71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3619 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3619  ERCC4 domain-containing protein  100 
 
 		 212 aa  432  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0376  ERCC4 domain-containing protein  85.78 
 
 		 212 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0363  ERCC4 domain-containing protein  85.78 
 
 		 212 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0365  ERCC4 domain-containing protein  83.89 
 
 		 212 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0374  ERCC4 domain-containing protein  70.48 
 
 		 212 aa  304  7e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000467735 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0291  ERCC4  74.32 
 
 		 170 aa  239  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2438  ERCC4 domain-containing protein  39.42 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.41003  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0228  Hef nuclease  36.99 
 
 		 749 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1103  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.84 
 
 		 756 aa  110  2.0000000000000002e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000000000146119  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0183  Hef nuclease  39.23 
 
 		 749 aa  108  9.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.818144  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2546  Hef nuclease  32.51 
 
 		 836 aa  105  7e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.647176 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1278  Hef nuclease  37.57 
 
 		 751 aa  103  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000986407  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0640  Hef nuclease  38.12 
 
 		 749 aa  103  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0761737  hitchhiker  0.00497307 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0706  Hef nuclease  37.02 
 
 		 776 aa  103  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.619505  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0437  ERCC4 domain-containing protein  33.98 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000467796 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1208  Hef nuclease  37.22 
 
 		 938 aa  96.3  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.599416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0800  Hef nuclease  31.46 
 
 		 851 aa  95.5  6e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.48491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0131  Hef nuclease  36.46 
 
 		 808 aa  94  2e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00335055  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1418  Hef nuclease  32.84 
 
 		 751 aa  92.8  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5061  ERCC4  31.78 
 
 		 217 aa  92.4  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1486  Hef nuclease  30.19 
 
 		 833 aa  90.1  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1786  ERCC4 domain protein  32.71 
 
 		 233 aa  90.1  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0169345  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3723  ERCC4 domain protein  30.88 
 
 		 820 aa  89.7  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1060  Hef nuclease  34.15 
 
 		 754 aa  89.4  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.345165 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1157  Hef nuclease  33.5 
 
 		 763 aa  88.6  6e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.931783 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1980  helicase domain protein  29.11 
 
 		 829 aa  87.4  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0877  ERCC4 domain-containing protein  30.33 
 
 		 246 aa  87.4  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0920  Hef nuclease  30.62 
 
 		 769 aa  84.7  0.000000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1708  Hef nuclease  34.45 
 
 		 750 aa  84.3  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0813  Hef nuclease  31.34 
 
 		 745 aa  82.8  0.000000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0382801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0296  helicase-associated endonuclease for fork-structured DNA  27.54 
 
 		 216 aa  80.9  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0942206 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2814  ERCC4 domain protein  28.57 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1024  ERCC4 domain protein  27.75 
 
 		 215 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0083  ERCC4 domain-containing protein  31.14 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.131653  hitchhiker  0.0000430873 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0290  nuclease  65.31 
 
 		 51 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.179128  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0629  ERCC4 domain-containing protein  30.06 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1707  ERCC4 domain-containing protein  31.4 
 
 		 215 aa  69.3  0.00000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0341786 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0726  ERCC4 domain-containing protein  26.49 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0400  ERCC4 domain protein  31.61 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0772  ERCC4 domain-containing protein  25.58 
 
 		 216 aa  60.8  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1706  ERCC4 domain-containing protein  32.32 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2758  ERCC4 domain protein  26.8 
 
 		 343 aa  51.2  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.863848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3806  ERCC4 domain-containing protein  35.19 
 
 		 330 aa  46.6  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0863  DNA integrity scanning protein DisA  35.85 
 
 		 362 aa  45.8  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51042 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2599  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 609 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00115318  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1640  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 609 aa  44.7  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00105988  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1923  hypothetical protein  25.93 
 
 		 160 aa  44.3  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00139334  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3788  ERCC4 domain-containing protein  25.93 
 
 		 160 aa  44.3  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2676  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 609 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00512611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1783  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 610 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0533171  hitchhiker  0.000000162173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2133  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 604 aa  43.9  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00985622  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5189  ERCC4 domain-containing protein  30.33 
 
 		 325 aa  43.9  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42450  predicted protein  44 
 
 		 975 aa  43.1  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.488375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60166  predicted protein  23.65 
 
 		 564 aa  43.1  0.003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.000965923 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06870  predicted nucleic-acid-binding protein (contains the HHH domain)  32.08 
 
 		 361 aa  43.1  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0337  DNA integrity scanning protein DisA  26.28 
 
 		 361 aa  43.1  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.828831  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1861  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 609 aa  42.7  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0022  excinuclease ABC subunit C  30.38 
 
 		 613 aa  42.7  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1609  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 609 aa  42.7  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000167064  normal  0.0818954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2648  excinuclease ABC subunit C  32.88 
 
 		 610 aa  42.7  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.473447  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1615  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 609 aa  42.7  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000543557  normal  0.3636 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1548  excinuclease ABC subunit C  30.14 
 
 		 609 aa  42.7  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000704584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2561  excinuclease ABC subunit C  28.77 
 
 		 609 aa  42.4  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00257936  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0086  hypothetical protein  26.53 
 
 		 177 aa  42.4  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.176439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5359  cyclic nucleotide-binding protein  29.46 
 
 		 321 aa  42  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0256  excinuclease ABC subunit C  35.82 
 
 		 613 aa  42  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0905  hypothetical protein  27.59 
 
 		 158 aa  42  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0333285  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  27.27 
 
 		 612 aa  42  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0565  DNA integrity scanning, DisA, linker region  32.08 
 
 		 358 aa  41.6  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.336088  hitchhiker  0.00662065 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1825  excinuclease ABC subunit C  31.51 
 
 		 609 aa  41.6  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.088783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  28.77 
 
 		 606 aa  41.6  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>