More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4934 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4934  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  100 
 
 
379 aa  733    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2646  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  88.62 
 
 
378 aa  622  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1499  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  69.92 
 
 
387 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.355503  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1777  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  69.51 
 
 
387 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.253476  normal  0.1933 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1498  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  69.23 
 
 
387 aa  451  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.694394  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4292  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  70.41 
 
 
380 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390792  normal  0.0362525 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1775  tRNA synthetase class II (G H P and S)  50.7 
 
 
379 aa  313  4.999999999999999e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349459  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0804  tRNA synthetase class II (G H P and S)  50.99 
 
 
371 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0821563 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4117  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.8 
 
 
385 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2565  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.28 
 
 
390 aa  290  4e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.461378  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1846  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.16 
 
 
385 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000726333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4746  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  45.9 
 
 
392 aa  280  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.934073 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3187  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.35 
 
 
395 aa  277  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1681  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  43.9 
 
 
386 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1341  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.86 
 
 
382 aa  272  9e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4717  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  44.3 
 
 
388 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413844  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0599  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40.38 
 
 
392 aa  222  7e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38894  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0510  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.73 
 
 
373 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0121409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0465  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  40 
 
 
373 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238845  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0420  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  38.67 
 
 
373 aa  205  9e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.019387  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0404  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.01 
 
 
377 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133547  normal  0.0561317 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0170  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.87 
 
 
376 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.135886  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0188  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.87 
 
 
376 aa  196  7e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3018  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  35.9 
 
 
376 aa  196  8.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5795  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  39.12 
 
 
372 aa  195  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4680  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  36.68 
 
 
380 aa  142  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.843824 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0504  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  31.81 
 
 
363 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.483735  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3550  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.3 
 
 
365 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3952  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  34.2 
 
 
360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0242262 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0577  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  26.37 
 
 
517 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3835  histidine--tRNA ligase  32.28 
 
 
466 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000618349  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2187  histidyl-tRNA synthetase 2  33.6 
 
 
479 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2915  histidyl-tRNA synthetase  33.6 
 
 
484 aa  121  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0946  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.84 
 
 
369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.374713  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1924  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.42 
 
 
360 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0724806 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1055  histidyl-tRNA synthetase  25 
 
 
418 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2954  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  32.46 
 
 
368 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.826684  normal  0.0199101 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3187  histidyl-tRNA synthetase  31.48 
 
 
484 aa  97.4  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0862  histidyl-tRNA synthetase  25.27 
 
 
418 aa  96.3  7e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.393397  hitchhiker  0.0052458 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1794  histidyl-tRNA synthetase  24.8 
 
 
418 aa  94.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0924  histidyl-tRNA synthetase  26.1 
 
 
418 aa  94.4  3e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23400  histidyl-tRNA synthetase  27.66 
 
 
432 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.879527  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0923  Histidine--tRNA ligase  27.97 
 
 
370 aa  84  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00438339  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1442  histidyl-tRNA synthetase  25.82 
 
 
448 aa  82.4  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02180  histidyl-tRNA synthetase  22.59 
 
 
418 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000127032  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1489  Histidine--tRNA ligase  36.42 
 
 
383 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00266166  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3551  histidyl-tRNA synthetase  26.76 
 
 
494 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.340591  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_70094  histidine tRNA synthetase  22.96 
 
 
536 aa  76.6  0.0000000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.768048  normal  0.208592 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0287  histidyl-tRNA synthetase  26.1 
 
 
439 aa  76.6  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2037  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30 
 
 
389 aa  76.3  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00827  histidyl-tRNA synthetase  25.2 
 
 
470 aa  76.3  0.0000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00186389  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0646  histidyl-tRNA synthetase  34.87 
 
 
417 aa  76.3  0.0000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.234157  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0503  histidyl-tRNA synthetase  27.62 
 
 
500 aa  75.1  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2002  Histidine--tRNA ligase  24.52 
 
 
409 aa  75.1  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2267  histidyl-tRNA synthetase  24.93 
 
 
430 aa  73.6  0.000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.921097  normal  0.960691 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1621  histidyl-tRNA synthetase  26.26 
 
 
421 aa  73.6  0.000000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12150  histidyl-tRNA synthetase  31.88 
 
 
419 aa  73.2  0.000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000175223  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1100  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.48 
 
 
413 aa  73.2  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15290  ATP phosphoribosyltransferase  28.8 
 
 
538 aa  72.4  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0483798 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3951  histidyl-tRNA synthetase  27.25 
 
 
494 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0501682 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4574  histidyl-tRNA synthetase  26.17 
 
 
457 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.819707  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0030  histidyl-tRNA synthetase  27.16 
 
 
418 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.289573  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0025  histidyl-tRNA synthetase  24.14 
 
 
444 aa  70.5  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.320028  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0999  histidine--tRNA ligase  23.98 
 
 
380 aa  70.1  0.00000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.357666  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0969  histidyl-tRNA synthetase  29.17 
 
 
411 aa  70.1  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0491418  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1355  histidyl-tRNA synthetase  25.47 
 
 
466 aa  70.1  0.00000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1302  histidyl-tRNA synthetase  26.86 
 
 
436 aa  70.1  0.00000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.194766  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0658  histidyl-tRNA synthetase  31.58 
 
 
427 aa  70.1  0.00000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.269942  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1422  histidyl-tRNA synthetase  26.34 
 
 
466 aa  69.7  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0765  histidine--tRNA ligase  26.67 
 
 
412 aa  69.3  0.00000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1255  histidyl-tRNA synthetase  27.42 
 
 
426 aa  69.3  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.505298  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1753  histidyl-tRNA synthetase  24.73 
 
 
465 aa  69.3  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.058114 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2280  histidyl-tRNA synthetase  32.84 
 
 
419 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  unclonable  0.000000000414505 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0749  histidyl-tRNA synthetase 2  28.21 
 
 
389 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1677  histidyl-tRNA synthetase  34.33 
 
 
423 aa  68.2  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038851 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2715  histidyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 
431 aa  68.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0979277  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3166  histidyl-tRNA synthetase  31.91 
 
 
420 aa  68.6  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.218543  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1335  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  24.03 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0135  histidyl-tRNA synthetase  22.02 
 
 
456 aa  68.2  0.0000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1925  histidyl-tRNA synthetase  25.13 
 
 
494 aa  68.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968692  normal  0.0771917 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1240  histidyl-tRNA synthetase  23.42 
 
 
439 aa  67.8  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1770  histidine--tRNA ligase  28.96 
 
 
387 aa  67.8  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0828194  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2880  ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit  30.18 
 
 
418 aa  67.4  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.164097  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0054  histidyl-tRNA synthetase  26.99 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2219  histidyl-tRNA synthetase  25.28 
 
 
442 aa  67.4  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.911192  normal  0.722289 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0933  histidyl-tRNA synthetase  26.79 
 
 
470 aa  67  0.0000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.638014  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2246  histidyl-tRNA synthetase  28.1 
 
 
434 aa  67  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000301109  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1291  histidyl-tRNA synthetase  31.34 
 
 
421 aa  66.6  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0371866  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0528  histidyl-tRNA synthetase  33.11 
 
 
421 aa  67  0.0000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3311  histidyl-tRNA synthetase  25 
 
 
425 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0422  histidyl-tRNA synthetase  27.73 
 
 
503 aa  66.6  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00502968  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1068  histidyl-tRNA synthetase  28.87 
 
 
414 aa  66.2  0.0000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1947  histidyl-tRNA synthetase  21.76 
 
 
442 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2038  histidyl-tRNA synthetase  29.87 
 
 
420 aa  66.2  0.0000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.292734  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3119  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
423 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0109936  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0659  histidyl-tRNA synthetase  30.52 
 
 
431 aa  64.7  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0380  histidyl-tRNA synthetase 2  28.48 
 
 
419 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4483  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
423 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6071e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4298  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
423 aa  64.3  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.408041  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0713  histidyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
423 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00404453  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>