More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4039 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
161 aa  333  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  77.5 
 
 
169 aa  270  6e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0079  hypothetical protein  63.76 
 
 
169 aa  209  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  38.93 
 
 
164 aa  99.8  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  36.17 
 
 
165 aa  91.7  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.57 
 
 
219 aa  85.1  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.55 
 
 
209 aa  84.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.61 
 
 
220 aa  77  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.58 
 
 
251 aa  72.8  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30 
 
 
225 aa  73.2  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.48 
 
 
231 aa  68.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
230 aa  68.9  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.09 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  38.14 
 
 
367 aa  68.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.34 
 
 
146 aa  67.8  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.4 
 
 
225 aa  67.4  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  30.22 
 
 
419 aa  66.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 
157 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.18 
 
 
225 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  29.85 
 
 
417 aa  65.5  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1037  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.272663 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.1 
 
 
227 aa  65.1  0.0000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.5 
 
 
225 aa  65.1  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  29.63 
 
 
322 aa  64.7  0.0000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
236 aa  64.7  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
228 aa  64.7  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
228 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
225 aa  64.3  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.02 
 
 
211 aa  63.2  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.9 
 
 
232 aa  63.5  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.61 
 
 
227 aa  62.8  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.62 
 
 
232 aa  62.8  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5025  cyclic nucleotide-binding  30.71 
 
 
749 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0554599  normal  0.33022 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
234 aa  62.8  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.33 
 
 
224 aa  62.4  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  27.61 
 
 
237 aa  63.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
227 aa  62.8  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  32.46 
 
 
144 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
226 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
238 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.45 
 
 
225 aa  61.2  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  32 
 
 
252 aa  61.2  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.91 
 
 
220 aa  61.2  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.9 
 
 
225 aa  61.2  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.81 
 
 
225 aa  60.8  0.000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1533  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.31 
 
 
231 aa  60.8  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.73 
 
 
223 aa  60.5  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
233 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
226 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  39.02 
 
 
219 aa  59.3  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
225 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3570  putative glutaminase  27.54 
 
 
620 aa  58.9  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.615084 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  31.25 
 
 
158 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1472  CAAX amino terminal protease family  29.63 
 
 
381 aa  58.9  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.407531  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  31.17 
 
 
157 aa  58.9  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.36 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  34.07 
 
 
225 aa  58.5  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  24.46 
 
 
225 aa  58.2  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.89 
 
 
226 aa  58.2  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  27.84 
 
 
482 aa  58.2  0.00000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  24.82 
 
 
224 aa  58.2  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.67 
 
 
225 aa  57.8  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.01 
 
 
226 aa  57.4  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
227 aa  57.8  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  30.94 
 
 
160 aa  57.4  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  28.17 
 
 
155 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  24.09 
 
 
226 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  28.07 
 
 
215 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  29.2 
 
 
275 aa  56.6  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  28.07 
 
 
215 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
231 aa  55.8  0.0000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.06 
 
 
215 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.16 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.78 
 
 
226 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  28.37 
 
 
167 aa  56.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
227 aa  56.6  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  33.68 
 
 
407 aa  56.2  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.6 
 
 
242 aa  55.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.4 
 
 
224 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.95 
 
 
226 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
164 aa  55.5  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.87 
 
 
238 aa  55.5  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.64 
 
 
229 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.03 
 
 
228 aa  55.8  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_5235  predicted protein  27.5 
 
 
263 aa  55.5  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.540131  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
225 aa  55.5  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.87 
 
 
238 aa  55.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  26.8 
 
 
167 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  30.15 
 
 
243 aa  55.1  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.72 
 
 
221 aa  55.1  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  28.17 
 
 
149 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2352  cyclic nucleotide-binding protein  24.46 
 
 
154 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.72 
 
 
238 aa  54.3  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
1056 aa  54.3  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  24.65 
 
 
226 aa  54.3  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  28.03 
 
 
231 aa  54.3  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.65 
 
 
226 aa  53.9  0.0000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  31.73 
 
 
482 aa  53.9  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1612  cyclic nucleotide-binding protein  24.46 
 
 
154 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  27.46 
 
 
194 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>