132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0258 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0258  hypothetical protein  100 
 
 		 200 aa  400  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00718  hypothetical protein  46.94 
 
 		 207 aa  208  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.737648  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0417  hypothetical protein  37.36 
 
 		 194 aa  111  7.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000101281  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0381  hypothetical protein  38.97 
 
 		 189 aa  98.6  6e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0787  hypothetical protein  32.76 
 
 		 176 aa  88.2  8e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0520  hypothetical protein  31.89 
 
 		 179 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0790  hypothetical protein  29.73 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0597866 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2956  hypothetical protein  39.81 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001007  small-conductance mechanosensitive channel  32.95 
 
 		 197 aa  79.3  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0804  hypothetical protein  30.97 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.445531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3219  hypothetical protein  30.97 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3322  hypothetical protein  30.97 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07084  hypothetical protein  34.92 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0852  hypothetical protein  30.32 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4184  small-conductance mechanosensitive channel  33.33 
 
 		 184 aa  77  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3512  hypothetical protein  30.32 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3635  hypothetical protein  30.32 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3441  hypothetical protein  30.32 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0899  hypothetical protein  30.32 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3043  hypothetical protein  30.52 
 
 		 178 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103752  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0614  hypothetical protein  34.55 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.431847 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0961  hypothetical protein  34.86 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12023  hypothetical protein  31.39 
 
 		 181 aa  72  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1265  small-conductance mechanosensitive channel  34.31 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.455732 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1549  hypothetical protein  34.31 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 		 400 aa  56.6  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3399  MscS mechanosensitive ion channel  41.43 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  30.28 
 
 		 429 aa  55.5  0.0000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0105  hypothetical protein  44.07 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  26.32 
 
 		 385 aa  53.9  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6682  MscS mechanosensitive ion channel  25.26 
 
 		 293 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  31.48 
 
 		 408 aa  52  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 421 aa  52  0.000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  25.15 
 
 		 389 aa  51.6  0.000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  26.42 
 
 		 286 aa  51.6  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3051  hypothetical protein  29.79 
 
 		 208 aa  51.6  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.129241 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3136  hypothetical protein  23.18 
 
 		 199 aa  51.2  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.785317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5251  small-conductance mechanosensitive channel-like protein  31.78 
 
 		 226 aa  50.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.144523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00593  MscS Mechanosensitive ion channel  32.05 
 
 		 356 aa  50.8  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.863063  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001221  small-conductance mechanosensitive channel  24.78 
 
 		 367 aa  50.1  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1734  MscS mechanosensitive ion channel  34.62 
 
 		 358 aa  50.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1335  MscS mechanosensitive ion channel  26.83 
 
 		 275 aa  50.4  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000063147 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1747  small-conductance mechanosensitive channel-like protein  30.93 
 
 		 187 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.346445 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  31.37 
 
 		 281 aa  49.7  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4017  MscS mechanosensitive ion channel  25.57 
 
 		 285 aa  49.7  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3252  small-conductance mechanosensitive channel-like protein  34.02 
 
 		 222 aa  49.3  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.309546 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2605  small-conductance mechanosensitive channel-like protein  34.02 
 
 		 222 aa  49.3  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0949581  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  25.64 
 
 		 288 aa  48.5  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0039  hypothetical protein  23.71 
 
 		 291 aa  48.5  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05088  hypothetical protein  27.27 
 
 		 399 aa  48.5  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  26.09 
 
 		 532 aa  48.5  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  28.57 
 
 		 366 aa  47.8  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  29.8 
 
 		 624 aa  47.8  0.0001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  29.45 
 
 		 268 aa  47.4  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  25.48 
 
 		 270 aa  46.6  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0444  MscS Mechanosensitive ion channel  27.97 
 
 		 404 aa  47  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.920627  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  29.41 
 
 		 633 aa  46.6  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  25.54 
 
 		 563 aa  47  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  25.88 
 
 		 262 aa  46.6  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 270 aa  45.4  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  26.28 
 
 		 373 aa  45.1  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  29.91 
 
 		 280 aa  45.1  0.0008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0971  MscS mechanosensitive ion channel  29.63 
 
 		 272 aa  45.1  0.0008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0975842 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  25.29 
 
 		 534 aa  44.7  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 492 aa  44.7  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  34.23 
 
 		 305 aa  44.7  0.0009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  26 
 
 		 753 aa  44.3  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1609  MscS mechanosensitive ion channel  24.14 
 
 		 319 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1634  MscS mechanosensitive ion channel  24.14 
 
 		 319 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1580  MscS mechanosensitive ion channel  24.14 
 
 		 319 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  30.69 
 
 		 414 aa  44.7  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  26.83 
 
 		 283 aa  44.7  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3049  MscS mechanosensitive ion channel  31.18 
 
 		 542 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  34.23 
 
 		 305 aa  44.3  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 283 aa  44.7  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  35.05 
 
 		 322 aa  44.3  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.46 
 
 		 479 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  24.05 
 
 		 825 aa  43.5  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  26 
 
 		 732 aa  43.5  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  26.61 
 
 		 325 aa  43.5  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  33.63 
 
 		 435 aa  43.5  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4450  MscS mechanosensitive ion channel  24.14 
 
 		 334 aa  43.5  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0409  hypothetical protein  24.29 
 
 		 293 aa  43.5  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0214224  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0420  hypothetical protein  24.29 
 
 		 293 aa  43.5  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.387203  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  23.72 
 
 		 288 aa  43.5  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3421  MscS Mechanosensitive ion channel  24.85 
 
 		 299 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0306302  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0442  MscS Mechanosensitive ion channel  24.1 
 
 		 279 aa  43.5  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  28.07 
 
 		 304 aa  43.9  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0460  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.57 
 
 		 280 aa  43.5  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00313509  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2741  MscS mechanosensitive ion channel  31.18 
 
 		 545 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0229  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  26.61 
 
 		 222 aa  43.1  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.727419  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  25.9 
 
 		 277 aa  42.7  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 		 275 aa  43.1  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  25.47 
 
 		 494 aa  43.1  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1106  small-conductance mechanosensitive channel  26.74 
 
 		 265 aa  43.1  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  38 
 
 		 304 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  24.14 
 
 		 301 aa  42.7  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  23.53 
 
 		 825 aa  42.7  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  25.42 
 
 		 369 aa  42.7  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  25.16 
 
 		 258 aa  42.7  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>