296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1866 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
182 aa  377  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  34.03 
 
 
156 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  33.57 
 
 
157 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0173  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.82 
 
 
211 aa  77  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.106244  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.68 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.13 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  31.3 
 
 
144 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  32.56 
 
 
225 aa  72.4  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  29.66 
 
 
158 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  30.84 
 
 
155 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.51 
 
 
225 aa  69.7  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.81 
 
 
219 aa  70.1  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  34.09 
 
 
169 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  32.37 
 
 
160 aa  68.6  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0234  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.08 
 
 
186 aa  68.2  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.54 
 
 
231 aa  68.2  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.72 
 
 
226 aa  67.8  0.00000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.5 
 
 
129 aa  67  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  37.07 
 
 
747 aa  67  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1814  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  36.15 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.245711 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.04 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.42 
 
 
228 aa  63.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  34.29 
 
 
226 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  32.41 
 
 
165 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1926  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.1 
 
 
168 aa  62.8  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.38 
 
 
236 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  32.06 
 
 
164 aa  63.2  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.11 
 
 
220 aa  62.4  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.48 
 
 
225 aa  62.4  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.34 
 
 
226 aa  62.8  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  33.96 
 
 
243 aa  62.8  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.9 
 
 
225 aa  62  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.95 
 
 
425 aa  62  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  32.06 
 
 
167 aa  62  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.47 
 
 
226 aa  62  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  27.95 
 
 
425 aa  62  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0116  cyclic nucleotide-binding protein  30.47 
 
 
194 aa  61.6  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.143738 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6804  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.22 
 
 
238 aa  61.2  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743669  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.92 
 
 
220 aa  60.8  0.000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  31.16 
 
 
167 aa  60.5  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  30.15 
 
 
577 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.03 
 
 
1056 aa  59.7  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  33.63 
 
 
148 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2885  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.13 
 
 
321 aa  59.7  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
234 aa  60.1  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.28 
 
 
225 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.14 
 
 
212 aa  59.7  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  30.67 
 
 
275 aa  59.7  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0296  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 
624 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.339618 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
224 aa  59.3  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  29.53 
 
 
225 aa  59.3  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  30.77 
 
 
413 aa  58.9  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.23 
 
 
624 aa  58.9  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.37 
 
 
224 aa  58.5  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  25.36 
 
 
161 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0236  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.56 
 
 
179 aa  58.5  0.00000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.754806 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.47 
 
 
226 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  35.85 
 
 
621 aa  58.2  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  29.03 
 
 
417 aa  58.2  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  29.14 
 
 
226 aa  57.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.67 
 
 
253 aa  57.8  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  32.54 
 
 
598 aa  57.8  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
228 aa  57.4  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  32.54 
 
 
225 aa  57.8  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  32.73 
 
 
151 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  28.1 
 
 
435 aa  57  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  29.46 
 
 
160 aa  57  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  34.95 
 
 
355 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
246 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  30.68 
 
 
308 aa  56.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  31.2 
 
 
570 aa  56.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
223 aa  55.5  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.48 
 
 
226 aa  55.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  30.1 
 
 
219 aa  55.1  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  27.81 
 
 
224 aa  55.1  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1127  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.37 
 
 
163 aa  55.1  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.871772  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.47 
 
 
242 aa  55.5  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  35.64 
 
 
1048 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.07 
 
 
225 aa  55.1  0.0000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
263 aa  55.1  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0030  sulfate transporter  28.46 
 
 
734 aa  55.1  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.127752  normal  0.27039 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 
209 aa  55.1  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.84 
 
 
230 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  31.78 
 
 
583 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.53 
 
 
227 aa  54.7  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.52 
 
 
228 aa  54.3  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.98 
 
 
228 aa  54.3  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
1075 aa  53.9  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  26.98 
 
 
419 aa  53.9  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 
251 aa  53.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.5 
 
 
224 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.93 
 
 
252 aa  53.1  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.7 
 
 
215 aa  53.1  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4569  putative cyclic nucleotide binding protein  28.7 
 
 
161 aa  53.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.94 
 
 
234 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  30.77 
 
 
161 aa  53.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.68 
 
 
223 aa  52.4  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  31.58 
 
 
149 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
228 aa  52  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>