189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_B0296 on replicon NC_008826
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008826  Mpe_B0296  helicase-associated endonuclease for fork-structured DNA  100 
 
 		 216 aa  431  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0942206 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5061  ERCC4  47.06 
 
 		 217 aa  184  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0183  Hef nuclease  39.13 
 
 		 749 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.818144  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1278  Hef nuclease  38.65 
 
 		 751 aa  122  5e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000986407  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0640  Hef nuclease  38.65 
 
 		 749 aa  122  5e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0761737  hitchhiker  0.00497307 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1208  Hef nuclease  34.72 
 
 		 938 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.599416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0920  Hef nuclease  30.52 
 
 		 769 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0706  Hef nuclease  35.21 
 
 		 776 aa  111  9e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.619505  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0131  Hef nuclease  32.38 
 
 		 808 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00335055  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1486  Hef nuclease  32.56 
 
 		 833 aa  107  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0437  ERCC4 domain-containing protein  34.93 
 
 		 228 aa  105  4e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000467796 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3723  ERCC4 domain protein  30.88 
 
 		 820 aa  105  7e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1708  Hef nuclease  32.52 
 
 		 750 aa  105  7e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1980  helicase domain protein  32.26 
 
 		 829 aa  103  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0800  Hef nuclease  32.87 
 
 		 851 aa  103  3e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.48491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1024  ERCC4 domain protein  31.55 
 
 		 215 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1786  ERCC4 domain protein  28.84 
 
 		 233 aa  97.8  1e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0169345  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2438  ERCC4 domain-containing protein  31.28 
 
 		 234 aa  97.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.41003  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0877  ERCC4 domain-containing protein  31.31 
 
 		 246 aa  97.4  2e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0813  Hef nuclease  29.17 
 
 		 745 aa  96.3  3e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0382801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0228  Hef nuclease  30.99 
 
 		 749 aa  95.9  4e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1103  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.91 
 
 		 756 aa  95.5  5e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000000000146119  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2758  ERCC4 domain protein  31.98 
 
 		 343 aa  95.1  7e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.863848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2546  Hef nuclease  30.58 
 
 		 836 aa  95.1  7e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.647176 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1418  Hef nuclease  32.68 
 
 		 751 aa  93.6  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0083  ERCC4 domain-containing protein  32.27 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.131653  hitchhiker  0.0000430873 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0365  ERCC4 domain-containing protein  29.95 
 
 		 212 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1060  Hef nuclease  28.37 
 
 		 754 aa  90.9  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.345165 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0376  ERCC4 domain-containing protein  29.95 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0363  ERCC4 domain-containing protein  29.95 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1157  Hef nuclease  27.23 
 
 		 763 aa  88.2  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.931783 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0726  ERCC4 domain-containing protein  34.78 
 
 		 219 aa  86.7  2e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0374  ERCC4 domain-containing protein  28.5 
 
 		 212 aa  85.5  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000467735 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0629  ERCC4 domain-containing protein  35.52 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3619  ERCC4 domain-containing protein  27.54 
 
 		 212 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42450  predicted protein  28.88 
 
 		 975 aa  75.9  0.0000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.488375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1706  ERCC4 domain-containing protein  34.94 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0772  ERCC4 domain-containing protein  32.97 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1707  ERCC4 domain-containing protein  30.6 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0341786 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60166  predicted protein  21.79 
 
 		 564 aa  59.3  0.00000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.000965923 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15780  Excinuclease ABC subunit C  39.44 
 
 		 658 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.160684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4536  excinuclease ABC, C subunit  45.45 
 
 		 647 aa  56.2  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00719023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1110  excinuclease ABC subunit C  45 
 
 		 641 aa  55.5  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.537728  normal  0.126972 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1997  excinuclease ABC subunit C  39.06 
 
 		 644 aa  55.1  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.222622  normal  0.657306 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2010  excinuclease ABC subunit C  42.37 
 
 		 611 aa  54.3  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08821  excinuclease ABC subunit C  46.94 
 
 		 647 aa  54.3  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.23805  hitchhiker  0.000233595 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0400  ERCC4 domain protein  25.13 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  44.23 
 
 		 603 aa  53.1  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2021  excinuclease ABC subunit C  39.68 
 
 		 656 aa  52.8  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.387091  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2652  excinuclease ABC, C subunit  39.68 
 
 		 668 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  38.89 
 
 		 612 aa  52  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01820  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 		 1099 aa  51.6  0.000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3713  excinuclease ABC, C subunit  36.92 
 
 		 668 aa  51.6  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09641  excinuclease ABC subunit C  33.33 
 
 		 644 aa  51.6  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2013  excinuclease ABC subunit C  43.75 
 
 		 614 aa  51.6  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.117598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2582  excinuclease ABC subunit C  39.06 
 
 		 707 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0298778  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2316  excinuclease ABC subunit C  45.28 
 
 		 645 aa  51.6  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.682688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1362  excinuclease ABC subunit C  37.5 
 
 		 704 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08713  single-stranded DNA endonuclease (Eurofung)  33.75 
 
 		 985 aa  50.1  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1279  excinuclease ABC subunit C  37.5 
 
 		 707 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0496012  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1252  excinuclease ABC, C subunit  44.23 
 
 		 647 aa  50.4  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2678  excinuclease ABC subunit C  37.5 
 
 		 707 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2194  excinuclease ABC, C subunit  42.31 
 
 		 684 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.010209  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5405  excinuclease ABC, C subunit  32.88 
 
 		 688 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16210  excinuclease ABC, C subunit  35.06 
 
 		 607 aa  50.1  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0283958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30660  excinuclease ABC subunit C  38.24 
 
 		 608 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.385406  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1728  excinuclease ABC subunit C  35.62 
 
 		 688 aa  49.7  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0415792 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2614  excinuclease ABC subunit C  38.24 
 
 		 608 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3014  excinuclease ABC, C subunit  38.24 
 
 		 675 aa  49.3  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.45539 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13070  Excinuclease ABC subunit C  45.1 
 
 		 651 aa  49.3  0.00005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1947  excinuclease ABC, C subunit  45.45 
 
 		 670 aa  48.9  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.122446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0205  excinuclease ABC subunit C  39.62 
 
 		 614 aa  49.3  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0351181  normal  0.308964 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  52.27 
 
 		 385 aa  48.9  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2878  excinuclease ABC, C subunit  36.67 
 
 		 682 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3104  excinuclease ABC, C subunit  36.67 
 
 		 682 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.299342  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2175  excinuclease ABC, C subunit  38.89 
 
 		 693 aa  48.5  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1363  excinuclease ABC subunit C  37.25 
 
 		 661 aa  48.5  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.205269  normal  0.348926 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6042  excinuclease ABC, C subunit  35.59 
 
 		 649 aa  48.5  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3001  excinuclease ABC, C subunit  36.67 
 
 		 700 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0328  excinuclease ABC subunit C  40.82 
 
 		 640 aa  48.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.462253  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2133  excinuclease ABC subunit C  34.33 
 
 		 604 aa  48.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00985622  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10011  excinuclease ABC subunit C  40.82 
 
 		 640 aa  48.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.404154  normal  0.496638 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2526  excinuclease ABC subunit C  34.72 
 
 		 666 aa  47.8  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2359  excinuclease ABC, C subunit  34.92 
 
 		 671 aa  47.8  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.660798  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2276  excinuclease ABC, C subunit  42.31 
 
 		 644 aa  47.8  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0553  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 		 612 aa  47.4  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000014331  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0901  excinuclease ABC subunit C  35.21 
 
 		 699 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.686054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3146  excinuclease ABC subunit C  35.21 
 
 		 690 aa  47  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.055346  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2449  excinuclease ABC subunit C  32.84 
 
 		 608 aa  47.4  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0823614  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0022  excinuclease ABC subunit C  31.34 
 
 		 613 aa  47.4  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20070  Excinuclease ABC subunit C  40.74 
 
 		 703 aa  47  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0431256  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4491  excinuclease ABC subunit C  33.96 
 
 		 642 aa  47.4  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.191027 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3154  excinuclease ABC, C subunit  41.18 
 
 		 669 aa  47  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11449  excinuclease ABC subunit C  40.38 
 
 		 646 aa  47  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.185294 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1177  excinuclease ABC subunit C  33.8 
 
 		 695 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.8668  normal  0.100977 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1362  excinuclease ABC subunit C  40.38 
 
 		 611 aa  46.6  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.884945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5613  excinuclease ABC, C subunit  39.22 
 
 		 663 aa  45.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143768  normal  0.363977 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0581  excinuclease ABC subunit C  45.83 
 
 		 687 aa  46.2  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.9728  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  33.33 
 
 		 606 aa  46.2  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2488  excinuclease ABC subunit C  35.94 
 
 		 716 aa  46.2  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.820608  normal  0.0424579 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>