More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_0310 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
303 aa  612  9.999999999999999e-175  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  46.58 
 
 
293 aa  241  1e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  42.62 
 
 
317 aa  218  1e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  42.42 
 
 
304 aa  215  9e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  41.22 
 
 
304 aa  210  3e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.42 
 
 
302 aa  168  9e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.09 
 
 
300 aa  166  5e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  31.83 
 
 
339 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  34.98 
 
 
328 aa  156  3e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.19 
 
 
308 aa  155  7e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.51 
 
 
308 aa  154  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.77 
 
 
300 aa  154  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.51 
 
 
308 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.1 
 
 
328 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.6 
 
 
327 aa  152  8.999999999999999e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.9 
 
 
315 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  35.96 
 
 
326 aa  151  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  34.29 
 
 
318 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  32.03 
 
 
303 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.64 
 
 
330 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  33.23 
 
 
339 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  31.63 
 
 
311 aa  149  5e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  35.26 
 
 
323 aa  149  5e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.08 
 
 
322 aa  149  7e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  33.65 
 
 
319 aa  149  8e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.63 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  32.92 
 
 
339 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  34.39 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  30.57 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  33.65 
 
 
330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  34.39 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  36.14 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  34.39 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  32.69 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  34.39 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  32.52 
 
 
346 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 
329 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  34.39 
 
 
334 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.09 
 
 
331 aa  147  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  32.69 
 
 
344 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  35.28 
 
 
324 aa  146  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 
305 aa  146  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  33.76 
 
 
319 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 
329 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  30.38 
 
 
310 aa  146  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.93 
 
 
314 aa  145  6e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  32.48 
 
 
329 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
329 aa  145  9e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
329 aa  145  9e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  29.65 
 
 
316 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.86 
 
 
306 aa  144  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.19 
 
 
315 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  33.23 
 
 
312 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 
319 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  33.44 
 
 
329 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.09 
 
 
319 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  34.09 
 
 
319 aa  143  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.09 
 
 
319 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 
320 aa  143  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  34.09 
 
 
319 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  31.75 
 
 
325 aa  144  3e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.19 
 
 
339 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.09 
 
 
319 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.09 
 
 
319 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.02 
 
 
329 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.48 
 
 
314 aa  143  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  35.69 
 
 
330 aa  143  4e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  32.59 
 
 
318 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.09 
 
 
319 aa  143  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  35.69 
 
 
330 aa  142  6e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.08 
 
 
318 aa  142  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.23 
 
 
338 aa  142  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.86 
 
 
313 aa  142  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  32.58 
 
 
339 aa  142  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.77 
 
 
319 aa  142  9e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.97 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  34.08 
 
 
334 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.66 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.76 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.77 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.77 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.77 
 
 
319 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.77 
 
 
319 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  33 
 
 
315 aa  140  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.77 
 
 
319 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.77 
 
 
319 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.66 
 
 
334 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.3 
 
 
316 aa  139  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1191  pseudouridine synthase, RluA family  30.57 
 
 
328 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.924831  normal  0.212206 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  31.55 
 
 
322 aa  139  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  33.65 
 
 
319 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.69 
 
 
352 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  30.39 
 
 
315 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  32.24 
 
 
378 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  28.66 
 
 
334 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  30.1 
 
 
323 aa  136  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  35.57 
 
 
324 aa  136  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  33.23 
 
 
325 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  34.19 
 
 
344 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.88 
 
 
334 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>