More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1177 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_5405  excinuclease ABC, C subunit  60.75 
 
 		 688 aa  808    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1712  excinuclease ABC, C subunit  62.09 
 
 		 692 aa  784    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.254064 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0690  excinuclease ABC subunit C  66.18 
 
 		 690 aa  837    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.485523  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1558  excinuclease ABC subunit C  59.37 
 
 		 690 aa  785    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367704  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0699  excinuclease ABC subunit C  65.85 
 
 		 690 aa  834    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3104  excinuclease ABC, C subunit  60.82 
 
 		 682 aa  820    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.299342  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1362  excinuclease ABC subunit C  83.93 
 
 		 704 aa  1190    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2526  excinuclease ABC subunit C  84.07 
 
 		 666 aa  1109    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1074  excinuclease ABC subunit C  56.01 
 
 		 623 aa  711    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.969621  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4277  excinuclease ABC subunit C  57.14 
 
 		 634 aa  736    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.471865 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0420  excinuclease ABC subunit C  55.37 
 
 		 620 aa  681    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000882939  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2344  excinuclease ABC, C subunit  67.61 
 
 		 779 aa  682    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.77277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2220  excinuclease ABC subunit C  55.38 
 
 		 639 aa  705    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0021269  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0644  excinuclease ABC subunit C  57.37 
 
 		 631 aa  743    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1177  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 695 aa  1418    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.8668  normal  0.100977 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1060  excinuclease ABC subunit C  52.15 
 
 		 658 aa  648    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.41739  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3919  excinuclease ABC subunit C  55.42 
 
 		 631 aa  720    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0901  excinuclease ABC subunit C  82.91 
 
 		 699 aa  1168    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.686054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2878  excinuclease ABC, C subunit  60.97 
 
 		 682 aa  821    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2859  excinuclease ABC subunit C  55.7 
 
 		 623 aa  707    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.41177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1281  excinuclease ABC subunit C  94.82 
 
 		 695 aa  1330    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280524  normal  0.136737 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1434  excinuclease ABC, C subunit  60.32 
 
 		 679 aa  807    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3146  excinuclease ABC subunit C  84.29 
 
 		 690 aa  1134    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.055346  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3001  excinuclease ABC, C subunit  60.69 
 
 		 700 aa  816    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2520  excinuclease ABC subunit C  52.68 
 
 		 635 aa  695    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1082  excinuclease ABC subunit C  52.63 
 
 		 644 aa  671    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1728  excinuclease ABC subunit C  79.68 
 
 		 688 aa  1105    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0415792 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3713  excinuclease ABC, C subunit  61.46 
 
 		 668 aa  805    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1975  excinuclease ABC subunit C  65.92 
 
 		 653 aa  846    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2276  excinuclease ABC, C subunit  61.96 
 
 		 644 aa  823    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1232  excinuclease ABC subunit C  64.06 
 
 		 680 aa  812    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000101228 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0772  excinuclease ABC subunit C  56.38 
 
 		 633 aa  723    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00962744  normal  0.347624 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1086  excinuclease ABC subunit C  61.3 
 
 		 680 aa  823    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000501867 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2652  excinuclease ABC, C subunit  62.42 
 
 		 668 aa  796    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2735  excinuclease ABC subunit C  56.17 
 
 		 623 aa  713    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.296974  normal  0.0935486 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0782  excinuclease ABC subunit C  63.46 
 
 		 674 aa  822    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191761  normal  0.0714693 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0046  excinuclease ABC subunit C  53.42 
 
 		 629 aa  677    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.714841  hitchhiker  0.00962006 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4491  excinuclease ABC subunit C  53.27 
 
 		 642 aa  657    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.191027 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2589  excinuclease ABC subunit C  63.75 
 
 		 691 aa  854    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0718587  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0516  excinuclease ABC subunit C  59.17 
 
 		 658 aa  795    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2312  excinuclease ABC subunit C  56.34 
 
 		 623 aa  694    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1644  excinuclease ABC subunit C  44.63 
 
 		 599 aa  528  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1362  excinuclease ABC subunit C  45.04 
 
 		 611 aa  525  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.884945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1907  excinuclease ABC subunit C  47.27 
 
 		 609 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0022  excinuclease ABC subunit C  43.69 
 
 		 613 aa  504  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1145  excinuclease ABC, C subunit  43.8 
 
 		 613 aa  500  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000360051  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1598  excinuclease ABC, C subunit  45.38 
 
 		 607 aa  493  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.735187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1879  excinuclease ABC subunit C  43.54 
 
 		 617 aa  495  9.999999999999999e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000011349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3374  excinuclease ABC subunit C  44.06 
 
 		 607 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30660  excinuclease ABC subunit C  44.41 
 
 		 608 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.385406  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1681  excinuclease ABC, C subunit  43.54 
 
 		 626 aa  488  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3023  excinuclease ABC, C subunit  43.89 
 
 		 607 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623507  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4098  excinuclease ABC subunit C  43.89 
 
 		 607 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125966  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2374  excinuclease ABC subunit C  44.08 
 
 		 607 aa  483  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.483342  normal  0.0306932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2614  excinuclease ABC subunit C  44.41 
 
 		 608 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2896  excinuclease ABC subunit C  43.59 
 
 		 607 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189646  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3066  excinuclease ABC subunit C  43.56 
 
 		 607 aa  481  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1766  excinuclease ABC subunit C  43.73 
 
 		 607 aa  482  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0738607  decreased coverage  0.000573829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3671  excinuclease ABC subunit C  43.43 
 
 		 585 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159711  hitchhiker  0.0000000375345 
 
 
-
 
NC_002978  WD0154  excinuclease ABC subunit C  40.94 
 
 		 605 aa  471  1.0000000000000001e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.168899  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  41.68 
 
 		 612 aa  471  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1316  excinuclease ABC subunit C  42.05 
 
 		 627 aa  464  1e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.235211  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2151  excinuclease ABC subunit C  40.79 
 
 		 609 aa  465  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.054241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25040  excinuclease ABC subunit C  42.93 
 
 		 607 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1410  excinuclease ABC subunit C  42.05 
 
 		 621 aa  464  1e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1804  excinuclease ABC subunit C  40.92 
 
 		 599 aa  464  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.919457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3241  excinuclease ABC, C subunit  42.76 
 
 		 607 aa  463  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0161382  hitchhiker  0.00210477 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1861  excinuclease ABC subunit C  40.46 
 
 		 609 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1803  excinuclease ABC, C subunit  41.86 
 
 		 657 aa  461  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0340936  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0853  excinuclease ABC, C subunit  42.81 
 
 		 608 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1403  excinuclease ABC subunit C  43.05 
 
 		 614 aa  461  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.252536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0979  excinuclease ABC, C subunit  42.7 
 
 		 623 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0363417 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1548  excinuclease ABC subunit C  40.46 
 
 		 609 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000704584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1609  excinuclease ABC subunit C  40.46 
 
 		 609 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000167064  normal  0.0818954 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2685  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 		 610 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000130785  normal  0.0663039 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2011  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 		 610 aa  456  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000678771  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1954  excinuclease ABC subunit C  40.81 
 
 		 609 aa  459  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00983646  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1615  excinuclease ABC subunit C  40.29 
 
 		 609 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000543557  normal  0.3636 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  40.46 
 
 		 606 aa  457  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2146  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 		 610 aa  456  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000023615  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1733  excinuclease ABC, C subunit  42.02 
 
 		 610 aa  455  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110405  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2676  excinuclease ABC subunit C  39.8 
 
 		 609 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00512611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00582  excinuclease ABC subunit C  41.56 
 
 		 618 aa  455  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1040  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 		 610 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000190411  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1270  excinuclease ABC subunit C  41.86 
 
 		 610 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000021646  hitchhiker  0.000709379 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1726  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 		 610 aa  455  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000100265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1193  excinuclease ABC, C subunit  40.94 
 
 		 609 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2161  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 		 610 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.138205  hitchhiker  0.0000000035589 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  41.91 
 
 		 603 aa  449  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2599  excinuclease ABC subunit C  39.64 
 
 		 609 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00115318  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2102  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 		 610 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000495467  normal  0.0150424 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1174  excinuclease ABC subunit C  41.86 
 
 		 610 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000294093  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2109  excinuclease ABC subunit C  41.86 
 
 		 610 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0217985  hitchhiker  0.00000000000000291711 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1297  excinuclease ABC subunit C  42.02 
 
 		 610 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000512015  hitchhiker  0.00000387597 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1783  excinuclease ABC subunit C  39.64 
 
 		 610 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0533171  hitchhiker  0.000000162173 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1192  excinuclease ABC, C subunit  42.93 
 
 		 619 aa  449  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0751579  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2561  excinuclease ABC subunit C  39.64 
 
 		 609 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00257936  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2454  excinuclease ABC subunit C  40.29 
 
 		 609 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.263996  normal  0.543932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01878  excinuclease ABC subunit C  42.03 
 
 		 588 aa  442  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000583054  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1437  excinuclease ABC subunit C  39.31 
 
 		 609 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0535013  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>