34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0290 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0290  nuclease  100 
 
 		 51 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.179128  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3619  ERCC4 domain-containing protein  65.31 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0365  ERCC4 domain-containing protein  71.43 
 
 		 212 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0376  ERCC4 domain-containing protein  71.43 
 
 		 212 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0363  ERCC4 domain-containing protein  71.43 
 
 		 212 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0374  ERCC4 domain-containing protein  58.33 
 
 		 212 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000467735 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0640  Hef nuclease  57.14 
 
 		 749 aa  61.2  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0761737  hitchhiker  0.00497307 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1278  Hef nuclease  55.1 
 
 		 751 aa  60.5  0.000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000986407  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0183  Hef nuclease  49.02 
 
 		 749 aa  56.6  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.818144  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0706  Hef nuclease  50.98 
 
 		 776 aa  56.6  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.619505  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0228  Hef nuclease  48.98 
 
 		 749 aa  53.1  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1486  Hef nuclease  47.92 
 
 		 833 aa  51.6  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2546  Hef nuclease  47.92 
 
 		 836 aa  50.4  0.000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.647176 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5061  ERCC4  45.1 
 
 		 217 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0800  Hef nuclease  47.83 
 
 		 851 aa  47.8  0.00005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.48491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3723  ERCC4 domain protein  45.83 
 
 		 820 aa  47  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2438  ERCC4 domain-containing protein  51.11 
 
 		 234 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.41003  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0296  helicase-associated endonuclease for fork-structured DNA  41.67 
 
 		 216 aa  45.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0942206 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1208  Hef nuclease  47.83 
 
 		 938 aa  45.4  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.599416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0863  DNA integrity scanning protein DisA  38.78 
 
 		 362 aa  45.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51042 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1103  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.86 
 
 		 756 aa  44.7  0.0004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000000000146119  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1980  helicase domain protein  41.67 
 
 		 829 aa  45.1  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0437  ERCC4 domain-containing protein  41.67 
 
 		 228 aa  44.3  0.0006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000467796 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1708  Hef nuclease  44.68 
 
 		 750 aa  43.9  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09641  excinuclease ABC subunit C  45.45 
 
 		 644 aa  42.4  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2640  excinuclease ABC subunit C  45.83 
 
 		 579 aa  42  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.347112  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0131  Hef nuclease  43.75 
 
 		 808 aa  41.6  0.004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  decreased coverage  0.00335055  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2645  NAD-dependent DNA ligase LigA  39.22 
 
 		 710 aa  41.6  0.004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0400  ERCC4 domain protein  39.58 
 
 		 221 aa  41.2  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0160  DNA ligase, NAD-dependent  46.51 
 
 		 775 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2725  excinuclease ABC subunit C  45.83 
 
 		 592 aa  41.2  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06870  predicted nucleic-acid-binding protein (contains the HHH domain)  34.69 
 
 		 361 aa  40.8  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0703  DNA processing protein DprA, putative  44.68 
 
 		 402 aa  40.8  0.006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.055587  normal  0.280141 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0920  Hef nuclease  42.86 
 
 		 769 aa  40.4  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>