More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3874 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3874  beta-lactamase  100 
 
 		 359 aa  752    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03893  putative beta-lactamase  59.14 
 
 		 363 aa  440  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.616435  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1968  beta-lactamase  41.14 
 
 		 380 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.103464 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2118  beta-lactamase  41.94 
 
 		 389 aa  301  9e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.146261  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2498  beta-lactamase  40.73 
 
 		 385 aa  301  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0428857  normal  0.830123 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2068  beta-lactamase  41.09 
 
 		 385 aa  293  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.567046  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1414  putative beta-lactamase  37.39 
 
 		 399 aa  280  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182511  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1621  beta-lactamase  35.19 
 
 		 426 aa  253  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.193235  normal  0.330681 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0675  beta-lactamase  34.78 
 
 		 377 aa  216  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1263  beta-lactamase-like protein  36.92 
 
 		 455 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1230  beta-lactamase  36.92 
 
 		 455 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3068  beta-lactamase  35.05 
 
 		 466 aa  208  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129348 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01660  beta-lactamase  35.76 
 
 		 447 aa  207  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.142612  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4706  beta-lactamase  34.26 
 
 		 444 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2779  beta-lactamase  32.45 
 
 		 445 aa  189  8e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000737728  hitchhiker  0.0000305116 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0370  beta-lactamase  33.23 
 
 		 403 aa  185  9e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.405453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0343  beta-lactamase  29.23 
 
 		 517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.6779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2539  beta-lactamase  25.6 
 
 		 567 aa  106  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.470437  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1514  beta-lactamase  23.99 
 
 		 620 aa  105  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00027695  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1460  beta-lactamase  25.27 
 
 		 523 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0171679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4076  beta-lactamase  28.09 
 
 		 566 aa  99.4  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4519  beta-lactamase  23.39 
 
 		 451 aa  99  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.302372  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2060  beta-lactamase  23.62 
 
 		 485 aa  99  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.258254  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2987  beta-lactamase  26.81 
 
 		 526 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.204407  normal  0.639877 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1638  beta-lactamase  23.58 
 
 		 485 aa  97.8  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0331332  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2018  penicillin-binding protein  23.46 
 
 		 485 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4159  beta-lactamase  25.07 
 
 		 544 aa  97.1  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0453527  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2264  hypothetical protein  23.81 
 
 		 485 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.145649  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2979  beta-lactamase  25.93 
 
 		 655 aa  95.5  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2346  hypothetical protein  24.07 
 
 		 485 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0051399  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2262  hypothetical protein  23.46 
 
 		 485 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.60427e-26 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3106  hypothetical protein  23.25 
 
 		 485 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000134591 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1064  beta-lactamase  26.11 
 
 		 544 aa  94.4  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2218  hypothetical protein  23.46 
 
 		 485 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2018  penicillin-binding protein  23.17 
 
 		 485 aa  93.6  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.225321  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1712  beta-lactamase  26.36 
 
 		 477 aa  94  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.419371  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1625  beta-lactamase  27.11 
 
 		 533 aa  93.6  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.921213 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3247  beta-lactamase  24.31 
 
 		 513 aa  92.8  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0467  beta-lactamase  25.07 
 
 		 520 aa  92  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2081  hypothetical protein  23.17 
 
 		 485 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.765888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2235  hypothetical protein  23.17 
 
 		 485 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.336147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0154  beta-lactamase  27.51 
 
 		 526 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04833  beta-lactamase  25.49 
 
 		 529 aa  89  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4882  beta-lactamase  24.32 
 
 		 497 aa  89.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4133  beta-lactamase  24.12 
 
 		 822 aa  89.4  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.668063  normal  0.0496796 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1298  beta-lactamase  24.55 
 
 		 566 aa  87  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0693  beta-lactamase  26.18 
 
 		 530 aa  86.7  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.750269  normal  0.541197 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1755  beta-lactamase  22.61 
 
 		 450 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2343  beta-lactamase  25.79 
 
 		 803 aa  84.3  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.23617 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1134  beta-lactamase  25.77 
 
 		 603 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.260461 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1757  beta-lactamase  27 
 
 		 531 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33850  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  23.85 
 
 		 453 aa  83.2  0.000000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8154  beta-lactamase  26.2 
 
 		 550 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5593  beta-lactamase  20.94 
 
 		 480 aa  80.9  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2459  beta-lactamase  25.14 
 
 		 466 aa  80.9  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2616  beta-lactamase  23.62 
 
 		 353 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1867  beta-lactamase  22.32 
 
 		 517 aa  80.1  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0109165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4990  beta-lactamase  25.5 
 
 		 531 aa  80.1  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1311  beta-lactamase  23.2 
 
 		 669 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9203  beta-lactamase  22.95 
 
 		 635 aa  78.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.606578 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09923  hypothetical protein  23.76 
 
 		 591 aa  78.6  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.916627  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1234  beta-lactamase  23.71 
 
 		 519 aa  76.6  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.565811  normal  0.301621 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1055  beta-lactamase  23.51 
 
 		 547 aa  76.6  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.427639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3615  beta-lactamase  22.46 
 
 		 611 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0663146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3422  beta-lactamase  22.19 
 
 		 593 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.126074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0468  beta-lactamase  19.82 
 
 		 455 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000926021 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3187  beta-lactamase  21.67 
 
 		 454 aa  75.1  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000216369  hitchhiker  0.000000000911992 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1832  beta-lactamase  22.7 
 
 		 446 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.29245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10925  hypothetical protein  26.54 
 
 		 562 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0759  putative beta-lactamase class C penicillin binding protein  25.08 
 
 		 498 aa  74.3  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.445171  normal  0.118882 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0653  beta-lactamase  25.83 
 
 		 531 aa  73.9  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1507  Beta-lactamase  23.1 
 
 		 595 aa  73.9  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11747  penicillin-binding protein  20.4 
 
 		 539 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.47398 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2400  penicillin-binding protein  25.14 
 
 		 481 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.443561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2353  penicillin-binding protein  25.14 
 
 		 481 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000218323  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4657  beta-lactamase  24.48 
 
 		 485 aa  72.4  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2587  putative penicillin-binding protein  25.14 
 
 		 463 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35213e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2575  penicillin-binding protein  25.14 
 
 		 481 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2650  beta-lactamase  21.96 
 
 		 497 aa  72.4  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0361544  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  22.13 
 
 		 377 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  21.85 
 
 		 377 aa  70.9  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0335  hypothetical protein  21.2 
 
 		 533 aa  70.9  0.00000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2316  penicillin-binding protein  25.14 
 
 		 481 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181197  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5618  beta-lactamase  22.58 
 
 		 456 aa  70.9  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.357665  normal  0.013094 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0116  beta-lactamase  20.47 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  23 
 
 		 487 aa  70.9  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  22.63 
 
 		 482 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2579  penicillin-binding protein, putative  22.68 
 
 		 483 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0220569  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1018  beta-lactamase  21.71 
 
 		 461 aa  70.1  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.624623 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0822  6Fe-6S prismane cluster-containing protein-like protein  23.59 
 
 		 455 aa  70.5  0.00000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0097  beta-lactamase  25.57 
 
 		 601 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3873  amino acid adenylation domain protein  23.17 
 
 		 5698 aa  69.7  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0801  beta-lactamase  22.01 
 
 		 478 aa  69.7  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.87828  normal  0.048033 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  22.13 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  22.31 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3731  beta-lactamase  21.56 
 
 		 603 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.227339 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2813  beta-lactamase  21.99 
 
 		 499 aa  68.9  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.119288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0805  beta-lactamase  25.78 
 
 		 519 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4516  beta-lactamase  24.33 
 
 		 533 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4810  beta-lactamase  24.33 
 
 		 533 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>