106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4582 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 99 aa  197  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  44.19 
 
 		 93 aa  68.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  40.79 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 103 aa  63.9  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  40.4 
 
 		 115 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 95 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 116 aa  58.2  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  41.46 
 
 		 112 aa  58.5  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 93 aa  58.2  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  34.09 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  34.09 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 95 aa  57  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  30.86 
 
 		 94 aa  52.8  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 91 aa  53.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 108 aa  53.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  29.89 
 
 		 95 aa  52  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  29.07 
 
 		 90 aa  51.6  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 108 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  32.22 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  32.22 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 124 aa  51.2  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 94 aa  50.4  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  50 
 
 		 465 aa  50.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 169 aa  50.1  0.000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 124 aa  50.1  0.000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  27.59 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  30.34 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2226  transcriptional regulator  46.43 
 
 		 136 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.782341  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  29.07 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 105 aa  47.4  0.00006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 142 aa  47.8  0.00006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  31.33 
 
 		 149 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  35.29 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  27.91 
 
 		 89 aa  46.2  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  30.86 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 108 aa  45.1  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0552  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 71 aa  44.7  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.162215  hitchhiker  0.0000852105 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 380 aa  45.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 210 aa  43.9  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 119 aa  43.9  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 179 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 374 aa  43.5  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  40.35 
 
 		 194 aa  43.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 77 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  48.89 
 
 		 92 aa  42.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6072  putative transcriptional regulator Cro/CI family  33.33 
 
 		 233 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 178 aa  42.4  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  30.67 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0970  Cro/CI family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0726306  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0455  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 214 aa  42.7  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000298649 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  39.02 
 
 		 436 aa  42.7  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 210 aa  42  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 142 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 146 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 136 aa  42  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 100 aa  42  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 110 aa  41.6  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 368 aa  41.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  43.75 
 
 		 284 aa  42  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  33.85 
 
 		 196 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  29.81 
 
 		 123 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 106 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  32.08 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 371 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  32.14 
 
 		 105 aa  41.2  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  31.58 
 
 		 144 aa  40.8  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  37.93 
 
 		 459 aa  41.2  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2142  helix-turn-helix domain protein  37.74 
 
 		 96 aa  40.8  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  40.91 
 
 		 82 aa  40.8  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0275  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 276 aa  40.8  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.12088  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  30.77 
 
 		 327 aa  40.8  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 201 aa  40.4  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1457  putative transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0521049  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 97 aa  40.8  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>