212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0374 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0374  ERCC4 domain-containing protein  100 
 
 		 212 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000467735 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3619  ERCC4 domain-containing protein  70.48 
 
 		 212 aa  304  7e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0363  ERCC4 domain-containing protein  70.48 
 
 		 212 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0376  ERCC4 domain-containing protein  70.48 
 
 		 212 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0365  ERCC4 domain-containing protein  69.05 
 
 		 212 aa  295  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0291  ERCC4  64.38 
 
 		 170 aa  202  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2438  ERCC4 domain-containing protein  41.9 
 
 		 234 aa  138  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.41003  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0228  Hef nuclease  37.17 
 
 		 749 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1103  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.84 
 
 		 756 aa  109  3e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000000000146119  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0437  ERCC4 domain-containing protein  34.74 
 
 		 228 aa  106  2e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000467796 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2546  Hef nuclease  31.03 
 
 		 836 aa  103  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.647176 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0640  Hef nuclease  37.57 
 
 		 749 aa  104  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0761737  hitchhiker  0.00497307 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1208  Hef nuclease  37.36 
 
 		 938 aa  103  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.599416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0183  Hef nuclease  37.02 
 
 		 749 aa  103  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.818144  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1278  Hef nuclease  36.46 
 
 		 751 aa  103  3e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000986407  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0131  Hef nuclease  36.11 
 
 		 808 aa  102  5e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00335055  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0706  Hef nuclease  33.64 
 
 		 776 aa  102  5e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.619505  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1418  Hef nuclease  31.71 
 
 		 751 aa  99  4e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1486  Hef nuclease  31.13 
 
 		 833 aa  99  5e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0813  Hef nuclease  32.68 
 
 		 745 aa  98.6  6e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0382801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1708  Hef nuclease  34.93 
 
 		 750 aa  95.9  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1157  Hef nuclease  31.71 
 
 		 763 aa  95.5  5e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.931783 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0800  Hef nuclease  30.33 
 
 		 851 aa  95.1  6e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.48491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1980  helicase domain protein  30.33 
 
 		 829 aa  95.1  7e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5061  ERCC4  33.5 
 
 		 217 aa  94.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1060  Hef nuclease  33.33 
 
 		 754 aa  93.6  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.345165 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3723  ERCC4 domain protein  30 
 
 		 820 aa  93.2  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0920  Hef nuclease  32.61 
 
 		 769 aa  92.4  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1786  ERCC4 domain protein  31.75 
 
 		 233 aa  87  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0169345  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2814  ERCC4 domain protein  30.14 
 
 		 220 aa  86.3  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0296  helicase-associated endonuclease for fork-structured DNA  28.5 
 
 		 216 aa  85.5  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0942206 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0877  ERCC4 domain-containing protein  27.88 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1024  ERCC4 domain protein  29.03 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0083  ERCC4 domain-containing protein  28.88 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.131653  hitchhiker  0.0000430873 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0400  ERCC4 domain protein  32.64 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0726  ERCC4 domain-containing protein  27.01 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0629  ERCC4 domain-containing protein  30.64 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1707  ERCC4 domain-containing protein  30.41 
 
 		 215 aa  68.9  0.00000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0341786 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0290  nuclease  58.33 
 
 		 51 aa  64.3  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.179128  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1706  ERCC4 domain-containing protein  33.56 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2758  ERCC4 domain protein  25.82 
 
 		 343 aa  63.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.863848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0772  ERCC4 domain-containing protein  25.15 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0905  hypothetical protein  30.58 
 
 		 158 aa  51.6  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0333285  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2725  excinuclease ABC subunit C  48.08 
 
 		 592 aa  51.6  0.000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1783  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 610 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0533171  hitchhiker  0.000000162173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30660  excinuclease ABC subunit C  37.68 
 
 		 608 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.385406  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2599  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00115318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2614  excinuclease ABC subunit C  26.76 
 
 		 608 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2676  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00512611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1640  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  51.2  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00105988  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0552  excinuclease ABC subunit C  35.23 
 
 		 749 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344791  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2884  excinuclease ABC subunit C  35.23 
 
 		 749 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1739  excinuclease ABC subunit C  35.23 
 
 		 742 aa  50.1  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00965022  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2133  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 604 aa  50.4  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00985622  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2456  excinuclease ABC subunit C  35.23 
 
 		 747 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.710072  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2824  excinuclease ABC subunit C  35.23 
 
 		 747 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0643024  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2561  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00257936  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2769  excinuclease ABC subunit C  35.23 
 
 		 747 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0179229  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2829  excinuclease ABC subunit C  35.23 
 
 		 747 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1779  excinuclease ABC subunit C  35.23 
 
 		 747 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.130591  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1861  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  49.7  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1548  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  49.7  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000704584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1615  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  49.7  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000543557  normal  0.3636 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1609  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  49.7  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000167064  normal  0.0818954 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  33.33 
 
 		 612 aa  49.3  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2648  excinuclease ABC subunit C  37.68 
 
 		 610 aa  49.3  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.473447  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  34.78 
 
 		 606 aa  48.9  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1095  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 		 753 aa  48.9  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1072  excinuclease ABC subunit C  49.02 
 
 		 575 aa  48.5  0.00007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.353425  normal  0.0879577 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60166  predicted protein  23.27 
 
 		 564 aa  48.5  0.00007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.000965923 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  34.78 
 
 		 603 aa  48.5  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2889  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 		 731 aa  48.5  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0288597  normal  0.314719 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0694  DNA ligase, NAD-dependent  36 
 
 		 695 aa  48.5  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10480  DNA ligase, NAD-dependent  40 
 
 		 871 aa  47.4  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0603  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.86 
 
 		 731 aa  47.8  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0581  excinuclease ABC subunit C  41.56 
 
 		 687 aa  47.4  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.9728  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4255  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 		 677 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.27889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1437  excinuclease ABC subunit C  37.68 
 
 		 609 aa  48.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0535013  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0663  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 		 681 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.912465  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1143  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 		 681 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232911  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1023  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 		 684 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0851  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 		 740 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00444649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1101  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 		 682 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1825  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  47.4  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.088783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2151  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  47  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.054241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3146  excinuclease ABC subunit C  36.25 
 
 		 690 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.055346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1019  excinuclease ABC subunit C  32.95 
 
 		 684 aa  47.4  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114773  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3639  excinuclease ABC, C subunit  46.15 
 
 		 597 aa  47  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2078  excinuclease ABC, C subunit  42.31 
 
 		 604 aa  47  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1598  excinuclease ABC, C subunit  33.33 
 
 		 607 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.735187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2161  excinuclease ABC subunit C  32.95 
 
 		 674 aa  46.6  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.263968 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1923  hypothetical protein  28.26 
 
 		 160 aa  46.2  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00139334  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1281  excinuclease ABC subunit C  32.56 
 
 		 695 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280524  normal  0.136737 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2454  excinuclease ABC subunit C  36.23 
 
 		 609 aa  46.2  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.263996  normal  0.543932 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3788  ERCC4 domain-containing protein  28.26 
 
 		 160 aa  46.2  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1252  excinuclease ABC, C subunit  31.88 
 
 		 647 aa  46.6  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09641  excinuclease ABC subunit C  37.14 
 
 		 644 aa  46.6  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24570  DNA integrity scanning protein DisA  40.38 
 
 		 361 aa  46.6  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1177  excinuclease ABC subunit C  32.56 
 
 		 695 aa  46.2  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.8668  normal  0.100977 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0190  DNA integrity scanning protein DisA  38.98 
 
 		 358 aa  46.2  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>