80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3526 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_0711  extracellular solute-binding protein family 1  84.76 
 
 		 436 aa  775    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0659  extracellular solute-binding protein family 1  84.53 
 
 		 435 aa  776    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3675  extracellular solute-binding protein family 1  97.7 
 
 		 435 aa  890    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616273  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3526  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 435 aa  905    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.077506  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5356  extracellular solute-binding protein family 1  48.58 
 
 		 428 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0798754  normal  0.176605 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5076  extracellular solute-binding protein family 1  47.02 
 
 		 427 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340965  normal  0.383073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5755  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  45.2 
 
 		 425 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428536  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1885  extracellular solute-binding protein family 1  32.33 
 
 		 419 aa  200  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.35457 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1699  extracellular solute-binding protein family 1  32.07 
 
 		 419 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3944  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 422 aa  149  9e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.282645 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 		 405 aa  95.5  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0067  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 414 aa  93.6  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.469085  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3075  extracellular solute-binding protein family 1  28.7 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0512  extracellular solute-binding protein  22.14 
 
 		 423 aa  70.5  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00024476  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  21.33 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4621  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 418 aa  60.1  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3712  extracellular solute-binding protein family 1  25.3 
 
 		 421 aa  58.9  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.411366 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  23.37 
 
 		 504 aa  58.2  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  23.5 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0358  extracellular solute-binding protein family 1  22.75 
 
 		 441 aa  55.1  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  21.47 
 
 		 424 aa  53.5  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  23.41 
 
 		 427 aa  52.8  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3128  extracellular solute-binding protein family 1  23.89 
 
 		 450 aa  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0477771 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 457 aa  51.6  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  21.79 
 
 		 419 aa  51.2  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 417 aa  51.2  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2574  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 		 449 aa  51.2  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1679  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 426 aa  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000895921  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0090  extracellular solute-binding protein family 1  22.25 
 
 		 489 aa  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.271567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 429 aa  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  21.04 
 
 		 427 aa  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  22.26 
 
 		 420 aa  49.7  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  21.63 
 
 		 446 aa  49.3  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  22.26 
 
 		 420 aa  49.3  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0227  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 424 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.998322  normal  0.257108 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  20.76 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 		 414 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  23.48 
 
 		 454 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1243  extracellular solute-binding protein  19.83 
 
 		 444 aa  47.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2524  extracellular solute-binding protein family 1  23.56 
 
 		 483 aa  47.4  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331289  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1748  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 481 aa  47.4  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2293  extracellular solute-binding protein family 1  24.04 
 
 		 425 aa  47.4  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0656119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3641  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 444 aa  47.4  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  25.89 
 
 		 403 aa  47.4  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 424 aa  46.6  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2513  extracellular solute-binding protein family 1  23.49 
 
 		 441 aa  46.6  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  21.14 
 
 		 414 aa  46.6  0.0009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.74 
 
 		 426 aa  46.6  0.0009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  24.64 
 
 		 457 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0263  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.962251  hitchhiker  0.00117926 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 427 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2545  extracellular solute-binding protein family 1  26.04 
 
 		 442 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5349  extracellular solute-binding protein family 1  22.53 
 
 		 406 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.535832 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3152  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 970 aa  46.2  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  23.19 
 
 		 421 aa  45.8  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0310  extracellular solute-binding protein family 1  25.48 
 
 		 443 aa  45.8  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0137  extracellular solute-binding protein family 1  32.46 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0795  extracellular solute-binding protein family 1  23.31 
 
 		 460 aa  45.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.215252  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6192  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  21.74 
 
 		 431 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0222852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.3 
 
 		 406 aa  45.1  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0910  extracellular solute-binding protein family 1  23.93 
 
 		 466 aa  45.1  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.764586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0919  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 		 441 aa  45.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0175  extracellular solute-binding protein family 1  27.54 
 
 		 458 aa  45.1  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1702  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 		 422 aa  45.1  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3317  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 492 aa  45.1  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000142443  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 399 aa  44.7  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  22.38 
 
 		 423 aa  44.7  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.73 
 
 		 444 aa  44.3  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1762  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.17 
 
 		 438 aa  44.7  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000740157  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 		 410 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  20.18 
 
 		 421 aa  43.9  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  21.6 
 
 		 470 aa  44.3  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0127  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 442 aa  43.9  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3027  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 467 aa  43.9  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3153  extracellular solute-binding protein  21.26 
 
 		 417 aa  43.9  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000182033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0208  putative extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 458 aa  43.5  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0085185  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  21.9 
 
 		 421 aa  43.1  0.009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1688  oligogalacturonide ABC transporter, periplasmic oligogalacturonide-binding protein  22.77 
 
 		 430 aa  43.1  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0550228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1798  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 		 430 aa  43.1  0.01  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>