718 aa  141  3.9999999999999997e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.63 
 
 		 729 aa  141  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  29.07 
 
 		 725 aa  140  6e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  27.64 
 
 		 722 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  26.82 
 
 		 721 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 738 aa  140  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  27.64 
 
 		 722 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  27.18 
 
 		 722 aa  139  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 		 678 aa  140  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  25.23 
 
 		 769 aa  139  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  24.01 
 
 		 724 aa  139  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  26.52 
 
 		 726 aa  138  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  26.72 
 
 		 845 aa  139  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  25.54 
 
 		 724 aa  139  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  28.76 
 
 		 1082 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  25.88 
 
 		 678 aa  139  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.63 
 
 		 788 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.34 
 
 		 754 aa  138  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.53 
 
 		 858 aa  137  5e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  27.48 
 
 		 722 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.22 
 
 		 732 aa  137  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.12 
 
 		 730 aa  137  8e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  27.18 
 
 		 722 aa  137  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.91 
 
 		 742 aa  137  8e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  26.86 
 
 		 793 aa  137  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  26.29 
 
 		 678 aa  137  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  25.53 
 
 		 757 aa  137  8e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  25.67 
 
 		 753 aa  136  9e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.27 
 
 		 753 aa  136  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.29 
 
 		 755 aa  136  9e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.67 
 
 		 751 aa  136  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.72 
 
 		 747 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  25.67 
 
 		 751 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.31 
 
 		 753 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  27.01 
 
 		 721 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  26.71 
 
 		 722 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.67 
 
 		 751 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  26.71 
 
 		 722 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 		 668 aa  135  1.9999999999999998e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4114  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.69 
 
 		 781 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  27.78 
 
 		 707 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  26.71 
 
 		 722 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  26.46 
 
 		 722 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.85 
 
 		 725 aa  135  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4154  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.69 
 
 		 781 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.906632 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.51 
 
 		 751 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  23.28 
 
 		 684 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001978  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.25 
 
 		 671 aa  134  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0682973  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2149  DNA-dependent helicase II  27 
 
 		 723 aa  134  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0743865  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  27.6 
 
 		 739 aa  134  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  26 
 
 		 696 aa  134  5e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.8 
 
 		 747 aa  134  6e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  27.36 
 
 		 724 aa  134  6.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.56 
 
 		 747 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>