150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0404 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  98.76 
 
 		 401 aa  714    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 403 aa  778    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  86.6 
 
 		 399 aa  618  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  69.39 
 
 		 421 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  67.54 
 
 		 398 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  67.53 
 
 		 404 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  48.45 
 
 		 425 aa  323  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  49.86 
 
 		 403 aa  318  1e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 		 400 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  48.84 
 
 		 407 aa  301  1e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  47.4 
 
 		 403 aa  300  3e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  48.83 
 
 		 399 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  48.32 
 
 		 415 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  45.17 
 
 		 399 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  50.58 
 
 		 399 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  40.17 
 
 		 413 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  42.82 
 
 		 402 aa  218  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  40.76 
 
 		 408 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  39.45 
 
 		 420 aa  188  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 		 356 aa  176  7e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  37.24 
 
 		 378 aa  168  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.43 
 
 		 394 aa  163  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  32.55 
 
 		 394 aa  143  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  31.45 
 
 		 402 aa  143  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  30.92 
 
 		 400 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.42 
 
 		 391 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 		 394 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  32.47 
 
 		 391 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  32.47 
 
 		 391 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  32.03 
 
 		 419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  30.37 
 
 		 370 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.73 
 
 		 676 aa  100  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  27.07 
 
 		 627 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 		 643 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  32.59 
 
 		 354 aa  73.6  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  36.08 
 
 		 494 aa  68.6  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  22.56 
 
 		 402 aa  65.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  28 
 
 		 625 aa  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 382 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 382 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  22.48 
 
 		 388 aa  61.2  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  30.95 
 
 		 631 aa  60.5  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  22.04 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  21.45 
 
 		 451 aa  59.7  0.00000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.37 
 
 		 383 aa  59.7  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  22.04 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  23.41 
 
 		 449 aa  59.3  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3863  Extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 		 651 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0863227 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  22.06 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.93 
 
 		 515 aa  57  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2956  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 		 400 aa  55.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  21.29 
 
 		 405 aa  53.9  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  21.07 
 
 		 450 aa  53.1  0.000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  23.62 
 
 		 392 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 		 461 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 		 461 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 		 387 aa  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  21.71 
 
 		 387 aa  51.6  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  22.71 
 
 		 392 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2212  LppC family lipoprotein  24.53 
 
 		 621 aa  51.2  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.228557 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  21.6 
 
 		 410 aa  50.4  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  24.12 
 
 		 392 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  18.82 
 
 		 373 aa  50.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  22.01 
 
 		 393 aa  50.1  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 		 406 aa  50.4  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  21.48 
 
 		 381 aa  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0356  LppC putative lipoprotein  30.77 
 
 		 629 aa  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 376 aa  49.7  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 397 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.4 
 
 		 467 aa  49.3  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 		 399 aa  48.9  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 		 412 aa  49.3  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 		 395 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.18 
 
 		 373 aa  48.5  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 		 378 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  23.37 
 
 		 397 aa  48.5  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  20.88 
 
 		 389 aa  48.9  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  20.54 
 
 		 385 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 397 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 394 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 		 378 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4419  lipoprotein, putative  26.35 
 
 		 604 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0598181  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 		 407 aa  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 		 382 aa  47.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2200  LppC putative lipoprotein  27.63 
 
 		 596 aa  47.4  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  21.84 
 
 		 382 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 		 406 aa  47.8  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  27.18 
 
 		 612 aa  47.4  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  21.38 
 
 		 399 aa  47.4  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  27.18 
 
 		 612 aa  47.4  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  21.19 
 
 		 386 aa  47.4  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  22.54 
 
 		 392 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.89 
 
 		 376 aa  47  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  20.44 
 
 		 392 aa  47  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  21.22 
 
 		 447 aa  47  0.0006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 		 390 aa  47  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>