More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1123 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1123  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 202 aa  401  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4126  response regulator receiver protein  77.72 
 
 		 202 aa  321  6e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1552  response regulator receiver protein  53.68 
 
 		 199 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 203 aa  181  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.07 
 
 		 213 aa  172  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 229 aa  169  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 213 aa  162  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  44 
 
 		 217 aa  160  9e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4961  two component LuxR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 214 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373586  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3199  two component LuxR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 214 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 218 aa  155  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 212 aa  153  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 241 aa  153  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 203 aa  151  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 207 aa  150  8e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  42.71 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 210 aa  148  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  39.06 
 
 		 216 aa  149  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 210 aa  148  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 210 aa  148  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  37.5 
 
 		 205 aa  147  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.4 
 
 		 210 aa  148  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  43.01 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 		 208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  41.58 
 
 		 208 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 208 aa  146  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  40.4 
 
 		 208 aa  145  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2166  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.58 
 
 		 220 aa  145  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 206 aa  144  7.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0317  LuxR family DNA-binding response regulator  40.67 
 
 		 250 aa  142  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0309445  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  39.7 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3183  response regulator receiver protein  43.68 
 
 		 191 aa  142  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 202 aa  142  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 201 aa  141  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 207 aa  141  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 214 aa  141  7e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  38.42 
 
 		 202 aa  141  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6169  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.52 
 
 		 221 aa  141  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 209 aa  140  9e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5187  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.83 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209149 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5456  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.46 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154935  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.82 
 
 		 205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  41.09 
 
 		 215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 205 aa  139  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2459  two component LuxR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 215 aa  139  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 207 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  40.8 
 
 		 212 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 201 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2491  LuxR response regulator receiver  40.8 
 
 		 211 aa  137  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 203 aa  137  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 209 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.6 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 212 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  41.33 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  38.74 
 
 		 200 aa  136  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 212 aa  136  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 214 aa  136  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  39.38 
 
 		 202 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  37.89 
 
 		 200 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 201 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 212 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  37.89 
 
 		 200 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 209 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.89 
 
 		 200 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 200 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.1 
 
 		 209 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  42.49 
 
 		 211 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  41.45 
 
 		 205 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 201 aa  134  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2139  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.58 
 
 		 213 aa  134  8e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  40 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  40 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  36.22 
 
 		 205 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  43.3 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  40.2 
 
 		 212 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  37 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>