More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4491 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1362  excinuclease ABC subunit C  51.83 
 
 
704 aa  653    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3104  excinuclease ABC, C subunit  54.93 
 
 
682 aa  708    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.299342  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3001  excinuclease ABC, C subunit  55.14 
 
 
700 aa  711    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2735  excinuclease ABC subunit C  58.44 
 
 
623 aa  746    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.296974  normal  0.0935486 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0690  excinuclease ABC subunit C  57.51 
 
 
690 aa  710    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.485523  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1712  excinuclease ABC, C subunit  54.46 
 
 
692 aa  669    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.254064 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0644  excinuclease ABC subunit C  58.05 
 
 
631 aa  741    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0699  excinuclease ABC subunit C  57.51 
 
 
690 aa  711    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2859  excinuclease ABC subunit C  57.95 
 
 
623 aa  742    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.41177  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0046  excinuclease ABC subunit C  56.51 
 
 
629 aa  707    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.714841  hitchhiker  0.00962006 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2526  excinuclease ABC subunit C  54.11 
 
 
666 aa  648    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1074  excinuclease ABC subunit C  58.44 
 
 
623 aa  747    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.969621  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4491  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
642 aa  1310    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.191027 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1232  excinuclease ABC subunit C  55.54 
 
 
680 aa  688    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000101228 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2589  excinuclease ABC subunit C  57.76 
 
 
691 aa  727    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0718587  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1434  excinuclease ABC, C subunit  52.41 
 
 
679 aa  652    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1728  excinuclease ABC subunit C  53.37 
 
 
688 aa  649    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0415792 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2220  excinuclease ABC subunit C  58.95 
 
 
639 aa  754    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0021269  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1177  excinuclease ABC subunit C  53.11 
 
 
695 aa  662    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.8668  normal  0.100977 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1060  excinuclease ABC subunit C  69.97 
 
 
658 aa  914    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.41739  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3919  excinuclease ABC subunit C  56.46 
 
 
631 aa  724    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1558  excinuclease ABC subunit C  55.27 
 
 
690 aa  694    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367704  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0901  excinuclease ABC subunit C  52.26 
 
 
699 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.686054  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4277  excinuclease ABC subunit C  54.9 
 
 
634 aa  681    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.471865 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1281  excinuclease ABC subunit C  52.95 
 
 
695 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280524  normal  0.136737 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3146  excinuclease ABC subunit C  51.3 
 
 
690 aa  651    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.055346  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1086  excinuclease ABC subunit C  55.22 
 
 
680 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000501867 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5405  excinuclease ABC, C subunit  55.64 
 
 
688 aa  711    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2520  excinuclease ABC subunit C  57.07 
 
 
635 aa  736    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1082  excinuclease ABC subunit C  73.16 
 
 
644 aa  977    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3713  excinuclease ABC, C subunit  57.23 
 
 
668 aa  704    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1975  excinuclease ABC subunit C  56.5 
 
 
653 aa  722    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2878  excinuclease ABC, C subunit  54.93 
 
 
682 aa  709    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0420  excinuclease ABC subunit C  58.61 
 
 
620 aa  715    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000882939  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0772  excinuclease ABC subunit C  54.41 
 
 
633 aa  676    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00962744  normal  0.347624 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0782  excinuclease ABC subunit C  56.06 
 
 
674 aa  698    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191761  normal  0.0714693 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2652  excinuclease ABC, C subunit  58.43 
 
 
668 aa  712    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2276  excinuclease ABC, C subunit  57.21 
 
 
644 aa  723    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0516  excinuclease ABC subunit C  51.99 
 
 
658 aa  682    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2312  excinuclease ABC subunit C  57.19 
 
 
623 aa  697    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2344  excinuclease ABC, C subunit  54.91 
 
 
779 aa  535  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.77277  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1362  excinuclease ABC subunit C  47.26 
 
 
611 aa  534  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.884945  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1907  excinuclease ABC subunit C  46.94 
 
 
609 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1879  excinuclease ABC subunit C  44.98 
 
 
617 aa  514  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000011349  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1598  excinuclease ABC, C subunit  46.88 
 
 
607 aa  506  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.735187  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0022  excinuclease ABC subunit C  44.79 
 
 
613 aa  508  9.999999999999999e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1644  excinuclease ABC subunit C  41.98 
 
 
599 aa  490  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1804  excinuclease ABC subunit C  43.52 
 
 
599 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.919457  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0154  excinuclease ABC subunit C  41.37 
 
 
605 aa  479  1e-134  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.168899  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1145  excinuclease ABC, C subunit  40.53 
 
 
613 aa  481  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000360051  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30660  excinuclease ABC subunit C  42.15 
 
 
608 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.385406  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0979  excinuclease ABC, C subunit  42.45 
 
 
623 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0363417 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0853  excinuclease ABC, C subunit  42.45 
 
 
608 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2614  excinuclease ABC subunit C  41.98 
 
 
608 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1681  excinuclease ABC, C subunit  41.25 
 
 
626 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3023  excinuclease ABC, C subunit  41.85 
 
 
607 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2374  excinuclease ABC subunit C  41.49 
 
 
607 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.483342  normal  0.0306932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3066  excinuclease ABC subunit C  41.32 
 
 
607 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3374  excinuclease ABC subunit C  42.17 
 
 
607 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25040  excinuclease ABC subunit C  41.65 
 
 
607 aa  465  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  40.1 
 
 
612 aa  464  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1276  excinuclease ABC subunit C  43.21 
 
 
609 aa  460  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00138903  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4098  excinuclease ABC subunit C  42.01 
 
 
607 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125966  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1766  excinuclease ABC subunit C  42.01 
 
 
607 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0738607  decreased coverage  0.000573829 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1334  excinuclease ABC subunit C  43.54 
 
 
609 aa  461  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000285239  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1803  excinuclease ABC, C subunit  42.05 
 
 
657 aa  459  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0340936  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2896  excinuclease ABC subunit C  41.19 
 
 
607 aa  458  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189646  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  41.46 
 
 
603 aa  457  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1316  excinuclease ABC subunit C  43.05 
 
 
627 aa  457  1e-127  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.235211  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1192  excinuclease ABC, C subunit  41.87 
 
 
619 aa  457  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0751579  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1410  excinuclease ABC subunit C  43.05 
 
 
621 aa  458  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1403  excinuclease ABC subunit C  44.15 
 
 
614 aa  452  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.252536  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2133  excinuclease ABC subunit C  40.53 
 
 
604 aa  449  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00985622  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  41.35 
 
 
606 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1861  excinuclease ABC subunit C  39.57 
 
 
609 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16210  excinuclease ABC, C subunit  38.73 
 
 
607 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0283958  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0701  excinuclease ABC subunit C  41.06 
 
 
598 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.233077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1783  excinuclease ABC subunit C  39.9 
 
 
610 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0533171  hitchhiker  0.000000162173 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2599  excinuclease ABC subunit C  39.9 
 
 
609 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00115318  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2561  excinuclease ABC subunit C  39.9 
 
 
609 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00257936  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3241  excinuclease ABC, C subunit  39.67 
 
 
607 aa  449  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0161382  hitchhiker  0.00210477 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2676  excinuclease ABC subunit C  40.07 
 
 
609 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00512611  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00582  excinuclease ABC subunit C  42.88 
 
 
618 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2698  excinuclease ABC subunit C  40.29 
 
 
618 aa  445  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2570  excinuclease ABC subunit C  40.13 
 
 
618 aa  443  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1954  excinuclease ABC subunit C  39.93 
 
 
609 aa  445  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00983646  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1519  excinuclease ABC subunit C  40.43 
 
 
610 aa  444  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0983209  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3671  excinuclease ABC subunit C  41.34 
 
 
585 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159711  hitchhiker  0.0000000375345 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1271  excinuclease ABC subunit C  41.93 
 
 
606 aa  445  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1548  excinuclease ABC subunit C  39.41 
 
 
609 aa  445  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000704584  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1615  excinuclease ABC subunit C  39.41 
 
 
609 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000543557  normal  0.3636 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1437  excinuclease ABC subunit C  39.61 
 
 
609 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0535013  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2454  excinuclease ABC subunit C  39.37 
 
 
609 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.263996  normal  0.543932 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1609  excinuclease ABC subunit C  39.08 
 
 
609 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000167064  normal  0.0818954 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0659  excinuclease ABC subunit C  39.19 
 
 
609 aa  438  1e-121  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.25379  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2151  excinuclease ABC subunit C  39.27 
 
 
609 aa  437  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.054241  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1825  excinuclease ABC subunit C  39.93 
 
 
609 aa  436  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.088783  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2011  excinuclease ABC subunit C  40 
 
 
610 aa  435  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000678771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1726  excinuclease ABC subunit C  40 
 
 
610 aa  435  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000100265  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1849  excinuclease ABC subunit C  39.87 
 
 
610 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0109871  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>