More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3363 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4785  PAS sensor protein  100 
 
 
158 aa  315  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3363  PAS sensor protein  100 
 
 
158 aa  315  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.435353  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0113  PAS sensor protein  82.17 
 
 
160 aa  236  6.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0526  putative PAS/PAC sensor protein  72.92 
 
 
157 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1662  putative PAS/PAC sensor protein  71.22 
 
 
157 aa  169  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18425  normal  0.642578 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6357  PAS sensor protein  61.54 
 
 
156 aa  152  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1140  putative PAS/PAC sensor protein  49.61 
 
 
132 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113848 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2903  putative PAS/PAC sensor protein  37.61 
 
 
400 aa  89  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.097748  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
336 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.35 
 
 
687 aa  84  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  36 
 
 
326 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0882  putative PAS/PAC sensor protein  34.95 
 
 
166 aa  81.3  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 
336 aa  80.9  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.45 
 
 
418 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
1562 aa  77.8  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.45 
 
 
425 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 
448 aa  74.3  0.0000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  28.66 
 
 
684 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
884 aa  72.4  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 
1877 aa  71.2  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.17 
 
 
1059 aa  70.5  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 
419 aa  70.5  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0511  putative PAS/PAC sensor protein  33.62 
 
 
495 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4536  putative PAS/PAC sensor protein  34.58 
 
 
194 aa  70.5  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.83 
 
 
424 aa  68.9  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  35.4 
 
 
723 aa  67.8  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 
1238 aa  68.2  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.46 
 
 
574 aa  67.8  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  37.62 
 
 
792 aa  67.8  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1778  putative PAS/PAC sensor protein  32.77 
 
 
131 aa  67.8  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0428766  normal  0.338613 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 
841 aa  67  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000382  putative sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.65 
 
 
873 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 
839 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  29.93 
 
 
541 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  29.93 
 
 
541 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  29.51 
 
 
763 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  29.51 
 
 
748 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  32.35 
 
 
541 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.29 
 
 
1692 aa  65.1  0.0000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  29.82 
 
 
1061 aa  65.1  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1127  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.19 
 
 
989 aa  65.1  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.476664 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.97 
 
 
758 aa  64.7  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0613125 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  33.9 
 
 
365 aa  63.9  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
1741 aa  63.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.36 
 
 
905 aa  63.2  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  27.54 
 
 
1057 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.56 
 
 
989 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
861 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.09 
 
 
920 aa  62.8  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  28.1 
 
 
943 aa  62.4  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0839  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.48 
 
 
1207 aa  62.4  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  27.45 
 
 
110 aa  62  0.000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5660  hypothetical protein  28 
 
 
839 aa  62  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.32582 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.52 
 
 
1183 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.52 
 
 
1183 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  26.36 
 
 
824 aa  61.2  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1488  PAS  29.91 
 
 
531 aa  61.6  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.877677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 
1276 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.91 
 
 
1282 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  29.51 
 
 
148 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  29.81 
 
 
463 aa  60.8  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  30.91 
 
 
1278 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.18 
 
 
890 aa  60.5  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  28 
 
 
680 aa  60.5  0.000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1426  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 
1079 aa  60.5  0.000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.688315  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  30.91 
 
 
1276 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.81 
 
 
1027 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.23 
 
 
1568 aa  60.1  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  30 
 
 
1278 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0219  hypothetical protein  24.14 
 
 
292 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.69 
 
 
1138 aa  59.7  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  27.5 
 
 
150 aa  60.5  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.91 
 
 
1276 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.91 
 
 
1276 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.09 
 
 
1466 aa  60.1  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3242  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  28.45 
 
 
880 aa  60.5  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  29.57 
 
 
1178 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0219  hypothetical protein  24.14 
 
 
292 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 
1066 aa  59.7  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
654 aa  59.7  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  30.53 
 
 
546 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  32.08 
 
 
507 aa  59.7  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.18 
 
 
1144 aa  59.3  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  30.39 
 
 
534 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0896  sensor protein  28.28 
 
 
158 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0895  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 
894 aa  58.9  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.530834 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
578 aa  58.5  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  27.72 
 
 
477 aa  58.9  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  33.33 
 
 
951 aa  58.5  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  28.8 
 
 
580 aa  58.5  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
764 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.5 
 
 
1066 aa  58.2  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.56 
 
 
791 aa  58.5  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.52 
 
 
416 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.79 
 
 
461 aa  57.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.43 
 
 
568 aa  57.8  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.23 
 
 
959 aa  57.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
477 aa  57.8  0.00000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.47 
 
 
1820 aa  57.8  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>