85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01349 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01349  regulatory protein  100 
 
 		 294 aa  611  9.999999999999999e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0319179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  35.66 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00073  RpfD regulatory protein  27.24 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.133671  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  27.4 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3964  hypothetical protein  30.96 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3052  response regulator receiver protein  24.45 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.995859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  31.25 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 276 aa  65.5  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.45 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  27.69 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2206  response regulator receiver protein  23.38 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0547033  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  24.53 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  29.47 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 239 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  28.15 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  29.46 
 
 		 255 aa  55.5  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.73 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  33.33 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  27.08 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.16 
 
 		 266 aa  55.5  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 276 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.87 
 
 		 238 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  30.3 
 
 		 268 aa  52.8  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  26.96 
 
 		 275 aa  52.4  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  31.63 
 
 		 275 aa  52.4  0.000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4771  response regulator receiver protein  30.93 
 
 		 106 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0255071  normal  0.533195 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  30.58 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.58 
 
 		 239 aa  51.2  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  30.58 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.58 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.58 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.58 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.58 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.58 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  29.66 
 
 		 255 aa  50.8  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.58 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  27.05 
 
 		 274 aa  51.6  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 254 aa  50.8  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  28.81 
 
 		 518 aa  50.1  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  32.22 
 
 		 249 aa  50.1  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  29.59 
 
 		 272 aa  49.7  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  27.18 
 
 		 239 aa  49.7  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  29.03 
 
 		 249 aa  48.5  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.37 
 
 		 231 aa  48.5  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.53 
 
 		 246 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.93 
 
 		 257 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.77 
 
 		 245 aa  47.4  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.31 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.31 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.31 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.31 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.31 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.59 
 
 		 241 aa  46.6  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12230  response regulator of the LytR/AlgR family  33.67 
 
 		 242 aa  46.2  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  30.56 
 
 		 280 aa  46.2  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 244 aa  45.8  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  30.3 
 
 		 261 aa  45.8  0.0009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.34 
 
 		 256 aa  45.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  26.04 
 
 		 255 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  25.84 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  27.93 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.4 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.52 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.72 
 
 		 241 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  24.32 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  28.44 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  25.84 
 
 		 250 aa  44.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  26.67 
 
 		 264 aa  44.7  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4820  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.29 
 
 		 244 aa  44.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.334432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.87 
 
 		 230 aa  44.3  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2437  response regulator receiver protein  25.64 
 
 		 273 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2489 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.67 
 
 		 245 aa  43.5  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  27.18 
 
 		 254 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  25.64 
 
 		 231 aa  43.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  28.3 
 
 		 229 aa  43.5  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.76 
 
 		 271 aa  43.1  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 245 aa  42.7  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3893  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 277 aa  42.7  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.493272  normal  0.267267 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.23 
 
 		 281 aa  42.7  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  25.86 
 
 		 239 aa  42.4  0.009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03103  Response regulator of the LytR/AlgR family protein  28.57 
 
 		 253 aa  42.4  0.009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00580184  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>